En la Tierra Veintidós, Superman escucha un segundo latido procedente de su esposa, Lois Lane, y se da cuenta de que está embarazada. Simultáneamente, Batman llega a Metrópolis persiguiendo al Joker, que ha robado kriptonita de los laboratorios S.T.A.R. Junto a Harley Quinn, el Joker mata a Jimmy Olsen, secuestra a Lois y roba un arma nuclear, que conectan a un monitor de ritmo cardíaco unido quirúrgicamente a su corazón. Al enterarse de la captura de Lois, Superman y Batman llaman a los demás miembros de la Liga de la Justicia para que la encuentren. Mientras buscan en la ciudad, Flash encuentra al Espantapájaros muerto en su laboratorio y su suministro de toxina del miedo desaparecido, antes de ser asesinado por una trampa tendida por el Joker.

Superman finalmente encuentra al Joker y a Harley escondidos en un submarino, pero es atacado por Doomsday al enfrentarse a ellos, y hace volar al monstruo al espacio. Mientras los otros héroes llegan y detienen a Joker y Harley, Batman se da cuenta de que han mezclado la toxina del miedo robada y la kriptonita, utilizándola para que Superman alucine que está luchando contra Doomsday; en realidad, ha matado a Lois. Antes de que Superman pueda ser advertido, la muerte de Lois desencadena la detonación de la ojiva, destruyendo Metrópolis y matando a millones de personas.

El Joker es detenido y llevado al Asilo Arkham, donde le revela a Batman que, frustrado por no poder acabar con él, se dedicó a corromper a Superman. Un afligido Superman irrumpe en el interrogatorio y mata a Joker empalándolo con su puño, arrancándole el corazón, para horror de Batman. A bordo de la Atalaya, mientras el mundo reacciona a sus acciones, Superman resuelve tomar una postura más firme en la prevención de la muerte, lo que es apoyado por Wonder Woman pero repudiado por Batman, creyendo que echará por la borda sus ideales y los de la Liga de la Justicia.

Mientras Green Arrow lleva a Harley a su escondite para protegerla de la ira de Superman, éste revela su identidad secreta ante las Naciones Unidas y anuncia sus intenciones de traer la paz a la Tierra, por la fuerza si es necesario. La Liga de la Justicia queda dividida ante las acciones de Superman; algunos abrazan sus nuevos métodos, mientras que Linterna Verde, Aquaman, Shazam y otros miembros se niegan a apoyarlos y abandonan la Liga de la Justicia.

Mientras tanto, el gobierno de los Estados Unidos se preocupa de que Superman interfiera en sus operaciones encubiertas, y hace que el Amo del Espejo y sus soldados secuestren a su padre, Jonathan Kent, como palanca contra él. Superman comienza a cuestionar sus acciones, pero Wonder Woman le asegura que está haciendo lo correcto. Al localizar al Amo del Espejo, la Mujer Maravilla y Raven lo obligan a entregar la ubicación de Jonathan. La Mujer Maravilla toma su cinturón, que Superman utiliza para encontrar y rescatar a su padre. En la Casa Blanca, Batman se enfrenta al Presidente y le advierte que no vaya a por la familia de Superman.

Más tarde, Superman visita Gotham City para la siguiente etapa de su plan e intenta hacer las paces con Batman, sólo para caer en una discusión sobre sus puntos de vista ideológicos, que culmina con el rechazo de Batman a Superman. Junto a Nightwing, Batman se dirige a Arkham para evitar que Superman, Wonder Woman y Cyborg trasladen por la fuerza a los reclusos de Arkham a una instalación más segura, descubriendo que su hijo Robin se ha unido a Superman. Harley, tras escapar de Flecha Verde y decidir convertirse en un héroe, libera a los reclusos para que maten a Superman, obligando a los héroes a luchar. Durante la lucha, Robin arremete contra Nightwing, matándolo accidentalmente de un golpe en la cabeza. Un desconsolado Batman repudia a Robin por sus acciones, abandonando Arkham con el cuerpo de Nightwing. Informada de lo sucedido por Superman, Catwoman llega a la Batcueva para consolar a Batman. En el más allá, Nightwing se encuentra con Rama Kushna, que lo transforma en Deadwing para devolver el equilibrio al mundo.

Robin presenta a Superman a su abuelo, Ra's al Ghul, quien le ofrece su ayuda para llevar a cabo su misión; sin embargo, se niega a asociarse con un villano. Junto con otros héroes que se negaron a unirse a Superman, Batman forma una insurgencia clandestina y hace planes para robar un cañón de sol rojo de la Fortaleza de la Soledad para derrotar a Superman. Al darse cuenta del plan de Batman, Superman llega a la Fortaleza, derrotando al Capitán Átomo antes de ser sometido por el Átomo, que está en el cerebro de Superman blandiendo un trozo microscópico de kriptonita. Antes de que el cañón pueda ser robado, Ra's lo destruye y mata a Átomo haciendo que Superman inhale gas radiactivo concentrado. Green Arrow intenta disparar a Superman con una flecha de kryptonita, sólo para que sea desviada hacia Jonathan, lo que resulta en que Superman mate a Green Arrow con ira. Tras las últimas palabras de su padre, Superman permite que Batman y su equipo escapen con el Proyector de la Zona Fantasma, y se asocia oficialmente con Ra's.

Superman declara públicamente sus intenciones de utilizar las T-Spheres, que vigilan el mundo y evitan el crimen, y más tarde mata a un club nocturno de adolescentes por llevar el símbolo del Joker. Para contrarrestarlo, Batman hace que Plastic Man saque al creador de las T-Spheres, Mister Terrific, de la prisión de Superman en la Fosa de las Marianas, recibiendo la ayuda invisible de Deadwing. Se filtran imágenes de vídeo de Superman atacando el club nocturno, lo que deja a Wonder Woman intranquila. Superman envía a Amazo, un androide de aprendizaje indestructible construido por Ra's, para una prueba en Smallville. Sin embargo, Amazo se vuelve rápidamente violento y ataca a Superman, y Ra's anuncia sus intenciones de traicionarlo. Capaz de replicar los poderes metahumanos, Amazo domina a la Liga de la Justicia, matando a Hawkman y Cyborg, pero Batman y sus aliados llegan y ayudan a Superman y Wonder Woman a destruir al androide. Mientras tanto, Robin, habiendo cambiado de opinión, se bate en duelo y derrota a Ra's con la ayuda de Deadwing.

A pesar de su ayuda, Superman se prepara para hacer arrestar a los insurgentes e incapacita a Wonder Woman después de que ésta se vuelva contra él. Sin embargo, tras crear un portal interdimensional utilizando su tecnología y el Proyector de la Zona Fantasma, Mister Terrific convoca al Superman de Tierra Uno para que luche contra su homólogo. El Superman de Tierra Veintidós derrota al Superman de Tierra Uno, ya que éste se estaba conteniendo, pero se rinde tras ser convencido por Lois de Tierra Nueve, que perdió a su Superman en una batalla contra Brainiac y se queda embarazada de su hijo. Arrepentido de sus actos, Superman acepta ser encarcelado como penitencia. Aunque no está seguro de lo que ocurrirá a continuación, Batman se prepara para reconstruir el mundo y su vida con Catwoman.