El agente especial del FBI Anthony Hubbard (Denzel Washington) y su compañero libanés-estadounidense, Frank Haddad (Tony Shalhoub), intervienen en el secuestro de un autobús totalmente cargado de pasajeros, que contiene un artefacto explosivo. La bomba resulta ser una bomba de pintura y los terroristas escapan. El FBI recibe demandas para liberar al jeque Ahmed bin Talal, sospechoso de un atentado anterior. Hubbard acaba entrando en conflicto con la agente de la Agencia Central de Inteligencia, Elise Kraft (Annette Bening), al detener a un sospechoso de terrorismo y arrestar a Kraft. Más tarde, se produce otra amenaza terrorista y un autobús de la Autoridad Metropolitana de Transporte sufre un atentado. El FBI captura a un hombre llamado Samir Nazhde (Sami Bouajila), que admite haber firmado la solicitud de visado de uno de los terroristas suicidas en el transcurso de la firma de muchas solicitudes de visados para estudiantes en su trabajo como profesor. Sin embargo, Kraft insiste en que Samir no es un terrorista y que su continua libertad es vital para la investigación.

Los incidentes terroristas se intensifican con el atentado contra un autobús y un teatro lleno de gente y la toma de rehenes en una escuela primaria, y culminan con la destrucción de One Federal Plaza, la sede de la oficina de campo del FBI en Nueva York, con más de 600 víctimas. A pesar de las objeciones, el Presidente de los Estados Unidos declara la ley marcial y la 101ª División Aerotransportada del Ejército de los Estados Unidos, bajo el mando del General William Devereaux (Bruce Willis), ocupa y sella Brooklyn en un esfuerzo por encontrar las células terroristas restantes. Posteriormente, todos los jóvenes de ascendencia árabe, incluido el hijo de Haddad, Frank Jr., son acorralados y detenidos en el estadio de Downing. Haddad dimite indignado. Los neoyorquinos organizan manifestaciones violentas contra el Ejército y la elaboración de perfiles de los árabes; el Ejército lucha por mantener el control. Hay informes de asesinatos del Ejército.

Hubbard y Kraft, que ahora resulta ser una agente de inteligencia llamada Sharon Bridger, continúan su investigación y capturan a un sospechoso, Tariq Husseini. Los hombres de Devereaux torturan y matan a Husseini en el transcurso del interrogatorio. Después, Bridger le dice a Hubbard que Husseini no reveló nada de valor debido al principio de compartimentación de la información. Asqueada, finalmente admite que ella misma proporcionó entrenamiento y apoyo a los militantes opuestos al régimen de Saddam Hussein, trabajando con Samir para reclutar y entrenar a los seguidores del jeque. Después de que Estados Unidos cortara su financiación y los dejara expuestos, ella se apiadó de los pocos que aún no habían sido masacrados por las fuerzas de Hussein, y organizó su huida a Estados Unidos, lo que en última instancia condujo a la situación actual, en la que volcaron sus habilidades de fabricación de bombas y de encubrimiento en el país que ahora tiene a su líder. Ella y Hubbard obligan a Samir a organizar una reunión con la última célula terrorista. Hubbard convence a Haddad para que regrese al FBI.

Una marcha por la paz multiétnica se manifiesta contra la ocupación de Brooklyn. Mientras la marcha se pone en marcha, Hubbard y Haddad llegan al lugar de la reunión, pero Bridger y Samir ya se han marchado. Samir revela a Bridger que él constituye la última célula, mientras que en otro sentido dice que "nunca habrá una última célula". Se ata una bomba al cuerpo que pretende detonar entre los manifestantes. Hubbard y Haddad llegan a tiempo para evitar que se marche, pero Samir dispara a Bridger en el corazón mientras ella lucha por detenerlo. Hubbard mata a Samir pero, a pesar de sus esfuerzos, él y Haddad sólo pueden ver cómo Bridger sucumbe a su herida después de conseguir recitar algunas líneas de la segunda mitad del Padre Nuestro y concluir con "Inshallah", la frase árabe "Si Dios quiere".

Hubbard, Haddad y su equipo asaltan el cuartel general de Devereaux para realizar un arresto por la tortura y el asesinato de Husseini. Deveraux insiste en que, en virtud de la Resolución de Poderes de Guerra, la autoridad que le confiere el Presidente sustituye a la del tribunal que emitió la orden de detención. A continuación, ordena a sus soldados que apunten con sus rifles de asalto a los agentes, lo que da lugar a un enfrentamiento en México. Hubbard recuerda a Devereaux que las libertades civiles y los derechos humanos que le arrebató a Husseini son por lo que todos sus predecesores han luchado y muerto. Devereaux finalmente se somete y es detenido. La ley marcial termina y los detenidos, incluido el hijo de Haddad, son puestos en libertad.