Mientras asalta la granja de pichones de Berk, el Sr. Fox activa una trampa para zorros que lo enjaula junto con su esposa Felicity. Felicity le revela a su marido que está embarazada y le ruega que encuentre un trabajo más seguro si escapan, y él accede.

Dos años humanos (12 años de zorro) después, los Fox y su hijo Ash viven en un agujero. El Sr. Fox, ahora columnista de un periódico, traslada a la familia a un hogar mejor dentro de un árbol, ignorando las advertencias de su abogado, sobre lo peligrosa que es la zona para los zorros debido a su proximidad a las instalaciones dirigidas por tres temidos granjeros: Boggis (un criador de pollos), Bunce (un criador de patos y gansos) y Bean (un criador de pavos y manzanas).

Poco después de que los Fox se muden, el sobrino de Felicity, Kristofferson Silverfox, viene a vivir con ellos. Ash encuentra esta situación intolerable; su primo es superior a él en casi todo, y todos están encantados con Kristofferson. Añorando sus días de ladrón, el señor Fox y su amiga Kylie, una zarigüeya, roban productos y aves de corral de las tres granjas durante tres noches seguidas. Enfadados, los granjeros deciden matar al Sr. Fox. Acampan cerca de su casa, y cuando el Sr. Fox sale, abren fuego pero sólo consiguen dispararle a la cola. Después de demoler el lugar del árbol mientras intentan desenterrar al Sr. Fox, descubren que los Zorros han cavado un túnel de escape. Como los Zorros tendrán que salir a la superficie para conseguir comida y agua, los granjeros esperan en la boca del túnel. Bajo tierra, Felicity está disgustada porque el Sr. Zorro ha vuelto a sus andanzas de ladrón.

Más tarde, el grupo se encuentra con Tejón y muchos otros animales residentes en la zona cuyos hogares también han sido destruidos por los granjeros. Como los animales empiezan a temer morir de hambre, el Sr. Zorro los lleva a una expedición de excavación para hacer un túnel hasta las tres granjas, robándolas.

Mientras los otros animales se dan un festín, Ash y Kristofferson empiezan a reconciliarse después de que Kristofferson defienda a Ash del hijo de Beaver. Los primos regresan a la granja de Bean, con la intención de reclamar la cola perdida, pero Kristofferson es capturado.

Al descubrir que el señor Fox ha robado sus productos, los granjeros y el jefe de bomberos inundan la red de túneles de los animales con parte de la sidra de Bean, atrapando a los animales en las alcantarillas.

Al darse cuenta de que los granjeros planean utilizar a Kristofferson para atraerlo a una emboscada, Mr. Fox se dirige a la superficie para rendirse, pero regresa cuando Rata, el violento guardia de seguridad de Bean, se enfrenta a los animales y ataca a Ash y Felicity. Una pelea entre el Sr. Fox y Rata hace que este último sea empujado hacia un generador, electrocutándolo. Antes de morir, Rata revela la ubicación de Kristofferson. El Sr. Fox pide a los granjeros una reunión en la ciudad, cerca del centro de alcantarillado, donde se rendiría a cambio de la libertad de Kristofferson.

Los granjeros preparan una emboscada, pero los animales, anticipándose, lanzan un contraataque que permite a Mr. Fox, Ash y Kylie entrar en la granja de Bean sin ser detectados. Ash libera a Kristofferson y desafía el fuego enemigo para liberar a un sabueso rabioso que mantiene a raya a los granjeros, lo que permite al grupo escapar.

Mientras los granjeros esperan infructuosamente a que los animales salgan del agujero, éstos no tardan en instalarse en sus nuevos hogares en las alcantarillas, invitando a cualquier otro animal a unirse a ellos. Poco después, Fox asalta una tienda de comestibles perteneciente a Boggis, Bunce y Bean, donde Felicity revela que está embarazada de nuevo mientras los animales bailan en el pasillo.