En los momentos finales del servicio de mediodía del Pastor Tomas Ericsson, solo unas pocas personas asisten, incluyendo al pescador Jonas Persson y su esposa embarazada Karin, así como la ex-amante de Tomas, la atea Märta. Después del servicio, Tomas, aunque está resfriándose, se prepara para su servicio de las tres en otra ciudad. Sin embargo, antes de irse, llegan los Persson para hablar con él. Jonas se ha vuelto melancólico tras enterarse de que China está desarrollando una bomba atómica. Tomas habla brevemente con el hombre, pero le pide a Jonas que regrese después de llevar a su esposa a casa. Tan pronto como los Persson se van, la maestra sustituta Märta entra y trata de consolar al miserable Tomas, preguntándole si ha leído la carta que ella le escribió. Él no lo ha hecho y le cuenta sobre su fracaso al ayudar a Jonas, y se pregunta si tendrá algo que decir, ya que él también está sin esperanza. Märta expresa su amor por Tomas, pero también su creencia de que él no la ama. Ella se va, y Tomas lee su carta.

En la carta, Märta describe el abandono de Tomas hacia ella, relatando una historia de cómo un sarpullido que desfiguró su cuerpo lo repulsó, y ni su fe ni sus oraciones hicieron algo para ayudarla. Ella escribe sobre cómo su familia era cálida y amorosa sin religión, y expresa su desconcierto ante la indiferencia de Tomas hacia Jesús. Tomas termina la carta y se queda dormido. Despertado por el regreso de Jonas, Tomas intenta torpemente brindar consejo, antes de admitir finalmente que él tampoco tiene fe. Dice que su fe era egoísta: Dios amaba a la humanidad, pero Tomas sobre todo. Sirviendo en Lisboa durante la Guerra Civil Española, Tomas no pudo reconciliar a su Dios amoroso con las atrocidades que se cometían, por lo que las ignoró. Finalmente, Tomas le dice a Jonas que las cosas tienen más sentido si negamos la existencia de Dios, porque entonces la crueldad humana no necesita explicación. Jonas se va, y Tomas se enfrenta al crucifijo y se declara finalmente libre.

Märta, que ha estado merodeando en la capilla, está encantada de escuchar esto y abraza a Tomas, quien nuevamente no responde a sus afectos. Son interrumpidos por la viuda Magdalena, quien les dice que Jonas acaba de suicidarse con un rifle. Tomas conduce, solo, hasta el lugar y estoicamente ayuda a la policía a cubrir el cuerpo de Jonas con una lona. Märta llega a pie, y ella y Tomas se van en auto hacia su casa, donde ella lo invita a entrar para tomar algún medicamento para su resfriado. Esperando en el aula de Märta adjunta a su casa, Tomas finalmente estalla contra ella, diciéndole primero que la rechazó porque estaba cansado de los chismes sobre ellos. Cuando eso no detiene sus afectos, Tomas le dice que estaba cansado de sus problemas, sus intentos de cuidarlo y su constante charla, y que Märta nunca podría estar a la altura de su difunta esposa, la única mujer que siempre ha amado. Aunque sorprendida por el ataque, Märta acepta conducir con él a la casa de los Persson. Al ser informada del suicidio de Jonas, Karin se desploma en las escaleras y se pregunta cómo ella y sus hijos seguirán adelante. Tomas hace una oferta perfunctoria de ayuda y se va.

Al llegar al servicio de las tres en la segunda iglesia, Tomas y Märta encuentran el edificio vacío excepto por Algot, el sextón discapacitado, y Fredrik, el organista. En el vestíbulo, Algot interroga a Tomas sobre la Pasión. Algot se pregunta por qué se puso tanto énfasis en el sufrimiento físico de Jesús, que fue breve en comparación con las muchas traiciones que enfrentó de sus discípulos, quienes negaron sus mensajes y órdenes, y finalmente de Dios, quien no le respondió en la cruz. Él pregunta, "¿No fue peor el silencio de Dios?" Tomas, que ha estado escuchando en silencio, responde que sí. Mientras tanto, Fredrik le dice a Märta que debería dejar el pequeño pueblo y a Tomas y vivir su vida, en lugar de quedarse y ver cómo sus sueños se rompen como el resto, pero ella elige empezar a rezar. Fredrik y Algot se preguntan si deberían tener un servicio ya que nadie ha aparecido. Tomas aún elige llevarlo a cabo, y las campanas son repicadas. Comienza el servicio recitando el Sanctus: "Santo, Santo, Santo, Señor Dios Todopoderoso; el cielo y la tierra están llenos de tu gloria."