Desde su infancia más temprana el protagonista ha vivido para satisfacer los intereses de la Agencia, una organización de asesinos para la que trabaja. Le han enseñado todo lo necesario para acabar con quien sea necesario y le han instruido de manera que no sienta la necesidad de rebelarse ni buscar nada más allá. Sólo se le conoce como Agente 47 y es uno de los hombres más poderosos de la mencionada Agencia.

En su última misión, que pasaba por asesinar al presidente ruso Mikhail Belicoff, sufre una traición, y no tarda en convertirse en el objetivo de quienes le criaron. Por el camino se encontrará con Nika Boronina, la inevitable mujer de la historia, con la que comenzará un largo y peligroso camino hacia la salvación.

Una vez tiene toda la información necesaria, el Agente 47 elimina a los guardias de Belicoff y se encierra en la capilla del arzobispo. Allí mata a Belicoff, después de, lo habitual: intentar ser convencido y comprado. Sin escapatoria del lugar, 47 decide entregarse a la Interpol, sabiendo que es la mejor salida para que después el Agente Smith le rescate. Un flashback nos muestra cómo el agente 47 firma un acuerdo verbal con Whittier para que éste le deje libre.

Tiempo después vemos a Nika, que recibe un sobre de un remitente anónimo. En él se incluyen documentos de propiedad enviados por 47, que aunque parezca no tener sentimientos, no se ha podido resistir a hacer su sueño realidad. Mientras tanto, en la lejanía, el Agente 47 vigila a Nika, que había estado a punto de ser eliminada por otro asesino. 47 exclama “Os dije que la dejarais tranquila. Deberíais haberme escuchado”, y comienza a caminar.

En el final alternativo las cosas ocurren de forma distinta: Nika muere y el Agente 47 se enfurece, decidido a vengar su muerte.