Duke lleva al Equipo G.I. Joe a la Zona Desmilitarizada de Corea para encontrar a un desertor norcoreano. Más tarde, Zartan, que sigue haciéndose pasar por el presidente de los Estados Unidos, inculpa a los G.I. Joe de robar cabezas nucleares de Pakistán tras la muerte de su presidente durante una guerra civil, y posteriormente elimina a los G.I. Joe, que matan a Duke y a los demás Joes, mediante un ataque aéreo militar. El ametrallador pesado Roadblock, el francotirador novato Flint y la oficial de contrainteligencia Lady Jaye sobreviven al ataque sumergiéndose en un pozo, y regresan a Estados Unidos y encuentran al G.I. Joe original, el general Joseph Colton, que les proporciona armas.

Mientras tanto, Storm Shadow, que sobrevivió a la destrucción de la base del Ártico,[N 1] y la experta en demoliciones Firefly rescatan al Comandante Cobra de una prisión subterránea de máxima seguridad en Alemania, dejando atrás a Destro. Storm Shadow resulta herido y se retira a un templo en el Himalaya para recuperarse. El Maestro Ciego, líder del Clan Arashikage, envía a Ojos de Serpiente y a su aprendiz Jinx, para capturar a Sombra Tormentosa, permitiéndole responder por el asesinato de su tío, el Maestro Duro. Antes de que Storm Shadow fuera acusado falsamente, él y Snake Eyes crecieron juntos y se consideraban amigos, pero esta relación se deterioró cuando sus "amigos" no confiaron en que no fuera un asesino, un detalle que nunca olvidó, incluso después de que limpiaran su nombre y se dieran una tregua algo incómoda para trabajar juntos.

Después de que Zartan anuncie que Cobra se convertirá en el principal equipo de fuerzas especiales de Estados Unidos, sustituyendo a G.I. Joe, Lady Jaye deduce que alguien se está haciendo pasar por el Presidente. En una recaudación de fondos presidencial, roba una muestra del ADN del Presidente, confirmando que es Zartan. Escapan después de un enfrentamiento con Firefly y Zandar, el jefe del destacamento presidencial del Servicio Secreto de los Estados Unidos y miembro de Cobra.

Ojos de Serpiente y Jinx localizan y capturan a Sombra Tormenta tras una batalla con algunos ninjas leales a Sombra Tormenta y lo llevan de vuelta a Tokio, donde Sombra Tormenta proclama que él no mató al Maestro Duro y lo demuestra luchando contra Ojos de Serpiente con el arma que mató al Maestro Duro, que se rompe al no ser de acero Arashikage. El Maestro Ciego deduce que Zartan fue quien asesinó al Maestro Duro y le tendió una trampa a Sombra Tormenta, que se unió a Cobra para acabar con ella desde dentro. Exonerado, Sombra Tormentosa acompaña a Ojos de Serpiente y a Jinx, su prima, mientras se unen a los esfuerzos de los Joes para detener a Cobra y vengar al Maestro Duro.

Zartan invita a los líderes mundiales a una cumbre en Fort Sumter, donde los chantajea para que desactiven sus arsenales nucleares, y revela que ha creado el Proyecto Zeus: siete armas orbitales de bombardeo cinético de destrucción masiva a su disposición. Para demostrar su superioridad, destruye el centro de Londres y activa las armas restantes, ofreciendo desarmarlas si los países se someten a Cobra. Storm Shadow traiciona al Comandante Cobra y comienza una pelea, revelando el engaño de Cobra a los líderes mundiales. Colton mata a Zandar y rescata al verdadero presidente con Lady Jaye, mientras Storm Shadow mata a Zartan. Mientras Snake Eyes, Jinx y Flint luchan contra los soldados de Cobra, el Comandante Cobra ordena a Firefly que proteja el dispositivo de lanzamiento, y escapa en helicóptero. Roadblock consigue desactivar y destruir las armas orbitales, además de matar a Firefly. Storm Shadow se marcha tras vengar a su tío.

En la ceremonia de la Casa Blanca, el verdadero Presidente se dirige a la nación y conmemora a los Joes, que fueron premiados por Colton: Roadblock, Jinx, Flint, Snake Eyes y Lady Jaye. Colton le entrega a Roadblock una pistola M1911 que perteneció al general George S. Patton; para que la utilice para encontrar al Comandante Cobra. Roadblock levanta con orgullo el arma y realiza un único disparo en honor a sus compañeros caídos, jurando vengarlos.