En el año 149 d.C., veinte años después de la desaparición de la Novena Legión en el norte de Britania, Marco Flavio Aquila, un joven centurión romano, llega a la Britania romana para servir en su primer puesto como comandante de guarnición. El padre de Marco, que era el centurión mayor de la novena, desapareció con el estandarte del águila de la malograda legión, y Marco espera redimir el honor de su familia sirviendo valientemente en Britania. Poco después, sólo la vigilancia y la decisión de Marco salvan a la guarnición de ser invadida por tribus celtas en una insurrección local. Es condecorado por su valentía, pero es dado de baja honorablemente debido a una grave lesión en la pierna.

El águila de Silchester, encontrada en Silchester, inspiró la novela original El águila de la novena
Viviendo en la finca de su tío cerca de Calleva (la actual Silchester), en el sur de Gran Bretaña, Marcus tiene que enfrentarse a que su carrera militar ha quedado truncada y a que el nombre de su padre sigue siendo desprestigiado. Al oír rumores de que el estandarte del águila ha sido visto en el norte de Gran Bretaña, Marcus decide recuperarlo. A pesar de las advertencias de su tío y de sus compañeros romanos, que creen que ningún romano puede sobrevivir al norte del Muro de Adriano, se adentra en el territorio de los pictos, acompañado únicamente por su esclava Esca. Hijo de un difunto jefe de los brigantes, Esca detesta Roma y lo que representa, pero se considera ligado a Marco, que le salvó la vida durante un espectáculo en el anfiteatro.

Tras varias semanas de viaje por las tierras salvajes del norte, Esca y Marco se encuentran con Guern, un Lucio Cayo Metelo de origen romano, uno de los supervivientes de la Novena Legión, que atribuye su supervivencia a la hospitalidad de la tribu Selgovae. Guern recuerda que todos los desertores, salvo un pequeño número, fueron asesinados en una emboscada por las tribus del norte -incluidos los brigantes de Esca- y que el estandarte del águila fue arrebatado por el Pueblo de la Foca, la más feroz de las tribus. Los dos viajan más al norte hasta que son encontrados por la Gente del Sello. Esca se identifica como el hijo de un jefe que huye de la dominación romana y reclama a Marco como su esclavo, y es acogido por la tribu. Tras permitir que el Pueblo de las Focas maltrate a Marco, Esca acaba revelando que sus acciones eran una estratagema y ayuda a su amo a encontrar el águila. Mientras la recuperan, son emboscados por varios guerreros, entre ellos el padre del príncipe de las focas, el jefe de la tribu. Marcus y Esca consiguen matarlos. Antes de morir, el jefe revela que ha matado al padre de Marcus, que aparentemente rogó por su vida. Además, se revela que el jefe lleva el anillo del padre de Marcus. Marcus no entiende el celta y pide a Esca que se lo traduzca, pero Esca nunca revela el destino del padre de Marcus. Con la ayuda del joven hijo del príncipe de los sellos, escapan del pueblo.

Los dos huyen hacia el sur en un esfuerzo por alcanzar el Muro de Adriano, con el Pueblo del Sello en su persecución. Marco, ralentizado por su vieja herida de batalla, ordena a Esca que lleve el águila de vuelta a territorio romano e incluso concede al reacio esclavo su libertad. Una vez liberado, Esca se niega a abandonar a su amigo y sale en busca de ayuda. Regresa con los supervivientes de la Novena Legión justo cuando el Pueblo de la Foca los alcanza. Guern le revela a Marcus que vio morir a su padre. Le asegura a Marcus que su padre no era un cobarde y que luchó hasta el final. Los legionarios, deseando redimirse, aceptan a Aquila como su comandante y se preparan para defender el estandarte del águila. Como ejemplo para los que traicionan a su pueblo, el príncipe de las focas mata a su joven hijo delante de Esca, Marco y los legionarios. A continuación, ordena a sus guerreros que ataquen. Se produce una batalla en la que mueren todos los guerreros del Sello, junto con la mayoría de los soldados de la Novena Legión, incluido Guern. Marco mata al príncipe de los Sellos ahogándolo en el río. Con el enemigo derrotado, los cuerpos de britanos y romanos son depositados por los vencedores. Mientras Marco elogia su valor, enciende una pira funeraria para Guern. Mientras Guern es incinerado, Marco, Esca y los pocos supervivientes de la Novena regresan a territorio romano, donde Aquila entrega el águila al asombrado gobernador en Londinium. Se habla de reformar la Novena Legión con Marco como comandante. Pero cuando Marco y Esca se preguntan qué harán a continuación, Marco deja la decisión en manos de Esca.