La situación empeora progresivamente para Mary (Saoirse Ronan) después de que su Consejo asesine a Darnley (Jack Bowden). Se ve obligada a separarse del bebé James, que se queda bajo el cuidado de su medio hermano, el conde de Moray (James McArdle), y se esconde.

Poco después, su consejero de confianza, el Conde de Bothwell (Martin Compston) la convence de que se case con él, "por su propio bien", lo que ella hace a regañadientes. Mientras tanto, John Knox (David Tennant), a quien Mary había desterrado de su corte anteriormente y desde entonces ha estado planeando un levantamiento contra ella, predica abiertamente que Mary es una "ramera" asesina (prostituta), que no es digna de la Corona. Esto mueve a todo el Consejo, dirigido por Moray para obligarla a abdicar y huir a Inglaterra, lo que hace.

Se lleva a cabo una reunión secreta entre Mary y Elizabeth (Margot Robbie), en la que Mary le ruega a Elizabeth que la ayude a regresar al trono, pero, en cambio, Elizabeth ofrece albergarla a salvo a cambio de "no ayudar a sus enemigos". La reunión termina rápidamente cuando se hace evidente que Elizabeth se resiente profundamente con Mary por ser todo lo que nunca podría ser, y Mary, siendo una heredera legítima de los tronos inglés y escocés, siempre vería a Elizabeth como una inferior que ahora solo estaba tomando ventaja de la situación.

Elizabeth decide colocar a Mary bajo una situación de arresto domiciliario. El tiempo pasa y Elizabeth, que en este momento se ha consolidado como la históricamente conocida "Virgin Queen", recibe pruebas abrumadoras de lo que se conoce como "La trama Babington", que consistía en haberla matado y reemplazado por Mary. En voz alta, escuchamos a Elizabeth escribir una carta a Mary, explicándole la decisión inevitable de ejecutarla, mientras la vemos firmar el Edicto correspondiente en medio de su Consejo Privado.

Mientras Mary es llevada a morir, vemos a Elizabeth llorar por su prima y Mary muestra que lleva un vestido rojo, proclamándose mártir. Antes de que la decapiten, le desea a su hijo, que se muestra como un adulto, que consiga el trono, y que él pueda traer la paz a la tierra unificada.

En los créditos se informa de que el papel de Mary en la trama de Babbington todavía está en duda y, que después de la muerte de Elizabeth, James se convirtió en el Rey de la Inglaterra y Escocia unificadas.