Un grupo de soldados de élite de Operaciones Especiales, dirigidos por el capitán "Mack" (Cuba Gooding Jr.), son enviados por un agente de la CIA llamado Dr. Elissa Cardell (Valerie Cruz) para rescatar a su padre, un científico llamado Lee Wesley (Ron Perlman), de una excavación arqueológica en el desierto de Oriente Medio. El lugar de la excavación era un supuesto búnker de armas de destrucción masiva. Cuando entran en la excavación se encuentran con un sacerdote que tiene extraños forúnculos por todo el cuerpo. La médico del equipo, la "Doc" Sarah Harrington (Taryn Manning), seda al sacerdote. El especialista en informática y antiguo hacker Click (Brandon Fobbs) utiliza el terminal de la excavación para activar el ascensor y se da cuenta de que hay algo llamado Proyecto Gehenna. Le pregunta a Cardell si sabe de qué se trata, pero ella niega conocerlo. Todas las comunicaciones del lugar han sido desactivadas y el cableado cortado. Mack ordena al especialista en comunicaciones Nickels (Zack Ward) que se quede para arreglar las comunicaciones y vigilar al sacerdote mientras el resto del equipo toma el ascensor para adentrarse en la excavación.

Cuando salen del ascensor se encuentran con un científico llamado Duncan (Bill Moseley), que tiene unos extraños forúnculos como el sacerdote, ojos de color pálido y una voz antinatural. Duncan se enfrenta inmediatamente a Doc sobre sus creencias religiosas mientras le dice su nombre completo. Duncan ataca a Hammer (Franky G) escupiéndole una sustancia viscosa negra y ácida, pero Mack le dispara en el pecho. Mientras trata la herida de Duncan, Doc tiene una alucinación de su hermana; enfadada con Doc por dejarla morir. Duncan y Doc desaparecen pero el equipo utiliza el dispositivo de rastreo de Doc para seguirlos. El equipo se separa y Yoshi (Stephanie Jacobsen) sigue una alucinación de la hija no nacida de ella y Hicks (Jason London). El equipo se encuentra con Duncan, que intenta abrir la puerta de la sala de seguridad. Duncan grita al equipo sobre su ignorancia de la salvación y Mack le dispara en la cabeza, lo que extrañamente no lo mata. Todo el equipo le dispara y finalmente muere.

La puerta de la sala de seguridad se abre desde el interior, revelando a un sacerdote llamado Fulton (Henry Rollins), a quien Cardell conoce. Fulton les dice que Doc probablemente fue llevado al templo y él acepta a regañadientes llevarlos allí. El equipo se da cuenta de que Yoshi ha desaparecido y, cuando la encuentran, les habla de su alucinación. Fulton explica que los poseídos utilizan las visiones para tentar a los humanos. Mack entonces le tapa la boca a Fulton con cinta adhesiva. Nickels alucina con una mujer desnuda y es atacado por el sacerdote; se defiende con un cuchillo pero le rompen el brazo y el sacerdote le escupe un líquido oscuro en la boca, luego lo arrastra.

Click se separa del equipo y se encuentra con Doc encerrado en una habitación. Cuando intenta ayudarla es atacado por un científico poseído. Hammer aparece y rescata a Click, pero empiezan a aparecer más poseídos. Hammer decide lanzar explosivos al grupo, haciendo que el pasaje se derrumbe. El equipo llega al templo, donde se enteran por Fulton y Cardell de que los científicos están poseídos porque absorbieron el espíritu de uno de los Nephilim, que está congelado en el templo para evitar que se escape. Fulton explica que el lugar de la excavación es una de las muchas tumbas creadas por Dios para encerrar a los Nephilim. Mientras tanto, Yoshi sigue la alucinación hasta una Doc ahora poseída. Ella seduce a Yoshi y le permite lamer extraños e infecciosos forúnculos en su hombro, poseyéndola. Doc entonces abre la espalda de Yoshi. Cuando el equipo se da cuenta de que Yoshi ha desaparecido, Hicks y Hammer intentan encontrarla. Durante su búsqueda, una Doc poseída ataca a Hammer, quien le apunta con su arma al notar que le han salido forúnculos. Hicks apunta con su arma a Hammer, que intenta decirle a Hicks que Doc está poseído. Hicks no le cree y dispara a Hammer, que consigue huir.

Hicks persigue entonces a Doc y encuentra a Yoshi, cuya columna vertebral está expuesta. Intenta ayudarla pero ella le ataca mientras Doc le arranca la garganta. Hammer llega de nuevo al templo para informar a Mack sobre Doc y Hicks.

Fulton se da cuenta de que, con la ayuda involuntaria de Click, Cardell activó el Proyecto Gehenna, que es un dispositivo de autodestrucción de la excavación. Corre solo hacia el ascensor. Los soldados sólo tienen quince minutos para llegar al ascensor antes de la explosión. La puerta del templo comienza a cerrarse lentamente. Mack, Cardell y Click consiguen salir del templo, pero Hammer se queda encerrado y, rodeado de científicos poseídos, presenta batalla, pero se ve superado y hace estallar sus granadas, matándose a sí mismo y a los científicos poseídos que le atacan. Mientras Fulton huye es empujado contra un alambre de espino por Doc, que le corta el cuello.

Mack, Cardell y Click llegan a la zona donde encontraron a Duncan por primera vez y se encuentran con Wesley. Wesley está poseído pero no tiene los forúnculos. Llegan Doc y Nickels, que ahora está poseído, y Mack y Click le disparan a él y a algunos otros poseídos hasta que el sacerdote poseído agarra a Click, lo arrastra y lo mata. Mack tiene una alucinación de su antiguo mejor amigo Blakeley (Ray Winstone), al que Mack ordenó asesinar años atrás. Mack se resiste y dispara un barril explosivo junto a Wesley que lo quema y mata a Doc, junto con la alucinación de Blakeley. Cardell se sitúa junto a Wesley y libera su alma tomando el Nephilim en su interior. Cuando Mack le dice que tienen que irse, ella se niega, diciendo que su objetivo era liberar el alma de su padre. Mack consigue llegar al ascensor solo y escapa de la excavación segundos antes de la explosión. Mack es entonces recogido por el helicóptero y se da cuenta de que tiene un nuevo propósito en el mundo. Es un nuevo soldado en una antigua guerra contra los malvados Nephilim.