En 1558, la reina católica María (Kathy Burke) muere a causa de un tumor canceroso en su vientre. La heredera de María y hermanastra protestante, Isabel (Cate Blanchett), bajo arresto domiciliario por cargos de conspiración, es liberada y coronada como reina de Inglaterra.

Según las instrucciones de su consejero William Cecil (Richard Attenborough), Isabel hereda una Inglaterra en apuros, asediada por las deudas, las infraestructuras en ruinas, los vecinos hostiles y los nobles traidores dentro de su administración, el principal de ellos el duque de Norfolk (Christopher Eccleston). Cecil aconseja a Isabel que se case, produzca un heredero y asegure su gobierno. Sin estar impresionada por sus pretendientes, Isabel retrasa su decisión y continúa su romance secreto con Lord Robert Dudley (Joseph Fiennes). Cecil nombra a Francis Walsingham (Geoffrey Rush), un exiliado protestante que regresa de Francia, para que actúe como guardaespaldas y consejero de Isabel.

María de Guisa (Fanny Ardant) desembarca otros 4.000 soldados franceses en la vecina Escocia. Sin estar familiarizada con la estrategia militar y amedrentada por Norfolk en el consejo de guerra, Isabel ordena una respuesta militar que resulta desastrosa cuando los profesionales soldados franceses derrotan a las inexpertas y mal entrenadas fuerzas inglesas. Walsingham le dice a Isabel que los señores y sacerdotes católicos privaron intencionadamente al ejército de Isabel de soldados adecuados y utilizaron su derrota para argumentar la destitución de Isabel. Al darse cuenta de la profundidad de la conspiración contra ella y de sus menguantes opciones, Isabel acepta las condiciones de María de Guisa para considerar el matrimonio con su sobrino Enrique de Francia.

Para estabilizar su gobierno y sanar las divisiones religiosas de Inglaterra, Isabel propone el Acta de Uniformidad, que une a los cristianos ingleses bajo la Iglesia de Inglaterra y rompe su conexión con el Vaticano. En respuesta a la aprobación del Acta, el Vaticano envía un sacerdote a Inglaterra para ayudar a Norfolk y a sus secuaces en su creciente complot para derrocar a Isabel. Sin saber del complot, Isabel se reúne con Enrique de Francia, pero ignora sus avances en favor de Lord Robert. William Cecil se enfrenta a Isabel por su indecisión a la hora de casarse y le revela que Lord Robert está casado con otra mujer. Isabel rechaza la propuesta de matrimonio de Enrique cuando descubre que es travestido y se enfrenta a Lord Robert por sus secretos, rompiendo su idílico romance y desterrándolo de su residencia privada.

Isabel sobrevive a un intento de asesinato, cuyas pruebas implican a María de Guisa. Isabel envía a Walsingham para que se reúna con María en secreto en Escocia, bajo el pretexto de planear de nuevo el matrimonio con Enrique. En lugar de ello, Walsingham asesina a Guisa, incitando la enemistad francesa contra Isabel. Cuando William Cecil le ordena consolidar las relaciones con los españoles, Isabel lo destituye de su servicio, eligiendo en su lugar seguir su propio consejo.

Walsingham advierte de otro complot para asesinar a Isabel encabezado por el sacerdote de Roma que lleva cartas de conspiración. Bajo las órdenes de Isabel, Walsingham detiene al sacerdote, que divulga los nombres de los conspiradores y un acuerdo del Vaticano para elevar a Norfolk a la corona inglesa si se casa con María, reina de Escocia. Walsingham detiene a Norfolk y lo ejecuta a él y a todos los conspiradores excepto a Lord Robert. Isabel le concede la vida a Lord Robert como recordatorio de lo cerca que estuvo del peligro.

Inspirándose en lo divino, Isabel se corta el pelo y modela su aspecto según la Virgen María. Proclamándose casada con Inglaterra, sube al trono como "la Reina Virgen".