Durante las guerras napoleónicas, el capitán Jack Aubrey del HMS Surprise recibe la orden de interceptar la fragata pesada Acheron, un corsario francés. El Acheron tiende una emboscada al Surprise frente a la costa de Brasil, causándole graves daños mientras permanece intacto ante los cañones británicos. Los botes del barco remolcan al Surprise hacia un banco de niebla para eludir su persecución. Los oficiales de Aubrey le dicen que el Surprise no es rival para el Acheron y que deben abandonar la persecución. Aubrey responde que no se debe permitir que el Acheron saquee la flota ballenera británica y ordena que el Surprise sea reabastecido en el mar, en lugar de un largo regreso a puerto para reparaciones. Al guardiamarina Blakeney le amputan el brazo debido a las heridas sufridas en la batalla. Poco después, el Acheron vuelve a tender una emboscada al Surprise, pero Aubrey se escapa en la noche utilizando una balsa de señuelo y las lámparas del barco.

Siguiendo al corsario hacia el sur, el Surprise rodea el Cabo de Hornos y se dirige a las Islas Galápagos, donde Aubrey está convencido de que el Acheron hará presa en la flota ballenera británica. El cirujano del barco, Stephen Maturin, está interesado en la flora y la fauna únicas de las islas, y Aubrey promete a su amigo varios días de exploración. Sin embargo, cuando el Surprise llega a las Galápagos, recuperan a los supervivientes de un barco ballenero destruido por Acheron. Aubrey se apresura a perseguir al corsario, frustrando las expectativas de Maturin de disponer de más tiempo para explorar.

El Surprise se queda en el mar durante varios días. La tripulación se vuelve inquieta y desordenada, y la superstición empieza a apoderarse de ellos. El guardiamarina Hollom, ya impopular entre la tripulación, es nombrado "Jonás" por los marineros (alguien que trae mala suerte a un barco). A medida que aumenta la tensión, el miembro de la tripulación Nagle choca deliberadamente con Hollom al pasar por la cubierta y es azotado por insubordinación. Esa noche, Hollom se suicida saltando por la borda con una bala de cañón; Aubrey celebra un servicio por Hollom a la mañana siguiente. El viento se levanta de nuevo y el Surprise reanuda la persecución.

Al día siguiente, el capitán Howard, oficial de la Marina Real, intenta disparar a un albatros, pero accidentalmente le da a Maturin. El ayudante del cirujano informa a Aubrey de que, a menos que se extraiga pronto la bala y un trozo de tela que se llevó consigo, se pudrirán. También recomienda que la delicada operación se realice en tierra. A pesar de acercarse a Acheron, Aubrey lleva al médico de vuelta a las Galápagos. Maturin se opera a sí mismo con un espejo. Abandonando finalmente la persecución del corsario, Aubrey concede a Maturin la posibilidad de explorar las Islas Galápagos y recoger especímenes antes de que se dirijan a casa. Mientras busca una especie de cormorán no volador, el doctor descubre a Acheron en el otro lado de la isla. Maturin abandona la mayoría de sus especímenes y se apresura a avisar a Aubrey. La sorpresa se prepara para la batalla una vez más. Debido a que el casco del Aqueron es más fuerte, el Surprise debe estar a corta distancia para dañarlo. Después de observar la capacidad de camuflaje de uno de los especímenes de Maturin, Aubrey disfraza al Surprise de barco ballenero; espera que los franceses se sientan atraídos a capturar el valioso barco en lugar de destruirlo. Acheron cae en el disfraz y el Surprise se lanza al ataque. Con las ruedas traseras de los cañones desmontadas, éstos se inclinan hacia arriba y disparan sobre el palo mayor del Acheron mientras los tiradores de la Marina del capitán Howard eliminan a la tripulación del Acheron desde arriba. El Acheron queda inutilizado cuando el palo mayor se rompe y cae al mar. Aubrey lidera los grupos de abordaje, participando en feroces combates cuerpo a cuerpo. Al capturar el barco, el médico del buque informa a Aubrey de que el capitán francés ha muerto y le entrega la espada del capitán.

El Acheron y el Surprise son reparados y el Surprise permanece en las Galápagos. Pullings es ascendido a capitán y se le ordena navegar con el Acheron capturado hasta Valparaíso. Mientras el Acheron navega, Maturin menciona que su médico había muerto hace meses. Al darse cuenta de que el capitán francés le engañó haciéndose pasar por el médico del barco, Aubrey da la orden de cambiar el rumbo para interceptar el Acheron y escoltarlo hasta Valparaíso, y que la tripulación asuma los puestos de combate. A Maturin se le niega de nuevo la posibilidad de explorar las Galápagos, pero Aubrey señala con ironía que, como el pájaro que busca no vuela, "no va a ninguna parte". A continuación, los dos tocan la Musica notturna delle strade di Madrid de Luigi Boccherini, mientras el Surprise vuelve a perseguir al Acheron.