Desde su última derrota, Freddy Krueger ha estado en el infierno y no ha podido invadir los sueños de los niños, ya que los adultos de Springwood han llegado a extremos para asegurarse de que sus hijos le han olvidado. Utilizando el poder que le queda, Freddy resucita a Jason Voorhees. Apareciendo como la madre de Jason, Pamela Voorhees, manipula a Jason para que mate a los adolescentes de Springwood con el fin de crear el miedo en la gente del pueblo de que Freddy ha vuelto, lo que le permitiría recuperar su fuerza.

Mientras tanto, Lori Campbell, que vive con su padre viudo, se queda a dormir con sus amigos Kia y Gibb. Más tarde se les unen Trey, el novio de Gibb que sufre abusos emocionales, y su amigo Blake. Jason entra en la casa y asesina a Trey, y la policía sospecha de Freddy. Después de una pesadilla, Blake se despierta y encuentra a su padre decapitado por Jason, que luego mata al propio Blake. Al día siguiente, la policía lo califica como un asesinato-suicidio, con la esperanza de ocultar el regreso de Freddy al resto del pueblo.

En otro lugar, el ex novio de Lori, Will Rollins, y su amigo Mark Davis, internados a la fuerza en el Hospital Psiquiátrico Westin Hills, son obligados a tomar Hypnocil para suprimir sus sueños debido a su anterior contacto con Freddy. Una noticia sobre los asesinatos les hace escapar y volver a Springwood para advertir a Lori sobre Freddy. Esa noche, Lori y los demás asisten a una rave en un campo de maíz. Freddy intenta matar a Gibb en una pesadilla, pero Jason la mata primero en el mundo real junto con otros en la rave, enfureciendo a Freddy.

Will, Lori y Kia escapan de la rave con el empollón de la escuela Charlie Linderman y el fumeta Bill Freeburg. Después de dejar a los tres últimos y de un enfrentamiento con el Dr. Campbell (responsable de internar a Will y Mark en Westin Hills) por la certeza de Will de haber visto al padre de Lori asesinar a su madre, Will y Lori se dirigen a la casa de Mark, sólo para ver cómo lo mata Freddy. El ayudante del sheriff Scott Stubbs, creyendo que Jason es un asesino imitador, se pone en contacto con Lori y sus amigos, que deducen el plan de Freddy. Al enterarse de la existencia del Hypnocil, intentan conseguirlo en Westin Hills; sin embargo, Freddy posee a Freeburg, utilizándolo para deshacerse de la medicina. Jason llega y electrocuta a Stubbs. Freddy utiliza al poseído Freeburg para tranquilizar a Jason, haciendo que se duerma después de cortar a Freeburg por la mitad.

Los adolescentes idean un plan para sacar a Freddy del mundo de los sueños a la realidad y obligarle a luchar contra Jason, llevando al inconsciente Jason de vuelta a su casa en el Campamento Crystal Lake, donde la propiedad está en desarrollo. Freddy lucha contra Jason en el mundo de los sueños, donde descubre que Jason tiene un miedo subconsciente a ahogarse (simbolizado por el agua de una tubería rota) como resultado de su ahogamiento en 1957[2]. Lori se duerme para sacar a Freddy y salvar a Jason. Mientras Freddy tortura a Lori en el mundo de los sueños, revelando que asesinó a su madre, Jason despierta en el verdadero Campamento Crystal Lake y persigue a los adolescentes, matando a Linderman. Lori se despierta y arrastra a Freddy al mundo físico (mostrando un miedo al fuego, como resultado de su muerte en llamas), donde se enfrenta a Jason.

Freddy y Jason luchan por todo el camping, durante el cual Jason mata a Kia. Freddy aprovecha la obra para ganar ventaja y le corta los dedos a Jason, lo que permite a Freddy coger su machete. Mientras Freddy está cortando a Jason, Lori lo distrae antes de que Jason atraviese con su mano sin dedos el torso de Freddy. Freddy toma represalias clavando el machete de Jason en su costado y Jason le arranca el brazo enguantado a Freddy. Lori y Will prenden fuego al muelle, haciendo explotar numerosos tanques de propano y lanzando a Freddy y Jason al lago. Lori y Will se abrazan mientras Freddy se dirige hacia ellos en el muelle y está a punto de matar a la pareja con el machete de Jason, pero es empalado por Jason con su propio brazo con garras, permitiendo a Lori decapitar a Freddy con el machete. Jason cae del muelle y la cabeza y el cuerpo de Freddy se hunden en el lago, ambos aparentemente muertos. Después de dejar caer el machete donde se sumergió Jason, Lori y Will se marchan.

A la mañana siguiente, Jason emerge del agua, sosteniendo su machete y la cabeza cortada de Freddy. Freddy guiña un ojo y su risa se escucha en el fondo, dejando al ganador ambiguo.