Jesús de Nazaret es un carpintero en la Judea ocupada por los romanos, dividido entre sus propios deseos y su conocimiento de que Dios tiene un plan para él. Su conflicto le lleva a odiarse a sí mismo y a colaborar con los romanos para crucificar a los rebeldes judíos.

Judas Iscariote, un amigo de Jesús enviado originalmente para matarlo por colaborar, sospecha en cambio que Jesús es el Mesías y le pide que dirija una guerra de liberación contra los romanos. Jesús responde que su mensaje es el amor a la humanidad; entonces Judas se une a Jesús en su ministerio, pero le amenaza con matarlo si se desvía del propósito de rebelión. Jesús también tiene una relación previa no revelada con María Magdalena, una prostituta judía.

Tras salvar a María Magdalena de una turba reunida para apedrearla por prostituirse y trabajar en sábado, Jesús comienza a predicar. Adquiere discípulos, pero sigue sin saber cuál es su papel. Visita a Juan el Bautista, que lo bautiza, y ambos discuten sobre teología y política. El objetivo principal de Juan es liberarse de los romanos, mientras que Jesús sostiene que la gente debe ocuparse de los asuntos del espíritu. A continuación, Jesús se va al desierto para probar la conexión de Dios con él, donde es tentado por Satanás, pero se resiste y se imagina con un hacha, siendo instruido por Juan el Bautista en respuesta al dilema de Jesús de elegir el camino del amor (simbolizado por el corazón) o el de la violencia (representado por el hacha). Jesús regresa del desierto a casa de Marta y María de Betania, que le devuelven la salud e intentan persuadirle de que el camino para agradar a Dios es tener un hogar, un matrimonio e hijos. En presencia de sus discípulos, que le esperan, saca su propio corazón y lo sostiene en la mano; les invita a seguirle. Con una nueva confianza, realiza varios milagros y resucita a Lázaro de entre los muertos.

Finalmente, su ministerio llega a Jerusalén, donde Jesús realiza la Limpieza del Templo y dirige un pequeño ejército para tomar el templo por la fuerza, pero se detiene en las escaleras para esperar una señal de Dios. Comienza a sangrar por las manos, lo que reconoce como una señal de que debe morir en la cruz para traer la salvación a la humanidad. Confiando en Judas, convence a éste de que lo entregue a los romanos, a pesar de que Judas se inclina por lo contrario. Jesús convoca a sus discípulos para el seder de Pascua, tras lo cual Judas dirige un contingente de soldados para arrestar a Jesús en el jardín de Getsemaní. Jesús se entrega. Poncio Pilato se enfrenta a Jesús y le dice que debe ser condenado a muerte porque representa una amenaza para el Imperio Romano. Jesús es azotado, se le coloca una corona de espinas en la cabeza y finalmente es crucificado.

Mientras está en la cruz, Jesús conversa con una joven que dice ser su ángel de la guarda. Le dice que, aunque es el Hijo de Dios, no es el Mesías, y que Dios está contento con él y quiere que sea feliz. Lo baja de la cruz y, invisible para los demás, se lo lleva a María Magdalena, con quien se casa. Pronto esperan un hijo y viven una vida idílica, pero ella muere abruptamente, y Jesús es consolado por su ángel. A continuación, toma como esposas a María y Marta, las hermanas de Lázaro. Forma una familia con ellas, teniendo muchos hijos, y vive su vida en paz.

Muchos años después, Jesús se encuentra con el apóstol Pablo predicando sobre el Mesías, contando historias de la resurrección de Jesús y su ascensión al cielo. Jesús trata de decirle a Pablo que él es el hombre sobre el que Pablo ha estado predicando, y argumenta que la salvación no puede basarse en mentiras. Pero Pablo no se inmuta y dice que, aunque su mensaje no sea la verdad, es lo que el mundo necesita oír, y nada le impedirá proclamarlo.

Casi al final de su vida, un Jesús anciano llama a sus antiguos discípulos a su cama. Pedro, Natanael y un Juan lleno de cicatrices visitan a su maestro cuando Jerusalén está en plena rebelión judía contra los romanos. Judas llega el último y revela que el joven ángel que liberó a Jesús de la crucifixión es en realidad Satanás. Arrastrándose de nuevo a través de la ciudad en llamas de Jerusalén, Jesús llega al lugar de su crucifixión en el Gólgota y ruega a Dios que le permita cumplir su propósito, declarando: "¡Quiero ser el Mesías!"

De repente, Jesús se encuentra de nuevo en la cruz, tras haber superado la "última tentación" de escapar a la muerte, casarse y formar una familia, y el consiguiente desastre que habría abarcado a la humanidad. Desnudo y ensangrentado, Jesús grita con intensa emoción mientras muere: "¡Está consumado!", al darse cuenta de que ha salvado el alma del hombre. La pantalla cambia a blanco mientras suenan las campanas del triunfo.