El líder de la mafia de Shangai, Yukishiro Enishi, llega a Tokio en busca del antiguo asesino del gobierno Himura Kenshin. Él y sus aliados, que guardan rencor a Kenshin, comienzan su asalto a Tokio. Primero disparan un cañón contra el restaurante Akabeko, lo que provoca múltiples bajas. Kenshin investiga el origen del ataque y descubre una nota con los caracteres escritos jinchū (人誅, lit. "juicio del hombre"). Más tarde, Enishi envía a uno de sus aliados a destruir el Dojo Maekawa, y a otro a la casa del Jefe de Policía. Tras ser alertado de los ataques, Sagara Sanosuke se dirige al Dojo Maekawa mientras Kenshin se apresura a comprobar el estado del Jefe de Policía y derrota al aliado de Enishi. De regreso, Kenshin es confrontado por Enishi, identificándose como el instigador de todos los ataques afirmando que su objetivo es que Kenshin sufra el mismo dolor que sintió cuando Kenshin mató a su hermana, Yukishiro Tomoe.

Kenshin regresa al Kamiya Kasshin Ryu Dojo, revelando a Kamiya Kaoru, Sanosuke, Myojin Yahiko y Takani Megumi que hace quince años, cuando trabajaba para el Bakufu, se casó con Tomoe, que sin saberlo era una espía del Shogunato. Su intención original era matar a Kenshin para vengar a Akira Kiyosato, el que le hizo la primera cicatriz a Kenshin y el difunto prometido de Tomoe. Sin embargo, los dos se enamoraron y se casaron. Cuando los asesinos con los que se alió intentaron tender una emboscada a Kenshin, Tomoe se sacrificó para protegerlo, pero fue asesinada accidentalmente por el propio Kenshin. Antes de su último aliento, Tomoe sujetó un cuchillo y le hizo su otra cicatriz, lo que dio lugar a las cicatrices en forma de cruz que lleva.

Los miembros de la Oniwabanshu, Shinomori Aoshi y Makimachi Misao, llegan a Tokio para ayudar a Kenshin y también traen el diario de Tomoe, que había sido dejado en un templo de Kioto para su custodia. Saito y sus tropas policiales son enviados a una trampa tendida por Cho Sawagejo, que se revela como colaborador de la mafia de Shanghai. Se ven globos aerostáticos en el cielo, esparciendo periódicos con jinchū escrito en ellos. Posteriormente, las tropas de Enishi comienzan a bombardear varias zonas de Tokio. Durante los ataques, Shinomori resulta herido al intentar proteger a la gente de una explosión, mientras que Kenshin lucha y derrota a uno de los aliados de Enishi, el responsable del ataque al restaurante Akabeko. Mientras tanto, Enishi llega al Kamiya Kasshin Dojo, golpeando a los estudiantes del dojo y a Sanosuke, y secuestrando después a Kaoru. Enishi es incapaz de matar a Karou ya que ella le recuerda a su hermana y el trauma de la muerte de su hermana.

Kenshin se prepara para enfrentarse a Enishi y redimirse por la muerte de Tomoe. Kenshin lucha mientras la mafia aparece. Misao, Saito se reúne con la policía y el herido Sanosuke para ayudar a Kenshin. Kenshin entra entonces en la mansión de Enishi, donde se encuentra con Wu Heishin y sus guardias, a quienes Enishi ha cedido el liderazgo de la mafia de Shanghai. Aparece su antiguo enemigo Seta Sojiro, que ayuda a Kenshin en su lugar, ya que le revela que se ha convertido en un vagabundo tras perder contra Kenshin. Con la ayuda de Sojiro, Kenshi llega a Enishi. Su enemigo quiere que se suicide por la muerte de su hermana y sus pecados como antiguo asesino. Kenshin cede, detendrá a Enishi por el bien de sus amigos y de Tomoe, más bien para compensar sus pecados. Los dos continúan su batalla con Kenshin venciendo a Enishi. Heishin aparece entonces y trata de matar a Kenshin con una pistola pero Kaoru interviene. Enishi protege a Kaoru hasta que Kenshin lo detiene, agradeciéndole que proteja a Kaoru.

Después, Enishi es arrestado y se derrumba en la cárcel mientras lee el diario de Tomoe enviado por Kaoru, ya que finalmente entiende la decisión final de su hermana. Al final, Kenshin y Kaoru visitan la tumba de Tomoe para darle las gracias, mientras se cogen de la mano al salir.