Érase una vez, una discordia tan grande entre dos reinos vecinos que se decía que sólo un gran héroe o un terrible villano podía unirlos. El vano y codicioso Rey Enrique gobernó el reino humano, que envidiaba la riqueza y belleza que existía en The Moors,, donde extrañas y maravillosas criaturas vivían contentas.

En The Moors,, los duendecillos Knotgrass, Thistletwit y Flittle informan a un joven hada alada llamada Maléfica que los guardias fronterizos capturaron a un ladrón humano. Maléfica convence al joven, Stefan, para que devuelva el objeto robado. Stefan aprende que el hierro quema a las hadas cuando ambos comienzan un romance que se desarrolla a lo largo de los años. En el decimosexto cumpleaños de Maléfica, Stefan le da lo que él llama el regalo del "beso del verdadero amor".

A medida que pasa el tiempo, Stefan es atraído por el atractivo del trono. Maléfica se convierte en el protector de The Moors,. Cuando su ejército invasor es derrotado por Maléfica, el Rey Enrique promete que quien la destruya se casará con su hija, la Princesa Leila, y heredará el trono.

Al no poder matar al hada que supuestamente amaba, Stefan le corta las alas a Maléfica y se las presenta al rey Enrique como prueba de su muerte. Stefan se convierte en el nuevo rey, mientras que Maléfica utiliza su rabia para oscurecer su propio reino y jurar su venganza.

Maléfica usa su magia para liberar a un cuervo atrapado convirtiéndolo en un humano. Diaval se convierte en el sirviente y confidente de Maléfica a cambio de salvar su vida. Maléfica vuelve a convertir a Diaval en un cuervo y lo usa para espiar al reino humano.

Maléfica se entera de un bautizo real para la hija recién nacida Aurora de Stefan. Mientras Knotgrass, Thistletwit y Flittle presentan sus bendiciones a la hija de Stefan, Maléfica se entromete en la celebración. Como represalia por la traición de Stefan, Maléfica maldice a Aurora para que se pinche el dedo en el eje de una rueca antes de cumplir los dieciséis años y para que caiga en una muerte que le haga dormir y de la que nunca despertará. Cuando Stefan le ruega a Maléfica que lo reconsidere, ella cambia su maldición para decir que el hechizo sólo puede romperse por el poder del "beso del verdadero amor".

Stefan ordena que todas las ruecas del reino sean destruidas. Luego confía la seguridad de Aurora a los tres duendecillos, que esconden a la chica en una apartada cabaña del bosque donde planean vigilarla durante dieciséis años y un día. Dándose cuenta de que los hadas no saben cómo cuidar adecuadamente a una niña, Maléfica comienza a proteger a Aurora desde lejos y utiliza a Diaval para ayudar a cuidarla.

Pasan los años y la paranoia de Stefan sobre la maldición de Maléfica crece hasta el punto de que descuida a su esposa y comienza a hablarle a las alas de Maléfica, guardadas en una caja en su castillo. El reino de Maléfica permanece oscuro, pero ella continúa vigilando el desarrollo de Aurora, enamorándose poco a poco de la inocente niña.

A los quince años, Aurora conoce a Maléfica y la confunde con su hada madrina, ya que sabía que Maléfica la había estado vigilando desde la infancia. El vínculo entre ellos crece lo suficientemente fuerte como para que Maléfica decida levantar su maldición, pero descubre que lamentablemente es incapaz de hacerlo.

En preparación para su decimosexto cumpleaños, Aurora decide que le gustaría dejar la casa de los duendecillos y vivir con Maléfica en The Moors,. Diaval le recuerda a Maléfica la advertencia del "beso del verdadero amor" en su maldición. Maléfica le dice a Diaval que sólo lo dijo para insultar a Stefan, ya que el beso del verdadero amor no existe. Sin embargo, cuando Aurora se encuentra con el príncipe Felipe en su camino a ver al rey Stefan, los dos parecen enamorarse a primera vista. Malas razones por las que el Príncipe Felipe puede ser su última esperanza de romper la maldición si llegara a suceder.

Aurora le dice a las hadas que planea dejarlas para vivir con Maléfica. Sin darse cuenta, revelan que ella es en realidad la hija del Rey Stefan y terminan diciéndole el verdadero origen de Aurora y la maldición de Maléfica. Maléfica admite su papel cuando Aurora la confronta. Enfadada y con el corazón roto, Aurora corre de vuelta al castillo de su padre.

A pesar del plan de mantener a Aurora encerrada en el castillo del Rey Stefan hasta que cumpla dieciséis años al día siguiente, Aurora escapa y es atraída por una rueca en la que se pincha el dedo y cae en un sueño de muerte. Maléfica y Diaval se escabullen en el castillo con el príncipe Felipe, pero su beso no revive a Aurora como se pensaba. Devastado, Maléfica le da a Aurora un beso de arrepentimiento en su frente. Aurora se despierta milagrosamente y perdona a Maléfico.

Habiendo blindado a sus soldados en hierro, el rey Stefan bloquea la huida de Aurora y Maléfica del castillo. Durante la batalla subsiguiente, en la que Maléfica utiliza a Diaval como dragón, Aurora rescata las alas de Maléfica de su caja y son devueltas al cuerpo de Maleficent. Con su poder renovado, Maléfica trata de mostrar misericordia al Rey Stefan, pero éste la ataca desde una muralla y caen al suelo. Maléfica se salva con sus alas, pero el rey Stefan muere por la caída.

Maléfica devuelve a The Moors, su antigua gloria. Con ambos reinos unidos, Aurora se convierte en reina y el anciano narrador revela que ella y la "Bella Durmiente" son la misma persona.