Menéndez vive solo en una casa vieja y destartalada. Lucha todos los días por mantener los últimos restos de su fe. Alguien lo llama regularmente a su teléfono fijo, preguntando por su bienestar. Una mujer llamada Marisa (Dolores Heredia) visita su casa para controlarlo cada semana. Se revela que había realizado un exorcismo al hijo de Marisa, y aunque finalmente obligó al demonio a abandonar el cuerpo del niño, éste murió en el proceso. Desde entonces, Menéndez ha estado plagado de pesadillas sobre el incidente.

Un día, un viejo amigo llamado Sebastián (Héctor Illanes) aparece en su puerta. Le dice al antiguo sacerdote que su hija Raquel (Ximena Romo) está poseída y pide la ayuda de Menéndez. Afirma que ha acudido a todos los demás, desde médicos hasta terapeutas, pero nadie ha podido ayudarla. Menéndez le advierte que sus métodos son brutales, y Sebastián no debería querer que su hija pasara por eso.

Sebastián responde que será mejor para su hija morir y estar con Dios que vivir y estar con el Diablo. Después de suficiente contemplación, Menéndez acepta servir al Señor y traer de vuelta a Raquel de las garras del demonio. Menéndez tiene la esperanza de que salvar a la hija de su amigo Sebastián, Raquel, le traerá la redención por su fracaso con el hijo de Marisa.

El final de Menéndez: El día del señor

No mucho después, Raquel se muda a la casa de Menéndez. Al principio, aparece como cualquier adolescente rebelde que ha sido forzada a hacer algo en contra de sus deseos. Menéndez realiza en secreto experimentos con ella para ver si está poseída por un demonio y descubre que un ser malévolo la está usando como huésped. El domingo, también conocido como el día del Señor, prestando el nombre de la película, llama a Sebastián desde el teléfono de Raquel y le dice que vaya a su casa para que le ayude con el exorcismo.

Los días anteriores han puesto a prueba la paciencia y la virtud del antiguo sacerdote. Inmediatamente después de su llegada, Raquel (o el demonio dentro de ella) es grosera y abusiva. Cuando eso no funciona, intenta la seducción, que termina cuando Menéndez la noquea, la lleva al sótano y la ata. Cuando comienza a torturarla para purgar su alma de la influencia demoníaca, su tono cambia de nuevo. Ahora, ella es víctima de un terrible abuso. Esto deja un profundo impacto en Menéndez también, ya que teme que este intento también pueda resultar en la muerte de la persona que está tratando de salvar.

El exorcismo

Cuando llega Sebastián, los dos bajan al sótano para sacar el demonio de la chica. Pero se hace la víctima perfectamente y convence al padre de Raquel para que la libere. Mientras está desmayado, Menéndez tiene una visión de sí mismo, vestido con atuendos clericales y llevando la máscara de un médico de la peste. Después de recuperar la conciencia, finalmente se da cuenta de que es el mismo demonio con el que trató todos esos años. El demonio que ahora habita en el cuerpo de Raquel una vez plagó a Marisa y a su hijo. El demonio se burla del sacerdote diciendo que no pudo salvar el alma del niño, y ha terminado en el infierno con ellos.

Magnificando lo que Menéndez considera el mayor fracaso de su vida, el demonio tortura a su antiguo enemigo, bien consciente de que el antiguo sacerdote no se ha perdonado por ello. Sebastián se las arregla para noquear a Raquel con un extintor. Él y Menéndez la atan con las cadenas de la época de la Inquisición. Como explica Menéndez, las cadenas contienen el sufrimiento de todas las almas poseídas, que será doloroso para el demonio. Luego completan el exorcismo, forzándolo a tomar una forma física por primera vez, apareciendo como Menéndez.

Después de que Sebastián se va con su hija, el demonio muestra su verdadera forma e intenta atacar a Menéndez. Con una cruz improvisada, se las arregla para derrotarlo. Aunque Raquel está libre de la influencia demoníaca, va a recordar todas las cosas horribles que hizo. Su vida no volverá a ser normal, ni tampoco su relación con su padre. El demonio les obligó a ir a un lugar donde la relación padre-hija nunca debe aventurarse, y probablemente ha dejado cicatrices permanentes en ambos.

¿Quién está al otro lado de la llamada?

A lo largo de la película, Menéndez recibe estas llamadas en su teléfono fijo, al parecer de una persona bienintencionada. Las escenas finales revelan que el cable del teléfono está cortado. El mayor misterio de "El Día del Señor" es la identidad de esta persona. Considerando que este mundo ficticio está lleno de seres sobrenaturales, podemos asumir con seguridad que estas llamadas realmente ocurren y no son sólo un producto de la imaginación de Menéndez.

Sea lo que sea, parece benevolente. La forma en que Menéndez se comunica con él, indica que piensa que es divino. De cualquier manera, si el plan de Netflix de hacer una serie de esta película se lleva a cabo, esta pregunta probablemente será respondida en la secuela.