Año 2029. Los mutantes nacidos naturalmente están casi extinguidos debido a un virus creado por el hombre. Logan (perdiendo lentamente su habilidad mutante para curarse) se esconde con Charles Xavier justo al otro lado de la frontera de México.

Él trabaja como conductor de limusinas para pagar los medicamentos que evitan que Charles sufra ataques telepáticos mientras Caliban lo cuida. Por otro lado, Logan está ahorrando dinero para comprar un barco para que él y Charles puedan vivir el resto de sus cortas vidas en alta mar.

Logan es abordado por Gabriela, una ex enfermera empleada por Transigen, la compañía que fabricó el virus que casi acabó con todos los seres humanos.

Ella está siendo rastreada por Donald Pierce y los Reavers mejorados cibernéticamente. Aunque ella suplica su ayuda, Logan la despide.

Al responder a una llamada para un viaje, Logan descubre que Gabriela le pide a Logan que la lleve a ella y a Laura, una fugitiva de 11 años de Transigen, a Eden, un santuario para mutantes en Canadá.

Logan nuevamente la rechaza, y luego la encuentra muerta. Resulta que Gabriela descubrió que Transigen estaba creando sus propios mutantes con la esperanza de movilizarlos como armas. Laura fue creada a partir del ADN de Logan del proyecto Weapon X de X-Men: Apocalipsis, por lo tanto, técnicamente es la hija de Logan, con garras de adamantium en ambas manos y pies. Cuando Gabriela descubrió que todos los niños iban a "dormir", organizó un motín para liberarlos a todos y dirigirse a un lugar seguro en Dakota del Norte para reagruparse antes de llegar a Eden.

En sus viajes, Logan descubre que las coordenadas de Eden provienen de un número de Marvel Comics de "The Uncanny X-Men" que indica que siempre fue falso. A pesar de esto, continúa el viaje con Charles y Laura, mientras Transigen los sigue guiados por Caliban (que puede rastrear a los mutantes).

Mientras se encontraban con una familia a la que ayudaron en el camino, Xavier es asesinado por X-24, un clon perfecto de Logan, pero controlado por el médico principal de Transigen, Xander Rice, cuyo padre fue asesinado por Weapon X.

Logan lleva a Laura a Dakota del Norte, donde se reagrupan con los otros mutantes. En sus viajes a la frontera con Canadá, son emboscados por Transigen y los Segadores.

En la batalla, los niños mutantes y Logan logran matar a todos los Segadores. Logan dispara y mata a Rice mientras los niños torturan y matan a Pierce.

X-24 finalmente herir a Logan contra un árbol. Cuando está a punto de terminar el trabajo, Laura le dispara a X-24 en la cabeza con una bala de adamantium que Logan había estado guardando.

Logan y Laura comparten un momento como padre e hija antes de que Logan finalmente sucumba a sus heridas y muera. Los niños entierran a Logan y colocan una cruz de madera en su tumba, pero antes de irse, Laura reconvierte la cruz en una X.