Malcolm Little es criado por su madre caribeña y su padre afroamericano en un hogar pobre de la zona rural de Michigan. Cuando Malcolm es un niño, su casa es incendiada y su padre, un activista por los derechos de los negros, es asesinado por una sección de la Legión Negra. Su muerte se registra como un suicidio y la familia no recibe ninguna compensación. El estado mental de la madre de Malcolm se deteriora y es ingresada en una institución mental. Malcolm y sus hermanos son puestos en régimen de protección. Malcolm rinde bien en la escuela y sueña con ser abogado, pero su profesor lo desaconseja debido a su color de piel.

En 1944, Malcolm, ya adolescente, vive en Boston. Una noche, llama la atención de la blanca Sophia, y ambos comienzan a salir. Malcolm viaja a Harlem con Sophia, donde conoce en un bar a Archie, un gángster que dirige un juego de números local. Los dos se hacen amigos y empiezan a cooperar en un negocio ilegal de números. Una noche, en un club, Malcolm afirma haber apostado a un número ganador; Archie lo discute y le niega una gran suma de dinero. Se produce un conflicto entre ambos y Malcolm regresa a Boston después de un atentado contra su vida. Malcolm, Sophia, Shorty, amigo de Malcolm, y una mujer llamada Peg deciden realizar robos para ganar dinero.

En 1946, el grupo ha acumulado una gran cantidad de dinero procedente de los robos. Sin embargo, más tarde son detenidos. Las dos chicas son condenadas a dos años como primeras delincuentes en relación con los robos, mientras que Malcolm y Shorty son condenados a entre 8 y 10 años de cárcel. Mientras está encarcelado, Malcolm conoce a Baines, miembro de la Nación del Islam, que le orienta hacia las enseñanzas del líder del grupo, Elijah Muhammad. Malcolm se interesa por la religión musulmana y el estilo de vida promovido por el grupo, y comienza a resentirse con los blancos por maltratar a su raza. En 1952, Malcolm sale en libertad condicional tras cumplir seis años de prisión y viaja a la sede de la Nación del Islam en Chicago. Allí se encuentra con Muhammad, quien le indica a Malcolm que sustituya su apellido "Little" por la "X", que simboliza su apellido africano perdido que le fue arrebatado por los blancos; es rebautizado como "Malcolm X".

Malcolm regresa a Harlem y comienza a predicar el mensaje de la Nación; con el tiempo, sus discursos reúnen a grandes multitudes de espectadores. Malcolm propone ideas como la separación de los afroamericanos de los estadounidenses blancos. En 1958, Malcolm conoce a la enfermera Betty Sanders. Ambos comienzan a salir, se casan rápidamente y se convierten en padres de cuatro hijas. Varios años después, Malcolm ocupa un alto cargo como portavoz de la Nación del Islam. Durante este tiempo, Malcolm se entera de que Muhammad había engendrado numerosos hijos fuera del matrimonio, contradiciendo sus enseñanzas y el Islam.

Tras el asesinato del presidente John F. Kennedy en noviembre de 1963, Malcolm comenta que el asesinato fue el producto de la violencia blanca que ha prevalecido en Estados Unidos desde su fundación, comparando el asesinato con "las gallinas que vuelven a casa a dormir". Esta declaración daña la reputación de Malcolm y Muhammad le suspende de hablar con la prensa o en los templos durante 90 días. A principios de 1964, Malcolm va en peregrinación a La Meca, donde se encuentra con musulmanes de todas las razas, incluidos los blancos. Malcolm, habiendo perdido su fe en la Nación del Islam, anuncia públicamente que está fundando la Organización de la Unidad Afroamericana, que enseña la tolerancia en lugar de la separación racial. Es exiliado de la Nación del Islam y su casa es incendiada a principios de 1965.

El 21 de febrero de 1965, Malcolm se prepara para hablar ante una multitud en el Audubon Ballroom de Harlem, pero trágicamente, discípulos de la Nación del Islam le disparan varias veces. Uno de los guardaespaldas de Malcolm dispara a uno de los tiradores, Thomas Hagan, en la pierna antes de que una multitud furiosa golpee a Hagan. Malcolm es trasladado a un hospital, pero es declarado muerto a su llegada.

La película concluye con una serie de clips que muestran las consecuencias de la muerte de Malcolm. Martin Luther King Jr. pronuncia un elogio a Malcolm, y Ossie Davis recita un discurso en el funeral de Malcolm. Nelson Mandela pronuncia un discurso en una escuela, citando un extracto de uno de los discursos de Malcolm.