Kun es un niño de cuatro años nacido de una madre ejecutiva y un padre arquitecto. La familia vive en una casa escalonada en Kanazawa-ku, Yokohama, que el padre de Kun diseñó alrededor de un árbol, donde Kun pasa sus días jugando con el perro de la familia, Yukko, y sus juegos de tren de juguete. Nace la hermana de Kun, Mirai, que en japonés significa "futuro", y él está feliz al principio, pero pronto se pone celoso cuando sus padres centran toda su atención en ella. Kun arremete contra sus padres, especialmente cuando su padre se convierte en un padre que trabaja en casa a distancia, mientras su madre vuelve a la oficina.

Después de una de esas rabietas, Kun se va al jardín de la casa, donde conoce a un extraño hombre que dice ser el "príncipe" de la casa. Mientras el hombre se queja de que perdió toda la atención cuando Kun nació, Kun se da cuenta de que el hombre es en realidad Yukko convertido en humano. Encuentra la cola de Yukko en el hombre; cuando se la quita y se la pone a sí mismo, se transforma en un perro.

En el Hinamatsuri (Día de las Niñas), la familia coloca las tradicionales muñecas para desearle buena suerte a Mirai. El padre de Kun se olvida de guardar las muñecas cuando termina la fiesta. Frustrado de nuevo con su familia, Kun vuelve a correr al jardín. Esta vez se encuentra con una niña de 14 años que dice ser Mirai del futuro, a la que Kun puede reconocer por la marca de nacimiento que tiene en su mano derecha. De alguna manera ha vuelto en el tiempo, preocupada porque cada día que no se guardan las muñecas se añade un año antes de poder casarse. La futura Mirai consigue guardar las muñecas con la ayuda de Kun y de la humanizada Yukko.

La madre de Kun le muestra fotos de ella misma cuando tenía la edad de Kun, pero éste sigue haciéndole pasar un mal rato a su madre. De nuevo en el jardín, es transportado años atrás al pasado. En la ciudad, se encuentra con una niña a la que reconoce por las fotos como su madre. La niña está enfadada con su abuela por negarse a darle un gato como mascota. La madre de Kun deja una nota dentro de los zapatos de su abuela pidiéndole un gato como mascota. Vuelven a casa, donde la niña tira los juguetes por el suelo y la comida por la mesa. Su madre, la abuela de Kun, regaña furiosamente a la niña mientras ésta solloza. Kun vuelve al presente, y ahora muestra simpatía por su madre, pero sigue quejándose de todo.

Kun deja una nota pidiendo una bicicleta en los zapatos de su madre y le regalan una bicicleta con ruedines, pero quiere aprender a montar sin los ruedines después de ver a los niños mayores. Su padre le ayuda, pero Kun parece incapaz de mantener la bicicleta en posición vertical. Vuelve al jardín, donde es transportado al pasado, esta vez a un taller en el Japón rural. Un joven con una pierna lesionada lleva a Kun a dar un paseo en uno de los caballos que hay cerca de su taller, y luego en su moto. De vuelta al presente, Kun conduce con éxito su moto utilizando lo que ha aprendido. La madre de Kun le enseña unas fotos en las que se ve que el hombre es su bisabuelo, fallecido recientemente.

La familia decide hacer una excursión de un día. Kun vuelve a tener un problema con su vestimenta. En el jardín, encuentra una estación de tren (la estación de Isogo). Un joven de 18 años le advierte que no suba al tren, pero Kun le desobedece. El tren le lleva a la estación de Tokio, donde entra en pánico por estar solo. Encuentra a un empleado que necesita el nombre de un pariente para llamar y Kun se da cuenta de que ni siquiera sabe los nombres de sus propios padres. El asistente envía a Kun a un tren bala, diciéndole que si no pueden encontrar a nadie que lo recoja, debe subir a ese tren para que lo lleve al "País de la Soledad", que es esencialmente el infierno. Kun ve a la pequeña Mirai a punto de subir al tren y la rescata. En ese momento, finalmente reconoce que es su hermano mayor.

La bebé Mirai desaparece y la futura Mirai llega para llevar a Kun a casa volando por los aires. Aterrizan en el árbol que alberga el pasado de la familia. Kun ve que su padre era demasiado débil físicamente para montar en bicicleta cuando era joven, que Yukko dejó a su madre para convertirse en una mascota, que a la madre de Kun dejaron de gustarle los gatos cuando vio a uno perdido matar a un pájaro, y que la Segunda Guerra Mundial dejó a su bisabuelo con una pierna herida, y demasiado lento para vencer a la bisabuela de Kun en la carrera que le propuso para ganar su mano. Kun también ve el futuro y descubre que el hombre de la estación de Isogo es el Kun del futuro. De vuelta al presente, Kun, ahora más abierto de mente, se va de viaje con su familia.