El joven ratón Fievel Mousekewitz (al que pone voz Phillip Glasser) vive con sus padres Mamá (Erica Yohn), Papá (Nehemiah Persoff), su hermana Tanya (Amy Green) y su hermanito. La familia de ratones vive en Rusia, pero sueña con ir a Estados Unidos, donde creen que no hay gatos. La familia Mousekewitz decide finalmente emigrar después de que un grupo de gatos (y sus amos humanos) quemen el pueblo donde viven (en un guiño a los pogromos rusos). La familia Mousekewitz sube a un barco en el que se encuentra con otros ratones de todo el mundo que buscan una vida mejor y sin gatos en América. Por desgracia, una tormenta golpea el barco y Fievel es arrastrado por la borda. Todos, excepto Tanya, creen que está muerto. Pero Fievel consigue meterse en una botella y finalmente es arrastrado por la marea hasta las costas de Nueva York.

Fievel es encontrado por un pájaro llamado Henri (Christopher Plummer) que le ayuda a llegar a tierra firme y le presenta a una rata llamada Warren (John Finnegan), que promete ayudar a Fievel a encontrar a su familia. En realidad, Warren vende a Fievel a un taller clandestino. Fievel y un ratón adolescente llamado Tony escapan de la fábrica de explotación y Fievel reanuda la búsqueda de su familia (y se pierden por poco). La pareja también descubre que, de hecho, hay gatos viviendo en América.

Tony se enamora de una ratona activista llamada Bridget y, a través de ella, conocen al alcalde de la ciudad de los ratones, un borracho furioso llamado Honest John. Un ratón rico de la alta sociedad llamado Gussie Mausheimer (Madeline Kahn) le insiste en que elabore un plan para deshacerse de los gatos de una vez por todas. Fievel desarrolla un plan y Honest John y Gussie reclutan al resto de los ratones para que les ayuden a ponerlo en marcha (incluida la familia Mousekewitz, que sigue sin ver a Fievel).

Un día, Fievel tropieza con la guarida secreta de los gatos. Allí descubre que Warren es en realidad un gato disfrazado (que utiliza sus conexiones con el mundo de los ratones para enriquecerse y proporcionar comida a sus compatriotas). Los gatos descubren y encarcelan a Fievel. Mientras está atrapado en una jaula, Fievel se hace amigo de un gato no ratonero llamado Tigre (Dom DeLuise), que libera a Fievel. Los otros gatos descubren la traición de Tigre y persiguen a Fievel para evitar que exponga el secreto de Warren.

Los gatos siguen a Fievel hasta los muelles, donde Honest John y Gussie están preparados para poner en marcha el plan de expulsar a los gatos para siempre. Fievel llega hasta la pareja y expone a Warren como un gato. Los ratones ejecutan su plan para expulsar a los gatos, que consiste en perseguirlos con un gigantesco ratón mecánico (Feivel ideó el plan basándose en un cuento popular que le contó su padre sobre un ratón gigante que expulsó a los gatos de una pequeña ciudad rusa). El ratón mecánico conduce a los gatos a un barco con destino a China. Después, la familia Mousekewitz se cruza finalmente con Gussie, Honest John, Bridget, Tony y Tiger (que habían desertado de la banda de gatos), y se enteran de que Fievel está vivo. Sin embargo, durante la refriega, Fievel se separa de la comunidad de ratones y finalmente abandona la búsqueda de su familia.

Su familia y sus amigos comienzan a buscarlo y, al tener éxito su búsqueda, la familia Mouskewitz se reúne. La película termina con la familia y los amigos de Fievel siendo llevados en un viaje turístico sobre la ciudad de Nueva York por Henri y sus compatriotas. Henri promete que Fievel y su familia vivirán muchas más aventuras en la tierra de las oportunidades... ahora libre de todos los gatos (menos de Tiger).