Francisville, Luisiana, una pequeña ciudad sureña con sus padres (Thomas Jay Ryan y Diana Scarwid) y comienza a hacerse amigo del chico mayor de la puerta de al lado, Roy (Maximillian Roeg), compañero de instituto y conductor de autobús, que mantiene una relación con Evelyn (Rooney Mara). Nathan y Roy comienzan a desarrollar su relación ayudándose mutuamente con las tareas escolares en casa de Nathan. Mientras Roy le enseña a Nathan a resolver un problema de álgebra, éste le toca la mano. Roy se aparta al principio, pero luego coge la mano de Nathan.

Cuando terminan su trabajo, los chicos van a dar un paseo por el bosque, encontrando un viejo cementerio, donde se detienen y comienzan a besarse. Se desnudan, excepto los calcetines y la ropa interior, y se abrazan. La relación entre Nathan y su padre se revela un poco extraña y llena de tensión. Una mañana, Roy lleva el autobús a una parte del bosque y se besan y Nathan toca a Roy. Roy le pregunta si Nathan ha hecho esto con alguien antes, y él le promete que nunca lo ha hecho. Roy lleva a Nathan a nadar con Burke y Randy, pero Nathan admite que no sabe nadar. Mientras observa a Roy, Burke amenaza con tirarlo al agua, pero Roy lo detiene. Mientras Roy los lleva a casa, se detiene en el arcén y comienzan a besarse. Cuando Nathan empieza a tener sexo con Roy, éste le detiene airadamente, preguntándole "quién le ha enseñado a follar así". Nathan jura que "nadie".

Cuando Nathan llega a casa esa noche, su padre quiere saber si se lo ha pasado bien. Nathan está al borde de las lágrimas cuando responde a su padre. Ata una cuerda al cajón de su cómoda y al poste de la cama, mete las almohadas bajo las sábanas y se va al suelo a dormir. Por la noche oye un ruido sordo y sale corriendo de su habitación, porque es su padre el que se cuela. Más tarde se revela que su padre le había tocado en el pasado de forma inapropiada. Nathan duerme fuera y sólo viene a casa para comer, pero vuelve a su árbol exterior después de comer.

Roy le encuentra y le ofrece un lugar para dormir en el granero de su familia. A la mañana siguiente, Nathan va a casa a desayunar y su padre le pilla, gritándole que no huya de él, pero la madre de Nathan le interrumpe y corre hacia el autobús escolar. Más tarde, Roy le dice a Nathan que ese fin de semana se van de acampada con Burke y Randy. Esa noche, Roy cuenta historias de fantasmas alrededor de la hoguera, y en su tienda, Nathan le hace una mamada a Roy, y éste le pregunta si le molesta que Roy no le devuelva esas cosas, y Nathan dice que no le importa. Mientras caminan por el bosque, los chicos encuentran una vieja casa de plantación. Entran a investigar y Nathan escucha una voz que lo llama por su nombre, parecida a la de su padre. Luego encuentran una tela con lo que parece ser sangre, y huelen a azufre (que según Nathan es el olor del Diablo), y los chicos ven una sombra subir las escaleras.

Burke toma la linterna de Roy y va a investigar con Randy. Roy y Nathan entran en un dormitorio y hablan, y Nathan dice que se siente como si nunca fuera a salir de esa casa. Vuelve a oír la voz y Roy va a ver si los chicos han vuelto. Nathan ve a su padre y cierra los ojos con fuerza, cuando Roy vuelve a entrar en la habitación. Le dice a Nathan que no mire más lo que está viendo y le besa. Roy se pone de rodillas y procede a hacerle una felación a Nathan, cuando Burke y Randy los encuentran. Roy sale furioso de la habitación y Nathan vuelve a oír la voz y de repente queda inconsciente. Una sombra de una persona lo lleva a las escaleras.

En el ático, Burke viola a Nathan, y al darse cuenta de lo que ha hecho, asqueado de sí mismo, rompe un brazo de una mecedora y golpea a Nathan en la cabeza con él. La sangre empieza a acumularse en el suelo bajo la cabeza de Nathan, y Burke lo deja en el ático. Cuando Roy y Randy encuentran a Nathan a la mañana siguiente, parece estar muerto. Roy le dice a Randy que vaya a buscar a Burke, a quien le dice que no cree en este momento lo que ha pasado. Roy llora una vez que Randy se va, y luego Roy también se va. Llega la policía y trae al padre de Nathan, que con lágrimas en los ojos cubre la cara de Nathan con una manta.

Nathan se despierta como si hubiera resucitado de entre los muertos, se levanta y sale de la casa de la plantación. Vagabundea durante mucho tiempo, todavía aturdido por el golpe en la cabeza. Finalmente ve a Roy saliendo de la iglesia del domingo por la tarde, pero Roy está con su familia, así que Nathan deambula un poco más esperando a que Roy llegue a casa. La madre de Nathan deja a su padre y Nathan, con la cabeza ya despejada, encuentra a Roy llorando en el granero donde Nathan dormía mientras se escondía de su padre. Cuando Roy levanta la vista, ve a Nathan y le abraza.

Al final de la historia, Roy está conduciendo el autobús y mira por el retrovisor un asiento vacío, pero cuando mira por segunda vez, Nathan está allí sonriéndole.

Diferencias con la novela

La película se aleja de la novela y deja la impresión de que Nathan está realmente muerto, y que las escenas anteriores eran una secuencia de sueños de uno de los dos chicos amantes, presumiblemente Roy. En el libro esta escena no tiene lugar. En el libro, los chicos se reúnen en el patio de la iglesia de Roy, corren juntos hacia el bosque para hablar de las cosas y deciden huir juntos, ya que tanto Burke como Randy han visto a Roy besando a Nathan, y ambos chicos seguramente serán descubiertos por sus familias y por toda la comunidad. El libro termina con: "Oyen las voces de la gente que los busca en el bosque. Se levantan y se van. Nunca miran atrás".