Interceptor sigue a JJ (Elsa Pataky) en su lucha por salvar a Estados Unidos de un ataque coordinado que podría hacer desaparecer el país y a todos los que viven en él. Ella y sus años de entrenamiento son todo lo que se interpone entre 300 millones de personas y la aniquilación nuclear total.

A medida que Kessler (Luke Bracey) se da cuenta de que nunca va a poder pasar por JJ, decide activar una póliza de seguro que, en teoría, la eliminará por completo. Se trata de hundir la plataforma interceptora para que no se puedan lanzar los contramisiles en respuesta a un intento de ataque nuclear. Tras apretar el gatillo, la nave quedará sumergida en cuestión de minutos, y dado que se prevé que la llegada del equipo SEAL tardará mucho más que eso, es la única opción de Kessler que le da alguna posibilidad de éxito.

Kessler activa el protocolo, lo que significa que JJ y Shah (Mayen Mehta) tienen que centrar su atención en cosas que puedan ayudar a mantener la plataforma sobre la superficie el mayor tiempo posible. Shah se dirige a un cuadro de mandos para pulsar algunos interruptores que les permitirán estar unos minutos más sobre el nivel del mar. Sin embargo, mientras está abajo, Beaver, el topo de la tripulación, se enfrenta a él y lo mata de un disparo, lo que significa que los 17 minutos que Shah ha podido comprarle es todo lo que JJ va a conseguir.

Esto significa que tiene que estar en posición de poder disparar los misiles de respuesta antes de que se acabe el tiempo. Para ello, tiene una opción, y es permitir a Kessler el acceso al centro de mando para que pueda lanzar las armas nucleares y así poder eliminarlas antes de que la plataforma de intercepción esté completamente sumergida. Por supuesto, esto es algo que depende de la capacidad de JJ para recuperar el acceso al centro de mando después de haberlo cedido a la oposición. Dado que es la única opción que no condena por completo a los Estados Unidos a la aniquilación total antes de empezar, JJ se arriesga, y lo consigue... sólo para descubrir que el botón para lanzar los misiles interceptores ha sido destruido.

Pensando en lo que hace, JJ localiza una última oportunidad que puede no resultar en la muerte de más de 300 millones de personas: un ordenador portátil para juegos que pertenece a Beaver y que dejó en el centro de mando antes de volverse rebelde. Lo lleva a la azotea, junto con un disco duro del sistema informático principal, y empieza a instalar el programa que le permitirá lanzar los contramisiles cuando llegue el momento. Sin embargo, antes de que pueda pulsar "lanzar", Beaver la alcanza. Los dos luchan, lo que acaba con Beaver decapitado y JJ cayendo a las aguas que rodean la plataforma. Lo que sigue es una carrera contrarreloj hasta la cima de la plataforma antes de que se cierre la ventana para lanzar los interceptores. JJ lo consigue con milisegundos de sobra, dejando que ella y Kessler se enfrenten cuando él no se toma demasiado bien su fracaso. Sin embargo, la lucha se ve interrumpida por la aparición de un submarino en el agua: el billete de Kessler para salir de allí... ¿o no? La tapa se abre y emerge un oficial, seguido rápidamente por un francotirador que dispara una bala que alcanza a Kessler en el pecho, causándole la muerte. El oficial reconoce a JJ, antes de volver a bajar al submarino.

Cuando volvemos a ver a JJ, se está recuperando en el hospital. Allí recibe un par de visitas: una es el Presidente, que le da un nuevo trabajo en el servicio de Seguridad Nacional, y la siguiente es su padre, que aparentemente no murió a manos de los hombres de Kessler gracias a la intervención de sus compañeros veteranos.