El 31 de octubre de 1989, Michael Myers y su sobrina Jamie Lloyd son secuestrados en la comisaría de Haddonfield por el Hombre de Negro y dos de sus secuaces. Seis años más tarde, el 30 de octubre de 1995, Jamie da a luz a un niño, y el Hombre de Negro, que se revela como el líder de una secta de tipo druida, se lleva al niño. Más tarde, una comadrona ayuda a Jamie a escapar con su hijo, pero Michael la mata. Jamie y su hijo huyen en una camioneta robada, con Michael en su persecución. Mientras tanto, el Dr. Sam Loomis se ha retirado y se ha trasladado a una cabaña en las afueras de Haddonfield, donde vive como un ermitaño. Recibe la visita de su amigo el Dr. Terence Wynn, administrador jefe del sanatorio Smith's Grove, donde Michael había estado encarcelado de niño; Wynn le pide a Loomis que regrese a Smith's Grove. Escuchan la petición de ayuda de Jamie en una emisora de radio local cuando hace una llamada a Loomis, sólo para ser ignorada por el D.J. de la radio, Barry Simms. Michael alcanza a Jamie y ella estrella el camión contra un viejo granero. Mata a Jamie pero descubre que su hijo no está en el camión.

En Haddonfield, Tommy Doyle, al que Laurie Strode hizo de canguro en 1978, vive ahora en una pensión dirigida por la señora Blankenship. Tommy es un individuo recluso que se ha obsesionado con encontrar la verdad detrás de los motivos de Michael. La familia disfuncional que vive en la casa de los Myers, al otro lado de la calle, son parientes de la familia Strode: Kara Strode, su hijo de seis años, Danny, su hermano adolescente Tim, la cariñosa madre Debra y el abusivo padre, John. Tommy encuentra al hijo de Jamie en la estación de autobuses, lo toma a su cargo y lo llama Steven. Tommy se encuentra con Loomis y le habla de la familia Strode que vive en la casa de los Myers. Mientras tanto, Michael regresa a Haddonfield, donde acecha a Kara antes de matar a Debra.

Más tarde, Tommy, Kara y Danny van a la pensión, donde Tommy revela que cree que Michael ha sido infligido con Thorn, una antigua maldición druida. Hace mucho tiempo, un niño de cada tribu, elegido para llevar la maldición de Thorn, debe sacrificar a su pariente más cercano en la noche de Samhain, o Halloween. Tommy cree que Steven será el último sacrificio de Michael. Más tarde esa noche, mientras Tommy sale a buscar a Loomis, la Sra. Blankenship le revela a Kara que estaba cuidando a Michael la noche en que éste mató a su hermana y que Danny escucha una voz que le dice que mate igual que lo hizo Michael, lo que indica que Danny también posee el poder de Thorn. Mientras tanto, Michael mata a John, Tim, la novia de Tim, Beth, y Barry Simms. Danny y Kara consiguen escapar de vuelta a la pensión donde Tommy y Loomis están esperando.

La secta llega a la pensión, revelando que la Sra. Blankenship es un miembro de la secta y el Hombre de Negro es el Dr. Wynn. La secta droga a Loomis y Tommy y se lleva a Kara, Danny y Steven a Smith's Grove. Kara es encerrada en un pabellón de máxima seguridad mientras que los chicos permanecen en un quirófano. Loomis se enfrenta a Wynn, quien revela que el personal de Smith's Grove ha estado trabajando con el culto de Thorn para estudiar el poder de Thorn y aprender a controlarlo. Se da a entender que Steven es el resultado exitoso de los experimentos para clonar la maldad pura de Michael, y el culto planea utilizar a Danny y Kara para clonar otro bebé. Wynn quiere que Loomis se una a su conspiración, ya que fue el primero en ver la maldad dentro de Michael. Loomis se niega y es noqueado por un miembro de la secta.

Tommy libera a Kara mientras Michael los persigue por el sanatorio. Encuentran a Wynn y su equipo, que están a punto de realizar un procedimiento médico a Danny y Steven. Michael aparece de repente y se vuelve contra Wynn y los médicos, matándolos a todos. Tommy y Kara rescatan a los niños, y Michael los persigue hasta un laboratorio, donde Kara observa fetos de los experimentos fallidos de Wynn. Tommy inyecta a Michael con corrosivos y lo golpea hasta dejarlo inconsciente con un tubo de plomo. Tommy, Kara y los niños abandonan Smith's Grove mientras Loomis se queda para ocuparse del negocio. En el interior, la máscara de Michael yace sola en el suelo del laboratorio, y Loomis grita en el fondo, dejando sus destinos desconocidos.