En la antigua Grecia, los dioses Zeus y Hera tienen un hijo llamado Hércules. Mientras los demás dioses se alegran, el malvado y celoso hermano de Zeus, Hades, conspira para derrocar a Zeus y gobernar el Olimpo. Recurriendo a las Parcas en busca de ayuda, Hades se entera de que, dentro de dieciocho años, una alineación planetaria le permitirá liberar a los Titanes para conquistar el Olimpo, pero sólo si Hércules no interfiere. Hades envía a sus secuaces demoníacos, Dolor y Pánico, a asesinar a Hércules, proporcionándoles una poción que puede despojar a un dios de la inmortalidad. Los dos secuestran al bebé y lo llevan al valle donde le dan la poción, pero antes de que Hércules beba la última gota, el granjero Anfitrión y su esposa Alcmena pasan cerca y asustan a los demonios, haciendo que dejen caer la botella y derramen la última gota. Hércules es despojado de la inmortalidad pero conserva su fuerza de dios. Dolor y Pánico intentan asesinar al bebé, pero Hércules los vence fácilmente. Dolor y Pánico deciden no informar de su fracaso a Hades.

Años más tarde, el Hércules adolescente se convierte en un paria por su incapacidad para controlar su fuerza y se pregunta de dónde ha salido. Después de que sus padres adoptivos le revelen el collar olímpico con el que lo encontraron, Hércules decide visitar el Templo de Zeus en busca de respuestas. La estatua de Zeus del templo cobra vida y se lo revela todo a Hércules, diciéndole que puede recuperar su condición de dios convirtiéndose en un "verdadero héroe". Zeus envía a Hércules y a su olvidado amigo de la infancia Pegaso al sátiro Filoctetes ("Phil"), conocido por entrenar héroes. Filoctetes se ha retirado frustrado después de que ninguno de sus anteriores alumnos consiguiera ganarse una constelación en el cielo. Zeus obliga a Filo a entrenar a Hércules de todos modos. Tras completar el entrenamiento, Fil y Hércules se dirigen a Tebas. En el camino, conocen a Megara ("Meg"), una damisela sarcástica a la que Hércules salva del centauro Nessus. Después de que Hércules y los demás se marchen, se revela que Meg es la esclava de Hades, que en realidad estaba tratando de reclutar a Nessus, y también había vendido su alma a Hades anteriormente para salvar a un amante que luego la abandonó. Cuando Meg menciona el encuentro con Hércules, Hades se da cuenta de que el Dolor y el Pánico le han fallado y trama acabar con Hércules como es debido.

Al llegar a Tebas, Hércules es recibido con escepticismo por los lugareños, pero entonces aparece Meg, diciendo que dos niños han quedado atrapados bajo una gran roca en un desfiladero. Hércules levanta la roca y rescata a los chicos, sin saber que son Dolor y Pánico disfrazados, y sin saberlo libera a la Hidra. Para disgusto de Hades, Hércules derrota al monstruo y se convierte en un célebre héroe. Hércules derrota a muchos otros monstruos, muchos de los cuales son enviados por Hades, y su popularidad y fortuna crecen, pero Zeus le dice a Hércules que aún no es un "verdadero" héroe y se niega a explicarle lo que eso significa. Entristecido y frustrado, Hércules pasa un día con Meg, que se da cuenta de que se ha enamorado de él. Hades se entera de esto, y en la víspera de su toma de posesión, tiene a Meg como rehén y le ofrece a cambio que Hércules renuncie a sus poderes por un día. Con la condición de que Meg no sufra ningún daño, Hércules acepta y se queda desconsolado cuando Hades le revela que Meg siempre ha trabajado para él.

Hades desata a los Titanes, que suben al Olimpo y derrotan a los dioses, mientras el Cíclope va a Tebas para matar a Hércules. Hércules utiliza su ingenio para derrotar al cíclope, pero Meg resulta mortalmente herida cuando una columna se derrumba sobre ella. Esto rompe la promesa de Hades de que Meg no sería dañada, por lo que Hércules recupera sus fuerzas. Hércules y Pegaso vuelan al Olimpo, donde liberan a los dioses y derrotan a los Titanes, pero Meg muere antes de que él pueda volver con ella.

Hércules va al inframundo y salta al río Estigia para recuperar el alma de Meg. Este acto sería fatal para un mortal, pero su voluntad de sacrificarse es un acto lo suficientemente heroico como para devolverle su condición de dios. Para sorpresa de Hades, Hércules sale de la Estigia con el alma de Meg y hace caer a Hades en ella. Después de revivir a Meg, ella y Hércules son convocados al Olimpo, donde Zeus y Hera dan la bienvenida a su hijo a casa, diciendo que ha demostrado ser un "verdadero héroe" por la "fuerza de su corazón". Sin embargo, en lugar de unirse a los dioses en el Olimpo, Hércules elige quedarse en la Tierra con Meg. Hércules y sus amigos regresan a Tebas, donde ven cómo Zeus forma una constelación en honor a Hércules.