Un hombre a la deriva por una tormenta se despierta en una playa. Descubre que se encuentra en una isla desierta con abundante agua dulce, fruta y un denso bosque de bambú. Construye una balsa de bambú e intenta navegar, pero la balsa es destruida por un monstruo invisible en el mar, lo que le obliga a volver a la isla. Lo intenta de nuevo con una balsa más grande, pero la criatura vuelve a frustrarlo. Un tercer intento termina con la balsa destruida, pero esta vez se enfrenta a una tortuga gigante con un caparazón rojo brillante.

Esa noche, el hombre ve a la tortuga roja arrastrándose por la playa. Enfadado, la golpea en la cabeza con una vara de bambú y luego la voltea sobre su espalda, dejándola varada. Mientras trabaja en otra balsa, siente remordimientos y vuelve a la tortuga, pero es demasiado pesada para voltearla. Va a buscar agua para ella, pero cuando vuelve, está muerta. Se queda dormido junto a ella. Por la mañana, el hombre se sorprende al encontrar a una mujer pelirroja inconsciente dentro del caparazón, que se ha abierto. Va a buscar agua para ella y construye un refugio para protegerla del sol. Cuando llueve, la mujer se despierta y va a nadar. La mujer arroja la concha a la deriva en el mar y el hombre hace lo mismo con su balsa. Los dos se enamoran.

La pareja tiene un hijo pelirrojo. El niño, curioso, encuentra una botella de cristal y su padre y su madre le cuentan su historia. Tras caer accidentalmente al mar, el niño aprende que es un nadador nato y nada con tres tortugas verdes. Regresa nadando hasta su madre, que lo abraza y mira el mar con aprensión. El niño se convierte en un joven. Un día llega un tsunami. Cuando el tsunami retrocede, el joven busca a sus padres y encuentra a su madre herida sin rastro de su padre. Llama a las tres tortugas y éstas le ayudan a nadar hacia el mar, donde encuentran a su padre agarrado desesperadamente a un bambú. Lo rescatan, el joven encuentra su botella de cristal y la familia limpia los restos y quema el bambú muerto.

Un día, el joven sueña que se adentra en el mar nadando. Se despide de sus padres y se aleja nadando con las tres tortugas verdes. El hombre y la mujer siguen viviendo en la isla y envejecen juntos, todavía muy enamorados. Una noche, tras contemplar la luna, el hombre cierra los ojos y muere. La mujer se lamenta. Se acuesta junto a él y le pone la mano encima. Su mano se transforma en una aleta y, ahora la tortuga roja, se arrastra por la playa y se aleja nadando.