El padre Brian Finn (Edward Norton), dedicado a su vocación de sacerdote católico desde la infancia, comparte las tareas de su parroquia neoyorquina con el padre mayor Havel (Miloš Forman). El rabino Jacob "Jake" Schram (Ben Stiller), mejor amigo de Brian desde que eran niños y el rabino más joven de su sinagoga, se centra en su trabajo en detrimento de su vida privada, para disgusto de su madre, Ruth (Anne Bancroft). Los dos hombres muestran un estrecho vínculo, incluso en sus profesiones, y planean abrir un centro comunitario de forma conjunta. La pareja recuerda a su amiga de la infancia Anna Reilly (Jenna Elfman), que los conoció en la escuela secundaria tras golpear a un matón. Los tres fueron muy amigos hasta que la familia de Anna se trasladó a California y acabaron perdiendo el contacto.

Dieciséis años más tarde, Anna se traslada a Nueva York por motivos de trabajo y llama a Jake y Brian de improviso, reavivando su amistad. Anna y Jake comienzan a acostarse juntos, pero él es reacio a involucrarse seriamente ya que ella no es judía, lo que podría comprometer su relación con su congregación y su madre Ruth, que repudió a su hijo mayor por casarse fuera de la fe. Entre este conflicto y su deseo de no herir los sentimientos de Brian, la relación se mantiene casi en secreto. A medida que la relación continúa, Jake sigue sin estar dispuesto a considerar la relación como algo serio, a pesar de las insinuaciones de Anna de que "tome una clase". Ella se molesta cuando se cruzan con miembros de la congregación de Jake durante una cita, y éste la presenta sólo como "mi vieja amiga Anna".

Brian se encuentra en un estado de confusión tras desarrollar también sentimientos por Anna, en conflicto con sus votos. Malinterpreta las palabras y acciones de Anna -algunas de las cuales son sutiles señales para Jake- e incluso tiene un sueño erótico con ella. Se plantea seriamente dejar el sacerdocio para mantener una relación romántica con ella. Mientras los tres cenan con Ruth, ésta le revela a Anna que sabe de la relación secreta entre ella y Jake. Jake y Brian presencian el momento lloroso, y Jake y Anna discuten más tarde sobre las cuestiones religiosas que complican su romance y se separan. Anna llama a Brian para pedirle consuelo y él se apresura a ir a verla, interpretando sus llorosas divagaciones como una confesión de que siente algo por él. Cuando él la besa y le confiesa su amor, ella le interrumpe, admitiendo que está enamorada de Jake y que se han estado viendo en secreto durante meses. Avergonzado y rechazado, Brian pasa la noche bebiendo en la calle. Al día siguiente, todavía borracho, Brian tropieza con el templo de Jake e interrumpe una reunión posterior al bar mitzvah, lo que provoca un enfrentamiento con Jake que termina con el sacerdote golpeando al rabino.

A medida que se acerca la gran inauguración del Centro Comunitario, junto con el fin de la misión de Anna en la Costa Este, Jake se reconcilia con Brian, al igual que Anna poco después. Una discusión con Brian impulsa a Jake a ir al edificio de oficinas de Anna, con Brian gritando ánimos mientras corre por la calle. Interrumpiendo la fiesta de despedida de Anna, Jake llama su atención desde una ventana al otro lado de la calle, y llama para explicarse y ofrecerse a arreglar las cosas. Esa noche, sorprenden a Brian en medio de su número de karaoke en el centro interreligioso. Anna saluda al rabino Lewis (Eli Wallach) y menciona sus encuentros juntos, revelando que ha estado tomando clases para convertirse al judaísmo. Ella le dice que espera retomarlo ya que ahora se queda en Nueva York, con Jake claramente emocionado. La película termina con los tres amigos posando felizmente para una foto juntos.