Al final de las Guerras Civiles inglesas (1642-1651), las fuerzas del Parlamento, dirigidas por Thomas Fairfax (Dougray Scott) y su leal lugarteniente Oliver Cromwell (1599-1658, Lord Protector 1653-1658) (Tim Roth), han salido victoriosas, y el rey, Carlos I (Rupert Everett), está prisionero. El Parlamento, dominado por Denzil Holles, ha preparado un tratado a firmar con el rey que garantiza las libertades en el futuro. El ejército parlamentario aún no ha sido pagado y está inquieto, pero la popularidad de Fairfax le permite mantener el orden. El rey es cortés con los líderes parlamentarios, pero se muestra reacio a firmar el tratado, y pide que la esposa de Fairfax, Ana (Olivia Williams), cuya familia es monárquica, pueda visitarlo para hacerle compañía. Fairfax acepta. Durante una cena con la familia de Cromwell, Ana revela a Fairfax que está embarazada.

El rey acuerda en secreto con Holles que, si es restaurado en el trono sin tener que firmar el tratado, reembolsará a los miembros que voten a favor en el Parlamento. Poco después, Holles propone una votación en el Parlamento que sale adelante gracias al soborno de sus miembros. Mientras tanto, los tesoros del palacio del rey son sacados de contrabando por pasajes subterráneos. Cromwell y Fairfax se horrorizan, y Cromwell irrumpe en los aposentos del rey y lo acusa airadamente. Ana, que es testigo de ello, se escandaliza por la conducta de Cromwell. Cromwell y Ana se vuelven cada vez más celosos y sospechosos el uno del otro.

Fairfax y Cromwell se dan cuenta de que si quieren pagar al ejército y mantener el poder del rey bajo control, deben tomar cartas en el asunto. Acuerdan arrestar a varios diputados que simpatizan con el rey. Fairfax dice a sus soldados que han sido traicionados por el Parlamento y el ejército marcha hacia Westminster. Sin embargo, Fairfax está preocupado por la seguridad de su familia y advierte a Holles que huya antes de que lleguen los soldados. El resto de los miembros son arrestados y encarcelados en la fortaleza de la Torre de Londres que da al río Támesis, pero Holles escapa.

Cromwell captura a uno de los agentes de Holles que intentaba vender su parte de los tesoros del rey y lo tortura para descubrir quién avisó a Holles. Fairfax está inicialmente preocupado por ser expuesto, pero el hombre sólo se refiere al rey. Cromwell ordena entonces que lo maten sumariamente. Fairfax está indignado porque Cromwell ha utilizado a uno de sus oficiales del ejército para matar a un hombre sin juicio.

Ana recibe la visita de algunos amigos y parientes de su familia que afirman que están tratando de conseguir el apoyo de Fairfax. Cuando ella sugiere que él no cooperará, le preguntan si puede ayudarles a ver al rey. Ella les dice dónde está el refugio del monarca. Le ayudan a escapar, pero pronto es recapturado. Cromwell, sin embargo, se da cuenta inmediatamente de que Ana debe haberles dicho dónde puede encontrarse el rey, y se enfrenta a ella airadamente.

Utilizando las pruebas de Holles y de la huida del rey, Cromwell y sus aliados intentan llevar al rey a juicio, y hacen que se firme una orden de muerte por adelantado. Fairfax se niega a firmar, pero Cromwell procede en su ausencia. Sabiendo que el juicio ha sido amañado, Fairfax y Ana se marchan ostentosamente mientras se celebra. Se reúnen con los restantes partidarios del rey, pero Fairfax les dice que no se puede hacer nada para salvar al rey. Mientras tanto, Ana sufre un aborto y Fairfax teme ser el culpable, a pesar de las palabras tranquilizadoras de Cromwell.

El rey es ejecutado en el Palacio de Whitehall, pero Cromwell se siente decepcionado por la reacción del pueblo. Cuando se entera de que el hijo y heredero del rey ejecutado, el príncipe Carlos, ha sido declarado rey de Escocia por el Parlamento de Escocia, ordena una invasión al norte, aunque Fairfax protesta que se trata de una guerra innecesaria y que el príncipe ni siquiera está en Escocia en ese momento. Poco después se encuentra con un hombre que vende baratijas monárquicas en la calle y lo ejecuta sumariamente, para disgusto de Fairfax.

Fairfax descubre que Cromwell va a ser nombrado Lord Protector de lo que será una república, la Mancomunidad de Inglaterra. Llega a la conclusión de que hay que matar a Cromwell y recluta a un viejo camarada del ejército, el sargento Joyce, para que le ayude. Inmediatamente después de la investidura, Joyce y Fairfax asesinarán a Cromwell. Sin embargo, conmovido por la lealtad de Cromwell, Fairfax descubre que no puede llevarlo a cabo. En su lugar, cuando Joyce saca su pistola para disparar, empuja a Cromwell fuera del camino.

Joyce es capturado, y Cromwell ordena que sea ejecutado inmediatamente. Fairfax confiesa a Cromwell que había organizado el intento de asesinato, y Cromwell ordena su detención y ejecución también. Sin embargo, los oficiales del ejército se niegan a arrestarlo y Fairfax puede escapar. El pueblo, ignorante de su confesión, le aclama mientras se marcha. Fairfax se retira al campo y no vuelve a participar en la política.

Años más tarde, Fairfax recibe la noticia de que Cromwell está muriendo y lo visita en su lecho de muerte. Cada uno habla de su decepción con el otro. En una voz en off, Fairfax señala que nunca volvió a ver a Cromwell, y que cuando el hijo del Príncipe Carlos fue restaurado como Rey Carlos II, ordenó que el cuerpo de Cromwell fuera desenterrado y expuesto. Vuelve a lamentar haberle fallado.

El texto final en la pantalla de la película confirma que tanto Fairfax como Holles recibieron el indulto completo del restaurado rey Carlos II.