En 1821, Don Diego de la Vega, un noble californiano nacido en España, lucha contra los españoles en la Guerra de la Independencia de México como Zorro, un misterioso espadachín enmascarado que defiende a los campesinos y plebeyos mexicanos de Las Californias. Don Rafael Montero, el corrupto gobernador de la región, tiende una trampa al Zorro en una ejecución pública de tres campesinos inocentes. El Zorro detiene la ejecución, y los soldados de Montero son frustrados por dos jóvenes hermanos, Alejandro y Joaquín Murrieta. El Zorro lucha contra los soldados españoles restantes y agradece a los hermanos Murrieta regalándoles un medallón de plata. Don Montero sospecha que de la Vega es el Zorro e intenta detenerlo en su casa. Se inicia una lucha con espadas, se produce un incendio y la esposa de de la Vega, Esperanza, de la que Montero estaba enamorado, muere de un disparo durante la refriega. Mientras la casa de Diego se incendia, Montero toma a su hija pequeña, Elena, como propia antes de enviar a de la Vega a la cárcel y regresar a España.

Veinte años más tarde, Alejandro y Joaquín son bandidos y realizan una estafa con Jack el de los Tres Dedos para cobrar la recompensa por sus cabezas y robar una caja fuerte. Antes de que puedan escapar con el dinero, son capturados por el capitán Harrison Love, la mano derecha de Montero. Jack y Joaquín son capturados mientras Alejandro escapa, y Joaquín se dispara a sí mismo antes de ser ejecutado por el capitán Love. Love entonces decapita a Joaquín. Montero regresa a California como civil, junto a Elena, que se ha convertido en una hermosa mujer y se parece a su difunta madre. La reaparición de Montero motiva a De la Vega a escapar de la prisión. Se encuentra con Alejandro Murietta emborrachándose y reconoce el medallón de plata que de la Vega le regaló de niño. De la Vega se entera de que Murietta está en una búsqueda similar de venganza contra el Capitán Amor por la muerte de su hermano Joaquín, y acepta convertir a Alejandro en su protegido, reclutándolo para ser el nuevo Zorro. Alejandro acepta someterse al régimen de entrenamiento de De la Vega en la cueva secreta del Zorro bajo las ruinas de su finca familiar para poder vengarse.

Mientras está siendo entrenado, Alejandro roba a la guarnición local un semental negro parecido al corcel del Zorro, Tornado. De la Vega regaña a Alejandro, alegando que el Zorro era un servidor del pueblo, no un ladrón y aventurero. En su lugar, reta a Alejandro a ganarse la confianza de Montero. Alejandro se hace pasar por un noble visitante llamado Don Alejandro del Castillo y García, con De la Vega como su sirviente "Bernardo", y asiste a una fiesta en la hacienda de Montero. En la fiesta se gana la admiración de Elena y la suficiente confianza de Montero para ser invitado a una reunión secreta en la que están presentes varios otros nobles. Montero insinúa un plan para recuperar California para los Dons y proclamarla como una república independiente comprándola al general Santa Anna, que necesita dinero para la próxima guerra entre México y Estados Unidos.

Montero lleva a Alejandro y a los nobles a una mina de oro secreta conocida como "El Dorado", donde los campesinos y los prisioneros son utilizados como mano de obra esclava. Montero planea comprar California a Santa Anna utilizando el oro extraído de sus propias tierras. De la Vega, como el criado "Bernardo", aprovecha esta oportunidad para acercarse a Elena, y se entera de que Montero le dijo a Elena que su madre había muerto al dar a luz. Mientras pasea por un mercado, Elena se encuentra con la mujer que fue su niñera, quien le cuenta a Elena la verdadera identidad de sus padres. De la Vega envía a Alejandro, que ahora lleva oficialmente el manto del Zorro, a robar el mapa de Montero que lleva a la mina de oro. El Zorro se bate en duelo con Montero, Amor y sus guardias en la hacienda. Cuando el Zorro escapa, Elena intenta recuperar el mapa de Montero del espadachín. Se produce un breve pero erótico duelo de espadas, y el Zorro le da un apasionado beso antes de huir.

Aterrorizado por las represalias de Santa Anna si descubre que le pagan con su propio oro, Montero, a instancias de Amor, decide destruir la mina y matar a los trabajadores. De la Vega le dice a Alejandro que libere a los trabajadores por su cuenta para que de la Vega pueda reclamar a Elena. Alejandro se pone en marcha, sintiéndose traicionado por la venganza de Diego. De la Vega acorrala a Montero en la hacienda y le revela su identidad, pero Montero lo captura amenazando con dispararle delante de Elena. Mientras se lo llevan, de la Vega le dice a Elena el nombre de las flores, romneya, que reconoció a su llegada a California, convenciéndola de que es su padre. Ella libera a de la Vega de su celda y se dirigen a la mina, donde Alejandro y de la Vega derrotan y matan respectivamente a Amor y a Montero, vengando a Joaquín y a Esperanza. Elena y Alejandro liberan a los trabajadores antes de que estallen los explosivos y luego encuentran a De la Vega herido de muerte. Éste hace las paces con Alejandro y Elena y da su bendición para que Alejandro se case con su hija antes de morir.

Algún tiempo después, Alejandro y Elena se casan y Alejandro le cuenta a su hijo pequeño, Joaquín, al que ha puesto el nombre de su hermano, las hazañas de su abuelo y su legado como Zorro.