A pesar de los esfuerzos de Monsieur Richis (Alan Rickman) para proteger a su hija Laura (Rachel Hurd-Wood) del asesino, que incluía alejarla de Grasse y esconderse con ella en un lugar apartado, Grenouille (Ben Whishaw) los rastrea, Por medio de su poderoso sentido del olfato, llega hasta ellos y mata y cuida a Laura, para obtener su 13º ingrediente esencial para la fragancia definitiva.

Al mismo tiempo, la Policía, que lo había alcanzado después de descubrir el pelo y la ropa de las otras 12 víctimas, enterrados en la propiedad de Druot (Paul Berrondo), lo arresta, lo tortura para hacerlo confesar y lo sentencia a que lo golpeen 12 veces en sus extremidades mientras lo atan a una cruz colgante (aquí es donde comenzó la película).

A la mañana siguiente, es conducido a la plaza donde se llevaría a cabo la sentencia. Sin embargo, dibuja la botella que contiene el perfume que creó, humedece un paño con unas gotas y lo agita a la multitud; esto causa tanto frenesí, que todos sucumben ante el encanto del poderoso aroma y se inicia una orgía colectiva. Todos, excepto Richis, que, sin embargo, se ponen de pie llorando y lo dejan ir. Al día siguiente, todos se recuperan de sus acciones, avergonzados, y le echan la culpa a Druot, quien es ahorcado.

Grenouille se dirige a París, llevando su elixir con él, y regresa al mismo mercado asqueroso donde nació. Decide usar el perfume una vez más, por lo que se vacía toda la botella sobre sí mismo. Un grupo de campesinos cercanos, vencidos por la esencia, saltan sobre él, lo huelen, lo saquean y se lo comen vivo, sin dejar nada más que su ropa para perderse entre la inmundicia.

La película termina con un disparo de la pequeña botella vacía abandonada, con una última gota del perfume cayendo sobre el suelo.