1950s

La secuencia de créditos inicial se desarrolla sobre imágenes de archivo de las pruebas nucleares de los años 50. La información de los créditos está redactada con tiras de cinta blanca sobre el corte de estas imágenes. Las bombas nucleares estallan, el personal militar se pone gafas protectoras, y las espinas de Godzilla emergen brevemente de debajo de las olas. Intentan matar a Godzilla. No funciona y él grita su desaprobación.

Salto a 1999

Un helicóptero Monarch (vimos su nombre en la secuencia de créditos) planea sobre una ENORME excavación en Filipinas. Parece una mina. Miles de trabajadores trabajan en las enormes zanjas. Cuando el helicóptero aterriza, salen un investigador japonés, Serizawa (Ken Watanabe), y su ayudante británica, Vivienne Graham (Sally Hawkins, de Blue Jasmine). Un supervisor estadounidense les informa de que han obtenido lecturas que sugieren un hallazgo de uranio. Cargan el equipo pesado en el lugar, sólo para que se derrumbe en una caverna subterránea. Se dirigen allí para encontrar el cadáver esquelético de una criatura GIGANTE. Llena la cueva hasta donde alcanza la vista.

Colgando del techo de la cueva parece haber un capullo de algún tipo, así como uno que parece haber eclosionado... ¿Qué podría ser? Si nos adentramos en la cueva, parece que una cosa enorme se ha arrastrado desde la cueva y ha desgarrado el paisaje mientras se dirigía al mar.

Japón, más tarde...

Joe Brody (Bryan Cranston) está al teléfono frenéticamente preocupado por la actividad sísmica. Cree que la central nuclear para la que trabaja debería cerrarse por precaución. Como estadounidense, le preocupa que los japoneses se molesten, pero insiste en una reunión para exponer sus preocupaciones. Su hijo, algo tímido, le ha hecho un cartel. Es su cumpleaños. Su mujer, Sandy (Juliette Binoche), lleva a su hijo a la escuela. Le recuerda a Brody que es su cumpleaños y que su hijo, Ford, le ha preparado una sorpresa. Se dirigen a la planta y él le dice a su mujer que se dirija a la zona del reactor para asegurarse de que nada se ha dañado con las sacudidas.

Una vez en la planta, Brody expone su caso. Sus superiores creen que la actividad es sólo una réplica de los recientes "terremotos" de Filipinas; Brody dice que no. De repente, un gran temblor golpea la planta. Tenemos que cerrarla ahora. Antes de que el proceso pueda siquiera comenzar, otro temblor sacude la planta disparando luces rojas por todo el lugar. EL REACTOR SE HA ABIERTO y la esposa de Brody está abajo.

Brody corre escaleras abajo, exigiendo que la puerta del escudo protector se mantenga en anulación manual para poder salvar a su esposa. Binoche y su equipo corren a toda velocidad tratando de adelantarse a la nube que los condenará. Van a buen ritmo hasta que un compañero tropieza y Binoche se detiene para ayudarle. OMG, la nube está justo detrás de ellos.

Mientras tanto, Brody ha llegado a la puerta y ha confirmado que tiene el control. En el piso de arriba está alucinando. Recibe un mensaje por walkie talkie de que Binoche está acabada. A Brody le invade la emoción y tiembla literalmente ante la perspectiva de perderla. Le dice que tiene que cerrar la puerta para salvar la ciudad. Él espera hasta el último momento y cierra la puerta y sus destinos. Pero hay una vuelta de tuerca más cruel... Literalmente, segundos después de sellar la puerta aparece Binoche con varios miembros de su equipo. Brody llora al ver cómo su mujer es bañada por la niebla tóxica radiactiva.

En su escuela, el pequeño Ford observa cómo se derrumban las torres de refrigeración de la planta. Sus padres trabajan allí. Todos sus compañeros de clase huyen al exterior mientras ven cómo toda su vida se hunde en la ruina.

De vuelta a la actualidad

Taylor-Johnson interpreta al teniente de la Marina adulto Ford Brody, el hijo distanciado de Brody. Vuelve a casa después de 14 meses con su mujer Elle (Elizabeth Olsen) y su hijo. Hay una dulce escena de bienvenida a casa y Ford se prepara para pasar un tiempo con su padre y su madre cuando suena el teléfono. Joe Brody ha sido arrestado en Japón por allanamiento de morada y está retenido en el consulado. Ford tiene que ir a buscarlo. Parece que papá tiene que romper una promesa a su hijo de "estar allí por la mañana".

En Japón, Ford está obviamente un poco disgustado por tener que pagar la fianza de su padre. Joe sufrió una crisis nerviosa tras el accidente y su relación está claramente tensa. El apartamento de Joe parece el paraíso de los teóricos de la conspiración. Fotos y artículos empapelan las paredes. Hay pilas de libros e investigaciones por todas partes. Está claro que papá se ha vuelto loco. Está murmurando sobre la ecolocalización y los terremotos que "hablan entre sí". Por compasión, Ford sugiere que su padre venga a casa con él. Joe no ha visto a su nieto en años. Necesita un descanso. Joe, sin embargo, es inflexible. Necesita saber lo que pasó ese día. Su mujer sigue enterrada entre los escombros de la "zona de cuarentena". ¡Si pudiera volver a su casa para recuperar su investigación! Ni siquiera tiene una foto de Sandy para atesorar.

A regañadientes, Ford decide ayudar a su padre. Se dirigen al viejo barrio, que parece abandonado e invadido... un poco como en "Soy leyenda". De repente, una jauría de perros atraviesa la escena. ¿Cómo puede ocurrir eso en un páramo radiactivo? Joe comprueba su contador Geiger que no muestra NINGUNA RADIACIÓN. Impulsivamente, se quita el casco protector y respira profundamente. Es completamente seguro. Ahora Ford se está convenciendo. Aquí hay algo que no funciona. Rebuscan en la casa y Joe coge sus discos ZIP (¡nada como la tecnología anticuada!). Encuentra una foto de Sandy y se gira para ver el cartel de cumpleaños de Ford, todavía colgado después de todos estos años. Mientras tanto, Ford encuentra un viejo juguete del ejército que se embolsa.

El batir de las aspas de un helicóptero les saca de su ensueño. Una vez más, ¿por qué sobrevolar una zona de cuarentena? Cuando salen al exterior, son inmediatamente recogidos y conducidos a la "planta nuclear abandonada". Serizawa y Graham están hablando con otras personas. Están preocupados por la actividad que rodea a una extraña estructura orgánica con forma de cono que sobresale de la superficie del antiguo reactor. Alguien les interrumpe para decirles que tienen que ir con él. Los llevan a donde Joe está siendo interrogado. Se muestra maniático y un poco chiflado, pero Graham confirma que sus datos son sorprendentemente similares a los que están viendo ahora. Es el único que queda que sabe lo que pasó hace 15 años.

De vuelta a la sala principal, las lecturas confirman que los pulsos PEM están derribando sus aparatos electrónicos con una frecuencia alarmante, ¡igual que en 1999! Serizawa reconoce que es hora de acabar con el programa. Se baja una red de contención de acero y se aplican millones de vatios de electricidad a la crisálida... excepto que no funciona... en absoluto. De repente, una enorme criatura con múltiples patas sale del caparazón y golpea el suelo con sus garras, creando un pulso electromagnético que destruye las instalaciones. La gente grita y corre mientras la criatura se esfuerza contra su recinto. Mientras tanto, Joe sigue esposado en un vehículo de seguridad. Observa impotente como la gente es masacrada a su alrededor. Su padre tenía toda la razón. De repente, un apoyo destroza su vehículo y ¡está libre! Joe observa horrorizado desde una pasarela elevada cómo su hijo se enfrenta a la muerte. Pero su propia seguridad está en peligro, ya que el puente se derrumba y él se precipita en una horrible caída. La criatura ha escapado y se ha adentrado en la noche.

Al día siguiente, el capitán Russell Hampton (Richard T. Jones) informa a Serizawa de que los militares están tomando el control. ¿A quién necesita Serizawa en su equipo? Señala a Joe, vendado y en una camilla. Se llevan a Joe y a Ford en un transporte militar. Por desgracia, Joe no sobrevive mucho tiempo. Ahora todos los ojos están puestos en Ford. ¿Qué podría recordar de sus conversaciones con su padre? Ford se avergüenza de admitir que pensaba que su padre estaba loco, pero entonces recuerda algo sobre la ecolocalización... Serizawa da pistas sobre este descubrimiento y lleva a Ford a una sala de reuniones y le explica que el MUTO recién salido del cascarón puede estar intentando comunicarse con otro monstruo gigante que se encontró vagando por el Pacífico hace mucho tiempo. Serizawa pone entonces las mismas imágenes de las pruebas nucleares de 1954 que vemos en los créditos iniciales, pero incluyendo algunos detalles cruciales, principalmente unos cuantos fotogramas de una criatura espinosa gigante que nos resulta familiar. Serizawa explica que las pruebas nucleares no eran ensayos, sino intentos de matar a esta criatura. Esta criatura ha sido bautizada con el nombre de GODZILLA, y Serizawa está convencido de que vuelve, sentimiento que se confirma pronto cuando se le ve poco después. La flota naval sigue a Godzilla. Mientras tanto, Elle está asustada por la cobertura informativa de los daños en Japón y no puede contactar con Ford.

Como Ford no tiene mucho que ofrecer, parece que se dirige a Hawai para tomar un vuelo de vuelta a casa. La Marina confirma que el "MUTO" Massive Unidentified Terrestrial Organism se dirige a través del Pacífico. ¿Podría dirigirse a una parada de descanso en Hawai? La flota se dirige en esa dirección, flanqueando las espinas de Godzilla que se dirige en esa misma dirección. Sirezawa postula que Godzilla está siguiendo al MUTO y quiere luchar contra él para restablecer el equilibrio de la naturaleza.

Ford está en el aeropuerto, esperando el tren para ir a su terminal. Está jugando con el soldado de juguete y un niño pequeño queda fascinado por él. Cuando el niño sube al tren, las puertas se cierran. Sus padres no están en él. Se asustan, pero Ford dice que volverá a ser el niño. Espera que no pierda su vuelo. De vuelta a la nave portaaviones, se enteran de que los rusos han perdido un submarino nuclear. El MUTO come radiación (por eso la planta nuclear estaba libre de residuos tóxicos). Puede que se haya llevado el submarino como merienda. Envían un equipo al bosque cerca de Honolulu para investigar. Encuentran el submarino, cubierto de baba pegajosa y montado en un árbol. El MUTO está comiendo botes de combustible nuclear. Se lanza un ataque aéreo, pero el MUTO dispara su PEM, inutilizando todos los controles de navegación de los aviones y haciéndolos caer en picado. En el aeropuerto, se corta la energía, incluso en el tren. Ford no entiende que el MUTO haya provocado el apagón y asegura al pequeño que la energía volverá pronto.

En el luau de un hotel, una niña ve la explosión de los aviones en las colinas lejanas. La multitud se preocupa cuando la niña se da cuenta de que el agua del mar parece alejarse de la orilla a gran velocidad. Algo está desplazando MUCHA agua.

Rápidamente, vemos que lo que mueve toda esa agua es Godzilla. Honolulu se inunda cuando la bestia llega a tierra. El luau (y todo lo demás en el centro) es una tostada. En el aeropuerto, se restablece la electricidad, pero se ve al MUTO SOBRE LAS VÍAS DEL TREN. El tren se dirige directamente a sus fauces. El monstruo destroza la vía enviando a los pasajeros a su perdición. Ford aguanta a duras penas, pero agarra al niño antes de que se deslice fuera del tren destrozado. Godzilla se enfrenta al MUTO, pero éste consigue escapar, agitando sus gigantescas alas y continuando su viaje hacia el continente.

De vuelta a San Francisco, Elle intenta dormir a su hijo, mientras él ve en las noticias la destrucción que se está produciendo. El mundo entero sabe ahora que el MUTO y Godzilla existen.

De vuelta en la nave, están rastreando la trayectoria del MUTO. Parece que se dirige a San Francisco, pero ¿POR QUÉ? Graham y Serizawa se dan cuenta de que debe dirigirse al otro MUTO, que hace tiempo se creía muerto... Por desgracia, para nosotros, almacenaron el cuerpo peligrosamente radiactivo en medio de un suministro ilimitado de alimentos, la instalación de residuos nucleares de Yucca Mountain, en Nevada. Las tropas llegan y descubren que el MUTO, ahora confirmado como una hembra embarazada, ha escapado y está haciendo un camino para encontrarse con su pareja. Un camino que lleva directamente a través de LAS VEGAS, nena. Este monstruo aún más grande no tarda en arrasar la ciudad del pecado. La Marina ha ideado un plan para atraer a los dos MUTOs a la costa con un misil nuclear. Godzilla estará cerca. Entonces detonarán la bomba, aniquilando a los tres monstruos. Graham se asombra de la cortedad de miras del plan. ¡¡Los MUTOs COMEN RADIACIÓN!! El capitán Hampton afirma que nada puede sobrevivir al poder de las nuevas bombas. Serizawa no está convencido.

Mientras tanto, después de entregar al niño a sus padres en la devastada Honolulu, Ford sube a un transporte de la Marina que se dirige al continente. Se está preparando un tren para transportar las dos armas (el cebo y la bomba asesina). Ford se mete con calzador en el destacamento, alegando su experiencia en el manejo de artillería. Las bombas se transportarán en tren hasta la costa, donde se pondrá en marcha el plan. Las cosas parecen ir bien, hasta que un temblor detiene el tren justo antes de un traicionero puente de montaña. El equipo intenta avisar por radio, pero los gritos por el walkie no traen buenas noticias. Sin saber si el puente está ahí, se dividen en dos grupos. Al principio parece estar bien, pero la mamá MUTO ha estado al acecho. Destroza el puente, engulle una de las bombas nucleares y mata a todos los que van en el tren, EXCEPTO A FORD, que salta al río justo cuando el puente se rompe.

Por la mañana, un equipo de recuperación lo ha recogido a él y a la bomba nuclear. Volarán la bomba restante e intentarán arreglárselas con una modificación de la idea inicial. El Presidente da el visto bueno. Sirezawa comenta la arrogancia del hombre al pensar que podemos controlar la naturaleza. En realidad, es al revés.

Los MUTO se dirigen a su reunión en Frisco con Godzilla persiguiéndoles de cerca. La Marina ha estado tolerando tácitamente al monstruo ya que no ha expresado ninguna amenaza directa a los barcos, pero están comprometidos a destruirlos a todos, a pesar de las protestas de Sirezawa. Ford ha llamado a Elle al hospital para asegurarle que está en camino. Por favor, espérale. Mientras tanto, toda la ciudad se prepara para una evacuación de emergencia. Elle quiere mantener a su hijo con ella, pero cede, confiando su cuidado a un compañero de trabajo. Los autobuses de evacuación están parados en el puente del Golden Gate mientras las tropas en tanques se posicionan contra la amenaza kaiju.

La Marina ha preparado la bomba con un largo temporizador de cuenta atrás (para evitar ser desactivada por el PEM de los MUTO). Ponen el reloj en marcha cuando el MUTO alado ataca. Busca una merienda para su bebé y le entrega la bomba. Destrozan algunos inmuebles del centro de la ciudad para hacer un nido para todos esos pequeños bebés MUTO. La bomba va a ofrecerles nutrición hasta que eclosionen. Ahora la bomba está en medio del centro de la ciudad, el tráfico es un FUBAR y 100.000s están en riesgo. Godzilla, presintiendo su presa, emerge de las profundidades justo al lado del puente. Las tropas atacan instintivamente, incitando a Godzilla a dañarlo horriblemente. El conductor del autobús ve su disparo y atraviesa las barricadas para poner a salvo a sus pupilos.

Ford, aunque está herido, afirma que puede desarmar el gatillo en unos 30 segundos. Está en el equipo para un arriesgado salto HALO hacia Frisco, para coger la bomba, desactivarla y hacer UN ÚLTIMO INTENTO y hacer volar a los monstruos en pedazos.

Logran el salto, perdiendo sólo un par de hombres cuando aparece GODZILLA dispuesto a patear algunos culos de los MUTO. GZ lo está haciendo bastante bien contra el macho alado más pequeño, pero cuando la gran mamá deja el nido para ayudar, le hacen un tag team algo horrible. Las tropas han encontrado el nido Y la bomba nuclear, pero la carcasa está dañada y no pueden desarmarla allí. Empiezan a trasladarlo a un barco donde tienen más herramientas y pueden enviarlo lejos de la ciudad..

Corte de vuelta a la zona de los monstruos, donde los MUTOs están clavando sus garfios en cada parte del enorme cuerpo de GZ. Parece que está acabado, pero se levanta lentamente con un revelador brillo azul en sus escamas traseras que indica ¡RESPIRACIÓN ATÓMICA AZUL! Golpea a mamá MUTO antes de ser abordado por el papá...

De vuelta al nido, Ford ve los miles de huevos y se da cuenta de que son una amenaza mayor. Quedándose atrás, acciona un interruptor de combustible e inunda la cámara con gasolina.

De vuelta a los monstruos... parece que este es el fin de Godzilla. Ha sido destrozado por los MUTOs, cuando de repente el nido EXPLOTA matando a todos los bebés y enviando a mamá gritando de vuelta al nido en pánico. Esto es justo el descanso que GZ necesita. Se recupera y vuelve a enfrentarse a los MUTO voladores. La superioridad aérea parece dar ventaja al MUTO, pero la malvada cola con púas de GZ hace que el MUTO se estrelle contra un edificio, matándolo definitivamente.

Mientras tanto, Ford queda atrapado en la réplica de la explosión. Mamá se lamenta por la pérdida de los bebés, pero huele la bomba nuclear y se dirige a cogerla. Ford también está en camino. El equipo llega a la nave e intenta dirigirse a aguas abiertas, pero un PEM mata los motores. Las tropas intentan valientemente salvar la misión, pero la bestia llega y comienza a despedazarlos. Mientras el monstruo se vuelve para atacar a algunas tropas en la orilla, Ford llega al barco para desarmar la bomba. La carcasa está demasiado estropeada y la gran mamá pone la mira en su pequeña embarcación. De repente, Godzilla atraviesa un edificio y agarra a mamá MUTO por el cuello. Abriendo sus mandíbulas, le dispara una ráfaga de fuego atómico por la garganta, incinerando a la bestia y arrancándole la cabeza. Finalmente, GZ sucumbe a sus heridas y se desploma en la orilla.

Mientras tanto, la energía de la nave vuelve a funcionar y Ford ordena al GPS que lleve la nave a la bahía. No hay tiempo para desarmarlo y cae a la cubierta aceptando aparentemente su destino. Una luz parpadeante le devuelve la conciencia mientras un helicóptero medicalizado le pone a salvo. A lo lejos, el barco autopilotado estalla en una explosión, a salvo de la ciudad.

Tras la explosión, el cadáver gravemente dañado de Godzilla yace en las calles de San Francisco. Ford cojea por un refugio del estadio convertido a toda prisa. Ha encontrado a su hijo, pero los equipos de emergencia siguen intentando rescatar a la gente del hospital que fue demolido en la batalla kaiju y Elle sigue desaparecida. De repente, el hijo ve a la mamá, la mamá ve al papá y se abrazan, la amenaza evitada.

Serizawa mira con pesar el cuerpo inmóvil de la gran bestia. De repente, resopla y se pone en movimiento. Se endereza lentamente y avanza por las calles hacia el agua. Sirezawa sonríe, feliz de que esta poderosa fuerza de la naturaleza haya sobrevivido. ¡¡¡¡Las noticias anuncian que el Rey de los Monstruos ha salvado la ciudad!!!! La música suena y los créditos aparecen.