Ren, de nueve años, ha perdido recientemente a su madre. Sin noticias de su padre y negándose a vivir con sus tutores legales, Ren huye a las calles de Shibuya. Ren roba algo de comida y duerme en un callejón, recordando las secuelas del funeral de su madre.

En el Reino de las Bestias, el gran maestro ha decidido que se retirará para reencarnarse en una deidad y nombra a dos posibles sucesores: el popular Iōzen, que también es padre de dos hijos, y el poderoso Kumatetsu, que es solitario y perezoso. El Gran Maestro sugiere a Kumatetsu que busque un discípulo con la esperanza de inspirarle para que le suceda.

Mientras deambula por las calles de Tokio con su improvisada compañera, Tatara, Kumatetsu conoce a Ren y le sugiere que el chico se convierta en su discípulo. Aunque Ren se opone ferozmente, sigue a Kumatetsu de vuelta al Reino de las Bestias por curiosidad, pero es incapaz de volver al mundo humano. Mientras observa una batalla entre Iōzen y Kumatetsu, Ren queda impresionado por la persistencia de Kumatetsu a pesar de la falta de apoyo de los espectadores. Cuando Ren le anima, Kumatetsu es derrotado fácilmente. Sin embargo, el Gran Maestro declara que el verdadero duelo de sucesión aún no ha llegado.

Tomando a Ren como discípulo, Kumatetsu le da un nuevo nombre, Kyūta. Sus sesiones iniciales de entrenamiento van mal, pero Kyūta se da cuenta de que puede aprender de Kumatetsu imitándolo mientras realiza sus tareas domésticas. El chico descubre poco a poco que puede predecir los movimientos de su maestro, y puede esquivar y moverse con habilidad en el combate. Pronto comienzan a entrenar juntos. Al cabo de ocho años, el adolescente Kyūta se ha convertido en un distinguido practicante de kendo. Además, a través de su relación con Kyūta, Kumatetsu gana sus propios seguidores, entre ellos el hijo menor de Iōzen, Jirōmaru, que desea ser entrenado por Kumatetsu.

Kyūta encuentra un camino de vuelta al mundo humano, y se hace amigo de Kaede, una joven estudiante. En el proceso, Kyūta encuentra a su padre, que había estado buscando a Ren desde que desapareció y quiere ponerse al día. Desgarrado por su doble vida, es incapaz de conciliar el resentimiento que tenía como Ren y la falta de conexiones que tiene como Kyūta. Cuando rechaza tanto a su padre como a Kumatetsu, descubre un poderoso vacío en su interior que casi lo abruma, hasta que Kaede consigue que se calme y le da un brazalete que la ha ayudado cuando se pone ansiosa.

El día del duelo por la sucesión, Kumatetsu pierde la confianza sin los ánimos de Kyūta y casi es sometido por Iōzen. Sin embargo, Kyūta ha estado observando en secreto y se revela, ayudando a Kumatetsu a derrotar a Iōzen. Cuando Kumatetsu es declarado vencedor y nuevo señor, el hijo mayor de Iōzen, Ichirōhiko, se revela como un humano que había sido encontrado en las calles de Tokio siendo un bebé y adoptado por Iōzen. Habiendo desarrollado un vacío en su corazón como Kyūta, sin querer creer que es un humano y no una bestia, Ichirōhiko manifiesta poderes telequinéticos y hiere gravemente a Kumatetsu con la espada de Iōzen. Kyūta casi se ve superado por su propio vacío e intenta matar a Ichirōhiko, pero recupera sus sentidos con el brazalete de Kaede mientras Ichirōhiko es consumido por la oscuridad y desaparece.

Kyūta decide marcharse al mundo humano para luchar contra Ichirōhiko. Cuando Kaede se niega a dejarlo, son atacados por Ichirōhiko, que toma la forma de una ballena destructiva. Incapaz de enfrentarse a Ichirōhiko, el joven decide utilizar el vacío de su interior para absorber la energía negativa de su oponente y luego suicidarse, salvando a todos los demás. Sin embargo, Kumatetsu utiliza su nuevo privilegio como señor y se reencarna en una deidad, tomando la forma de una espada "para ser manejada con el corazón" en referencia a su primer entrenamiento juntos. Se fusiona con la forma de su pupilo, llenando su vacío dentro de él. Juntos, los dos consiguen derrotar a Ichirōhiko sin matarlo. Ichirōhiko se despierta rodeado de su familia adoptiva. Mientras tanto; de vuelta en Shibuya, Ren está hablando con Kumatetsu (que ahora reside dentro de él) y los dos tienen un momento sincero juntos, con Kumatetsu prometiendo estar siempre ahí para Ren y amenazando con golpearlo desde dentro si vuelve a flaquear.

Después, Ren celebra su victoria con Kaede en el Reino de las Bestias y regresa al mundo humano. Tras reconciliarse con su padre y consigo mismo, Ren decide vivir de nuevo en el mundo humano con Kumatetsu residiendo para siempre en su corazón.