Cracovia, 1943 - Los nazis ocupan Polonia. Para salvarlo de los nazis, una pareja de intelectuales judíos envía a su hijo Romek, de 11 años, a una familia de campesinos, donde es presentado por Gniecio como un primo lejano. Nada más llegar, Romek descubre el odio de Władek hacia él. A la familia le cuesta aceptarlo, pero Tolo, el hijo menor de Gniecio, no tarda en hacerse amigo de Romek.

Una vez más, los niños tienen que enfrentarse a la tiranía de los nazis. Por ejemplo, ven cómo los alemanes obligan al sacerdote, cuyo nombre no se revela durante la película, a capturar humillantemente a unos cerdos para salvar la vida de dos personas (culpables de esconder a estos cerdos de los nazis), cosa que no consigue. El odio de Vladek hacia Romek se intensifica cuando su novia, María, rompe con él para estar con Romek. Sólo cuando el padre de Władek es asesinado en la ciudad, él y Romek se reconcilian y se hacen amigos.

El sacerdote les da a los niños un juego apostólico como "ejercicio" para su Primera Comunión. A partir de ese momento, Tolo ya no es el mismo: crea paralelismos entre su vida y la de Jesús y acaba creyendo que él mismo es Jesús, destinado a sacrificarse. Obsesionado con su "misión", se hace crucificar a un árbol, creyendo que esto traerá de vuelta a su padre muerto. Incluso llega a llevar una corona de espinas y a bailar desnudo bajo una tormenta.

El pueblo está cerca de una pista que conduce al oeste de Auschwitz. En respuesta a la frase "Y tú deberías haber subido a estos trenes hace mucho tiempo", Romek va a esta línea de ferrocarril y se entera de lo que les pasa a los judíos . Al día siguiente va a ver al cura y, sin saberlo, descubre que su vecino Kluba sabía de sus verdaderos padres y que Kluba era el asesino del padre de Władek.

Tras una discusión con Robal -el hijo de Kluba-, Władek y Romek lo siguen por la noche al bosque para descubrir lo que hace todas las noches: robar a los judíos que han escapado de los trenes. Un comentario de Romek hace que Robal sospeche que Romek sabe más de lo que debería. Se produce una breve pelea y Robal viola a María, indefensa y semiinconsciente.

Tras confesarse con el cura, Vladek y Romek vuelven a seguir a Robal, esta vez armados. Indignado por el asesinato de su padre y la violación de María, Władek finalmente dispara a Robal y consigue su venganza. El ruido resultante atrae a los alemanes. Władek consigue escapar, pero Romek reacciona demasiado tarde y es descubierto por los alemanes. El oficial nazi malinterpreta completamente la situación: cree que Romek está robando a los judíos y lo lleva al punto más cercano donde los judíos son cargados en los trenes. Allí le ordenan que registre a los judíos en busca de objetos de valor para el placer de los nazis, orgullosos de las "hazañas" del pequeño contra los judíos. Władek, que ha venido a ayudar a Romek, es capturado por un soldado alemán y liberado por Romek, que cuenta a los nazis que Władek le ayudó en el bosque. Poco después, Tolo aparece entre la multitud y, decidido a sacrificarse como el Cristo redentor, niega conscientemente a los nazis cualquier relación o conocimiento con los otros dos chicos y es cargado en el tren, lo que significa una muerte segura para él. Władek y Romek observan impotentes cómo el tren se dirige hacia el cruel destino de Tolo.

La película termina con la comunión de los niños restantes y un acto secreto de tolerancia del sacerdote hacia Romek: es el único que no recibe una hostia consagrada en su lengua, sino un resto de la hostia, signo de respeto hacia su verdadero origen judío.