En la época victoriana, Jude Fawley es un joven brillante de clase baja que sueña con una educación universitaria. Las circunstancias conspiran contra él, y se ve obligado a trabajar como albañil y a contraer un matrimonio infeliz con una campesina, Arabella. Sigue fiel a su sueño y, meses después, tras la repentina marcha de su mujer, se dirige a la ciudad. Piensa que la educación está al alcance de cualquier hombre que esté dispuesto a trabajar duro. Sin embargo, es rechazado por la universidad basándose principalmente en su condición de clase baja. Durante este período, conoce a su prima, Sue Bridehead, que es hermosa e inteligente, y comparte su desprecio por las convenciones. Mientras Jude se siente cautivado por Sue, y viceversa, ella se casa con el antiguo profesor de Jude, Phillotson, después de que Jude le diga que está casado con Arabella.

El matrimonio de Sue y Phillotson no es un éxito, ya que ella se niega a entregarse sexual o románticamente a su marido. Ella deja a Phillotson para unirse a Jude en lo que resulta ser una vida dura, moviéndose de un lugar a otro mientras Jude consigue trabajos ocasionales como cantero. Jude se entera de que Arabella tuvo un hijo, al que llamó Jude ("Juey") poco después de dejar a Jude. El niño viene a vivir con su padre, Jude, y con Sue. Sue da a luz a dos hijos. Agnóstica e independiente, se niega a legalizar su acuerdo mediante el matrimonio.

A Sue y Jude se les prohíbe un alojamiento de alquiler permanente porque su acuerdo de vida sin matrimonio se considera escandaloso. Sue le dice a Juey que la familia no puede permanecer mucho tiempo en su actual alojamiento porque son demasiados. Al día siguiente, Sue y Jude regresan a su alojamiento y descubren que Juey ha matado a sus hermanastros y se ha suicidado, ahorcándose. Su nota de suicidio dice la razón: "Becos we were to menny".

La pareja cae en una profunda depresión tras la muerte de sus hijos. Volviendo a la religión que antes rechazaba, Sue llega a creer que Dios ha juzgado y castigado a la pareja por no haberse casado. Decide volver con Phillotson, aunque lo encuentra sexualmente repugnante, ya que él es su verdadero marido a los ojos de Dios.

Un año después de la muerte de sus hijos, Jude y Sue se encuentran por casualidad cuando visitan por separado las lápidas de sus hijos. Ambos tienen un aspecto lamentable. Jude exige a Sue que le diga si todavía le ama, a lo que ella responde: "Siempre lo has sabido". Tras un apasionado beso, se aleja de Jude para volver con Phillotson.

Mientras Sue se aleja, Jude le grita: "¡Somos marido y mujer, si alguna vez hubo dos personas en esta tierra!".