En el pueblo costero de O'Hare, California, un niño de 8 años que es pequeño para su edad, Pepper Flynt Busbee (Jakob Salvati), tiene una relación muy estrecha con James, su cariñoso padre, que comienza desde el mismo momento en que nace, cuando su padre lo acuna en brazos y se da cuenta de lo pequeño que es. Cuando Pepper pregunta a un médico si tiene enanismo, éste le dice: "Por ahora, Pepper, digamos que eres un 'niño pequeño'", expresión que se convertiría en el apodo de Pepper. Aprendería a despreciar esas dos palabras y siempre haría un problema cuando alguien le dijera su apodo.

Sin embargo, cuando comienza la Segunda Guerra Mundial, el hermano mayor de Pepper es declarado no apto para el servicio militar por tener los pies planos y su padre se alista en su lugar, lo que destroza a Pepper[6]. Poco después de que su padre se marchara a la guerra, Pepper escucha el versículo bíblico: "En verdad os digo que si tenéis una fe tan pequeña como un grano de mostaza, podéis decir a este monte: "Muévete de aquí para allá", y se moverá" (Mateo 17:20), y se empeña en conseguir la fe suficiente para traer a su padre a casa. Sin embargo, como le dice su amigo y mentor, el padre Oliver, la fe es inútil para quien alberga odio. El padre Oliver le dice a Pepper que se haga amigo de un japonés llamado Hashimoto.

Al principio, el sentimiento antijaponés que Pepper ha interiorizado -y que se ha convertido en algo habitual en su sociedad- le hace dudar a la hora de seguir este consejo, pero a medida que va conociendo a Hashimoto, empieza a valorar su amistad y aprende de él a enfrentarse a quienes le intimidan por su altura. El padre Oliver le da a Pepper una lista de tareas que debe realizar. Cuando el padre de Pepper es dado por desaparecido en combate, la madre de Pepper (Emily Watson) lucha por mantener a su familia unida ante estas abrumadoras dificultades. Su hermano London y Sam -uno de los habitantes del pueblo que ha perdido un hijo- van a casa de Hashimoto y le atacan una noche, lo que hace que sea hospitalizado. London es arrestado inicialmente, pero Hashimoto decide no presentar cargos y es liberado.

Un representante del ejército trae la noticia de que el padre de Pepper ha sido asesinado y está enterrado en Filipinas. Hashimoto acude al funeral en el cementerio de O'Hare para presentar sus respetos. Pepper y Hashimoto se sientan en un banco y hablan de sus pérdidas mutuas de familia y de creer en algo. Pepper vuelve al cementerio para visitar la tumba de su padre y colocar la lista encima de su lápida. Pepper y su madre van al médico del pueblo; el Dr. Fox intenta ligar con ella y se invita a sí mismo a la casa esa noche con el pretexto de hablar sobre la posible causa de la baja estatura de Pepper.

Más tarde, ese mismo día, un portavoz del ejército llega para decirle que su marido no ha muerto después de todo. El hombre que realmente murió había robado las botas del padre de Pepper, con sus placas de identificación pegadas a los cordones, cuando cayó después de recibir un disparo, por lo que fue identificado erróneamente como el padre de Pepper. La familia sale de la ciudad para visitar a James en el hospital y Pepper le lleva las botas a las que James había echado el ojo durante algún tiempo, y que Pepper compró para él después de que se fuera a la guerra. Al llegar, se dan cuenta de que James ha sufrido una leve amnesia debido a una lesión en la cabeza. Sin embargo, Pepper llama a su padre por su apodo de siempre, "compañero", y le entrega su regalo. James sostiene las botas, luego abraza a Pepper y toca las caras del resto de su familia. Todos se arrodillan alrededor de su silla y comparten un abrazo de grupo, antes de llevarle de vuelta a O'Hare.