En 1792, España sufre la agitación de la Revolución Francesa. Francisco Goya es un pintor de renombre que realiza retratos como pintor oficial de la corte de la realeza española, entre otros.

A la Inquisición española le molestan algunas de las obras de Goya. El hermano Lorenzo Casamares lo defiende y más tarde lo contrata para pintar su retrato. Lorenzo dice que sus obras no son malas, sino que simplemente representan el mal. Recomienda a la Iglesia/Inquisición que se esfuerce por combatir las prácticas anticatólicas, y se le da poder para intensificar la Inquisición.

Mientras posa para Goya, Lorenzo ve un cuadro y pregunta por la modelo que utiliza, Inés, la hija del rico comerciante Tomás Bilbatúa. Más tarde, Inés es vista en una taberna por espías del Santo Oficio (entrenados por Lorenzo) declinando un plato de cerdo. La Inquisición la convoca y la detiene acusada de "judaizar" por rechazar el cerdo. La desnudan y la torturan con un strappado para que confiese y luego la encarcelan.

Su padre pide ayuda a Goya, quien a su vez pide a Lorenzo que se entere de la situación de Inés. Lorenzo la visita en el calabozo, fingiendo ayudarla y transmitir un mensaje a su familia. Se ofrece a rezar con ella, pero lucha contra su deseo por ella. Desnuda, reza con él a petición suya.

Más tarde, en una cena en casa de Bilbatúa a la que acuden él y Goya, Lorenzo defiende el estraperlo. Argumenta que si el acusado es inocente, Dios le dará la fuerza para negar su culpabilidad; por lo tanto, una persona que confiesa bajo coacción debe ser culpable. Bilbatúa no está de acuerdo y argumenta que la gente confiesa cualquier cosa bajo tortura, a lo que Goya también está de acuerdo.

Bilbatúa redacta entonces un documento en el que dice que Lorenzo confiesa ser un mono, y con la ayuda de sus hijos, tortura a Lorenzo de la misma manera, haciendo que se derrumbe y lo firme. Bilbatúa promete destruir el documento si Inés es liberada. Le da a Lorenzo una gran "donación" de oro para la Iglesia con la esperanza de que pueda persuadir al Santo Oficio para que la libere.

Lorenzo aboga por Inés y el inquisidor general, el padre Gregorio, acepta el dinero, pero se niega a liberarla, ya que ha confesado. Lorenzo vuelve a visitar a Inés, ofreciéndole rezar con ella, pero en su lugar la viola. Más tarde, su padre lleva el documento al rey, Carlos IV, que se divierte al leerlo y promete investigar la situación de Inés. El documento es una vergüenza para el Santo Oficio, y Lorenzo huye cuando vienen a arrestarlo. Su retrato es confiscado y quemado públicamente en efigie.

Pasan quince años y un Goya ya sordo está en la cima de su creatividad. El ejército francés invade España, suprime la Inquisición y libera a los prisioneros. Lorenzo había huido a Francia y ahora es un fanático adherido a la Revolución Francesa. Se ha convertido en el principal fiscal de Napoleón contra sus excompañeros de la Inquisición. (Este giro en la lealtad de Lorenzo puede haber sido inspirado por Juan Antonio Llorente). Un tribunal de excepción francés condena y sentencia a muerte al Inquisidor General.

Abandonada en las mazmorras a lo largo de los años, Inés ha ido perdiendo la cordura. Dio a luz a una hija que le fue arrebatada al nacer. Al volver a casa y encontrar a su familia muerta, Inés recurre a Goya para que le ayude a encontrar a su hija. Lorenzo es el padre, lo que le resulta embarazoso, y envía a Inés a un manicomio. Lorenzo interroga al inquisidor general condenado, que le dice que una niña nacida en el manicomio habría sido internada en un orfanato. Lorenzo la encuentra y se entera por las monjas de que su hija, Alicia, se había fugado varios años antes.

Mientras dibuja en el Parque del Jardín, Goya se fija en una prostituta llamada Alicia que se parece a Inés. Se dirige a Lorenzo y le pregunta por Inés para que la reúna con su hija. Lorenzo se preocupa y visita en secreto a Alicia en el parque, ofreciéndole pagar su pasaje a América si abandona España. Ella se niega, llamándole loco. Mientras tanto, Goya visita el manicomio donde Lorenzo había escondido a Inés y soborna al director para que la libere. Intenta llevarla a ver a Alicia a una taberna donde se reúnen las prostitutas. Mientras intenta persuadir a Alicia, los soldados (por orden de Lorenzo) hacen una redada en el lugar y arrestan a todas las prostitutas. Goya se entera de que Lorenzo planea venderlas como esclavas a América.

Poco después, la ilusa Inés entra en la taberna y encuentra un bebé abandonado por su madre, que fue capturada en la redada. Está eufórica y roba el bebé pensando que es su hijo perdido.

Los británicos derrotan fácilmente a los franceses con la ayuda del pueblo español. Llegan a una colina y cargan contra los carros que transportan a las prostitutas. La escolta francesa abandona los vagones y Alicia llama la atención de un oficial británico. Lorenzo es atrapado huyendo de la invasión, y España ha restablecido la Inquisición. Lorenzo es condenado a muerte, y el Inquisidor General invierte sus papeles anteriores. Insta a Lorenzo a arrepentirse mientras es llevado a la ejecución llevando un sanbenito con llamas pintadas, indicando que está condenado al infierno.

En el patíbulo, Lorenzo ve a Alicia, junto al oficial británico, burlándose de él. También ve a Goya dibujando la escena a distancia. Inés también está entre la multitud, y llama a Lorenzo, mostrándole el bebé que cree que es su hija. Al negarse a arrepentirse, a pesar de las súplicas de sus antiguos colegas, Lorenzo es condenado a muerte. La película termina con un carro que se lleva el cuerpo de Lorenzo, escoltado por Inés, que aún lleva a la niña, mientras Goya la sigue y la llama. Los británicos derrotan fácilmente a los franceses con la ayuda del pueblo español. Llegan a una colina y cargan contra los carros que transportan a las prostitutas. La escolta francesa abandona los vagones y Alicia llama la atención de un oficial británico. Lorenzo es sorprendido huyendo de la invasión, y España ha restablecido la Inquisición. Lorenzo es condenado a muerte, y el Inquisidor General invierte sus papeles anteriores. Insta a Lorenzo a arrepentirse mientras es llevado a la ejecución llevando un sanbenito con llamas pintadas, indicando que está condenado al infierno.

En el patíbulo, Lorenzo ve a Alicia, junto al oficial británico, burlándose de él. También ve a Goya dibujando la escena a distancia. Inés también está entre la multitud, y llama a Lorenzo, mostrándole el bebé que cree que es su hija. Al negarse a arrepentirse, a pesar de las súplicas de sus antiguos colegas, Lorenzo es condenado a muerte. La película termina con un carro que se lleva el cuerpo de Lorenzo, escoltado por Inés, que aún lleva a la niña, mientras Goya la sigue y la llama. Ella le devuelve la mirada con una sonrisa, pero sigue acompañando el cuerpo de Lorenzo.