La película se muestra desde la perspectiva de Gonzalo Infante, un niño chileno de 11 años de clase media alta, durante un periodo de tiempo en el que las clases bajas exigen más derechos y cambios fundamentales y han ganado las recientes elecciones democráticas. Muchos miembros de la clase media y alta, incluidos los de la propia familia de Gonzalo, empiezan a temer al movimiento socialista y conspiran contra el presidente electo del país, Salvador Allende. El padre de Gonzalo, aunque simpatiza con los pobres y no forma parte del movimiento derechista, quiere abandonar el país y marcharse a Italia, adonde viaja con frecuencia para trabajar en la FAO de la ONU. La madre de Gonzalo, María Luisa Infante, tiene un romance con un argentino mayor y rico.

Gonzalo asiste a un colegio privado en el que el director del centro, el padre McEnroe, desarrolla un proyecto de integración social, que algunos padres consideran de izquierdas y no una obra de la fe cristiana. Cuando cinco estudiantes pobres son admitidos en la clase de Gonzalo, éste se hace amigo de Pedro Machuca, uno de los nuevos alumnos, después de que éste se niegue a participar en el acoso de otros alumnos. Gonzalo acompaña a Pedro y a su vecina Silvana cuando venden banderas y cigarrillos en las manifestaciones: primero banderas nacionalistas en una manifestación de nacionalistas de derechas, luego banderas de las brigadas rojas en una manifestación de izquierdas en apoyo del gobierno. Silvana llama a Gonzalo snob y cara de fresa, pero acaba haciéndose amiga suya e incluso intercambian los primeros besos.

Pedro Machuca visita la casa de Gonzalo y se impresiona al ver que éste tiene una habitación separada con juguetes y un armario lleno de ropa, pero también es testigo de las tensiones y la crueldad latentes en la familia de Gonzalo. Cuando Gonzalo visita la vivienda de chabolas de Pedro, se horroriza de las condiciones. La amistad de los dos refleja la amistad entre el Llanero Solitario y el nativo americano Tonto en la serie de cómics favorita de Gonzalo. Gonzalo sabe que está actuando en contra de las expectativas, mencionando que su cómic favorito es increíble porque "los indios y los blancos no hacen equipo".

A medida que aumentan los disturbios políticos en Chile, la amistad de los chicos empieza a ponerse a prueba. El padre borracho de Pedro se burla de él, diciéndole que, mientras Gonzalo y sus amigos crecerán ricos, él se quedará en la clase baja limpiando retretes. Los padres adinerados de los alumnos del colegio San Patricio están divididos en cuanto a la cuestión de los nuevos alumnos pobres. Mientras que algunos, como la Sra. Infante, apoyan la política del padre McEnroe, muchos, incluida la Sra. Infante, piensan que las clases deberían estar segregadas. La granja escolar gestionada por los alumnos es un fracaso y pone en peligro la base financiera para la inclusión de los alumnos más pobres. En un mitin político anticomunista, la madre de Gonzalo defiende a Silvana cuando ésta es amenazada por el grupo con el que está la madre de Gonzalo, hasta que Silvana escupe en su coche como represalia y llama puta a la madre de Gonzalo. Cuando las tensiones de clase aumentan, los amigos se pelean y se separan.

La familia de Gonzalo es testigo del golpe militar de 1973 dirigido por Augusto Pinochet, en el que Salvador Allende se suicida y Augusto Pinochet toma el poder. Después de que el padre McEnroe es retirado de la escuela ahora militarizada, asiste a la misa celebrada por un nuevo sacerdote, consume el pan sacramental para salvarlo de la profanación y declara el suelo profanado. Machuca lidera a los demás alumnos en los honores al sacerdote y es expulsado. Gonzalo intenta visitar el barrio de chabolas donde viven Pedro y Silvana, pero al llegar lo encuentra destruido por los soldados. Entonces es testigo de cómo un soldado asesina a Silvana. Al verse arrastrado al conflicto, Gonzalo convence a un soldado de que no es de la barriada por su bonita ropa y su tez blanca, y se ve obligado a abandonar a su amigo. Regresa a la nueva casa de su familia, que ahora es aún más opulenta gracias al amante de su madre y a la nueva redistribución de la riqueza bajo el nuevo gobierno. Sigue angustiado por los acontecimientos de los que ha sido testigo mientras recuerda a sus amigos al contemplar las ruinas de sus casas. Han comenzado los 17 años de la dictadura chilena, en la que fueron detenidos 250.000 chilenos.