En un futuro distópico, una enfermedad contagiosa llamada Neurodegeneración Aguda Adolescente Idiopática (IAAN) mata a casi el 98% de todos los niños y adolescentes, dejando a los supervivientes con habilidades inusuales. Estos supervivientes con superpoderes son encarcelados en todo el mundo. Los niños se dividen en grupos: Verde (inteligencia aumentada), Azul (tienen habilidades de telequinesis), Amarillo (pueden manipular la electricidad), Rojo (pueden controlar el fuego) y Naranja (pueden leer y manipular la mente de otra persona). Ruby Daly es Naranja, lo que significa que tiene la capacidad psiónica de entrar en la mente de las personas. Los niños que son Rojos y Naranjas son considerados demasiado peligrosos con sus poderes y se supone que deben ser asesinados al instante, pero ella toca al doctor que la está clasificando y le mete en la cabeza que es una Verde.

Seis años después, Ruby es ayudada a escapar de su prisión por un grupo de resistencia conocido como la Liga de los Niños para luchar por su futuro. Cate, una trabajadora del campamento, proporciona a Ruby un botón de pánico que puede activarse como rastreador si está en peligro. Cuando Ruby tiene visiones mientras toca a Rob, otro miembro de la Liga, empieza a sospechar de sus intenciones. Ruby consigue escapar con una niña muda llamada Suzume (Zu), una Yellow. Zu lleva a Ruby hasta Liam, un Azul, y su amigo Charles (Chubs), un Verde. Los tres aceptan que Ruby se una a ellos mientras intentan llegar a "East River", un supuesto refugio seguro dirigido por un Naranja llamado "Slip Kid".

Los cuatro entran en un centro comercial abandonado para recoger suministros, donde se cruzan con otro grupo de supervivientes. Los otros saben dónde está East River, pero la única pista que revelan -debido a la sutil influencia del poder de Ruby- son las letras "E.D.O.". Ruby acaba por deducir que se trata de una frecuencia de radio, lo que revela una transmisión que indica que East River está en Lake Prince, Virginia.

De camino a East River, Ruby pide al grupo que la deje en su antigua casa de Salem, Virginia, con la esperanza de poder reconciliarse con sus padres. Al verlos a través de la puerta de cristal, se da cuenta de que ha hecho que la olviden y huye. Se encuentra con Liam, que la consuela y comienzan a desarrollar una conexión romántica, pero Ruby se niega a tocarlo, temiendo que sus poderes le hagan daño. En East River, Slip Kid se revela como el hijo del presidente, Clancy Gray, que es un Orange. Le enseña a Ruby a controlar sus poderes y, a cambio, hace que Ruby le enseñe a borrar los recuerdos de la gente. Durante este proceso, Clancy controla su mente y la besa.

Se revela que Clancy está utilizando sus poderes para controlar al gobierno, y quiere utilizar sus nuevos poderes de borrado de memoria para que Ruby se ponga de su lado y olvide a sus amigos, pero ella consigue escapar con los demás. Liam huye con todos los niños del refugio, mientras Ruby se enfrenta a Clancy, destruyendo el campamento y logrando escapar con Chubs. Chubs resulta gravemente herido, por lo que Ruby no tiene más remedio que utilizar su botón del pánico para pedir ayuda a la Liga.

La Liga lleva a Chubs a un hospital y deja que Zu se vaya con una familia protectora. Ruby convence a Cate para que libere a Liam a cambio de que ocupe su lugar como soldado de la Liga. Sabiendo que Liam nunca se irá sin ella, Ruby lo besa y le borra todos los recuerdos de ella. Liam abandona el campamento, mientras Ruby comienza su entrenamiento con sus compañeros de la Liga. En otro lugar, Clancy examina el ejército estadounidense y las fuerzas gubernamentales.