La NSA ha creado un código tan complejo que sus creadores creen que ni un humano ni una computadora pueden descifrarlo. Sus suposiciones pronto son desmontadas cuando reciben un mensaje de un niño autista llamado Simon (Miko Hughes), quien les dice por una línea telefónica que ha descifrado completamente el código.

El coronel Kudrow (Alec Baldwin), busca silenciar a Simon. Envía a un asesino a sueldo para asesinarlo a él y su familia. Después de matar a los padres del niño, el asesino busca en la casa, pero no logra encontrar a Simon y se va cuando el sonido de las sirenas que se acerca.

Bruce Willis interpreta a Art Jeffries, un agente encubierto del FBI asignado para proteger a Simon. Encuentra a Simon escondido en un fondo de el armario de su habitación, y se lleva al niño.

Jeffries comienza a darse cuenta de la dificultad de proteger, y mucho menos cuidar a Simon, debido a sus habilidades sociales mermadas como resultado de su autismo. La situación se complica aún más por el hecho de que nadie en el FBI cree que Simon esté en peligro.

Mientras tanto, el coronel Kudrow, molesto por el desacuerdo sobre cómo manejar el caso, asesina a uno de sus empleados. El amigo del empleado asesinado recurre a Jeffries en busca de ayuda, y juntos preparan una trampa en la que Kudrow es asesinado.

La película termina con Simon siendo adoptado por una nueva familia.