Conor, un farero, vive en una isla con su hijo Ben, su esposa Bronagh, embarazada, y su viejo perro pastor inglés Cú en la Irlanda de los años 80. Bronagh desaparece una noche, presumiblemente muriendo tras dar a luz a una hija llamada Saoirse.

Seis años después, Conor está destrozado, Saoirse es muda y Ben se muestra hostil con Saoirse, culpándola de la desaparición de Bronagh. En el cumpleaños de Saoirse, reciben la visita de su abuela, que considera el faro un lugar inadecuado para criar a los niños. Esa noche, Ben asusta a Saoirse con una historia sobre Mac Lir y su madre Macha, la bruja búho, que le robó sus sentimientos y lo convirtió en piedra. Más tarde, Saoirse toca un cuerno de concha marina regalado a Ben por su madre, que la lleva a un abrigo blanco de piel de foca en el armario de Conor. Se pone el abrigo y camina hacia un grupo de focas en el mar, revelándose como una selkie. Después de nadar, es encontrada por la abuela en la orilla del mar, quien insiste en llevar a los niños a la ciudad. Conor acepta a regañadientes a pesar de las protestas de Ben, encierra el abrigo en un cofre y lo arroja al mar.

En Halloween, Saoirse toca la concha marina de Ben, alertando a las hadas llamadas "Na Daoine Sídhe" sobre ella. Ella y Ben intentan volver a casa, pero se encuentran con las hadas, que esperan que ella les permita volver a Tír na nÓg. Sin embargo, son atacados por las lechuzas de Macha, convirtiendo a las Hadas en piedra. Los hermanos huyen del lugar y toman un autobús rural, y se encuentran con Cú, que los había seguido. Sin embargo, Saoirse se pone enferma, debido a que no tiene su capa de foca y a que está lejos del océano. Se encuentran con un pozo sagrado, en el que Saoirse se sumerge. Ben la sigue y se encuentra con el Gran Seanachaí: se enteran de que Saoirse fue secuestrada por Macha, y que es muda porque necesita el abrigo y pronto morirá si no lo recupera. Le da a Ben uno de sus cabellos que le llevará hasta Macha. Cuando sigue el pelo, éste le muestra que Bronagh -una selkie ella misma- se vio obligada a regresar al océano la noche del nacimiento de Saoirse, dejando atrás a su marido y a sus hijos. Desde que Ben descubrió la verdad, las paredes de pelo se abren, mostrándole una salida y la casa. Las hadas que se convirtieron en piedra hablan para advertir a Ben que evite los frascos, le dicen que tenga cuidado y sea valiente, y le desean buena suerte.

Ben se encuentra entonces con Macha, quien le explica que cuando Mac Lir sufrió de un corazón roto, ella lo convirtió en una isla cerca de su casa. Está decidida a hacer lo mismo con todos, incluso con ella misma, para evitarles el dolor. Ben consigue rescatar a Saoirse, devolviendo a Macha sus sentimientos y permitiéndole reconocer que quitarle los sentimientos no ayuda. Ayuda a llevarlos de vuelta a casa junto con dos perros Faerie, y Conor intenta llevar a Saoirse a un hospital. Ben se sumerge en el mar en busca del abrigo de Saoirse y lo recupera con la ayuda de las focas. Después de que Conor lo suba al barco, le ponen el abrigo de Saoirse y su voz sorprende a Ben y a Conor. El abrigo de Saoirse la transforma en una pequeña foca. Ben monta en su espalda y su padre monta en la espalda de otra foca hasta la isla de Mac Lir. El grupo llega a la isla de Mac Lir, pero la salud de Saoirse no se ha recuperado del todo. Ben intenta que Saoirse cante, y ella acaba cantando la Canción del Mar. La canción hace que la salud de Saoirse se restablezca por completo, junto con las hadas y los espíritus que Macha había convertido en piedra, y abre el camino a Tír na nÓg.

Bronagh aparece para llevarse a Saoirse a Tír na nÓg con ella, pero Ben y Conor les ruegan que dejen que Saoirse se quede con ellos, porque es lo único que tienen. Dado que es medio humana, la elección recae en Saoirse, que elige quedarse con su padre y su hermano, aunque eso signifique renunciar a sus poderes de selkie y convertirse en totalmente humana, si Bronagh toma el abrigo de Saoirse para desenredar sus mundos. Aceptando la decisión de su hija, Bronagh toma su abrigo. Conor le dice a Bronagh que la quiere mucho y se besan. Ben le pide a Bronagh que se quede también, pero ella es incapaz y le dice que la recuerde en sus historias y canciones y que siempre le querrá, antes de besar la frente de su hijo. Tras una lacrimógena despedida, Ben y su familia regresan felices a su isla, donde finalmente llega la abuela, y Conor le dice que ya está lo suficientemente bien como para cuidar de los niños.

En una escena a mitad de los créditos, la familia se muestra felizmente pintando un mural de su casa, Bronagh y las hadas y celebrando el cumpleaños de Ben, y Ben y Saoirse, ahora más unidos que nunca, van a nadar con Cú y las focas en el océano.