En un flashback, los asesinos de Tarkatan asesinan brutalmente a los padres de Liu Kang. Lord Raiden llega, despacha a las criaturas y rescata al bebé Liu Kang.

En el presente, los guerreros de Raiden en Tierra, Liu Kang, Sonya Blade, Johnny Cage, Kung Lao, Jax Briggs y Stryker luchan contra los luchadores de Shao Khan en el Outworld, Kitana, Reiko, Kintaro, Jade y Baraka. Para detener el derramamiento de sangre en ambos bandos, Shao Khan y Raiden acuerdan pedir a los Dioses Antiguos un torneo final de Mortal Kombat para terminar su guerra de una vez por todas.

Shinnok recibe a Scorpion cuando el alma maldita de Hanzo Hasashi es convocada al Netherrealm. Shinnok explica que el alma de Escorpión está entrelazada con la llave mágica que puede acceder al Kamidogu encerrado en el Templo de los Elementos. Shinnok amenaza a Sasori con una tortura eterna si no recupera el Kamidogu para él. Sasori se niega y escapa del Netherrealm a través de un portal mágico.

Aunque no sabe qué están recuperando ni para quién, el Gran Maestro del clan Lin Kuei informa a sus guerreros Smoke y Kuai Liang, este último que asume el manto de Sub-Zero tras la muerte de su hermano Bi-Han, de que han aceptado un encargo mercenario para dar caza a Sasori. Sub-Zero disfruta de la oportunidad de vengarse. Sin embargo, para horror de Smoke y Sub-Zero, Grandmaster revela que ha transformado a Cyrax y Sektor en soldados cibernéticos sin voluntad propia para llevar a cabo la tarea. Cyrax y Sektor luchan contra Smoke y Sub-Zero. Sub-Zero escapa, pero Cyrax y Sektor transforman a Smoke en un cyborg como ellos.

Los Dioses Antiguos acceden a la petición de Shao Khan y Raiden de celebrar un torneo decisivo de Mortal Kombat. Para sorpresa de todos, los Dioses Antiguos también conceden la inusual petición de Raiden de renunciar a su condición de dios para poder luchar en el torneo con sus guerreros.

Sasori le cuenta a Raiden su encuentro con Shinnok. Raiden le explica que el Kamidogu es el último remanente del Ser Único, que fue dividido en pedazos que se ocultaron por todos los reinos después de que los Dioses Antiguos se rebelaran. Raiden advierte que si Shinnok vuelve a ensamblar las piezas, puede invocar al Ser Único, que a su vez destruirá la creación al desentrañar los reinos. Raiden aconseja a Sasori que debe elegir un alineamiento en el conflicto que se avecina.

Shang Tsung da la bienvenida a los guerreros de Raiden a la fortaleza del Emperador Shao Khan para el torneo. D'Vorah derrota a Johnny en el primer combate. Stryker lucha contra Baraka. Liu Kang lucha contra Jade. Sonya se enfrenta a Mileena. Jax derrota a Kintaro. Raiden derrota a Reiko, pero Liu Kang se preocupa por las heridas que sufrió Raiden.

Cyrax y Sektor persiguen a Sasori. Sub-Zero interviene para poder matar él mismo a Sasori. Ahora convertido en un ciborg, Smoke rescata a Cyrax y Sektor, derrota a Sub-Zero y captura a Sasori.

Smoke, Cyrax y Sektor llevan a Sasori al Templo de los Elementos, donde le obligan a abrir la puerta. Poco después llega Sub-Zero. Durante una pausa en su batalla, Sasori revela cómo fue engañado para matar a Bi-Han, el hermano de Sub-Zero. Sub-Zero jura vengarse de todos modos. Sin embargo, Sasori le explica la amenaza que supone la adquisición del Kamidogu por parte de Shinnok y le advierte del peligro de dejarse llevar por la venganza. Sub-Zero acepta a regañadientes ayudar a Sasori a derrotar a Shinnok. Smoke, Cyrax y Sektor escapan del templo con el Kamidogu.

Sonya derrota a D'Vorah en el torneo de Mortal Kombat. Shao Khan derrota a Jax. Shang Tsung mata a Stryker. Kung Lao ataca a Shang Tsung en represalia, pero Shang Tsung destroza a Kung Lao.

Durante un combate contra Raiden, Kitana se replantea su alineación con Outworld. Repelida por la brutalidad que ha presenciado, Kitana ataca repentinamente a Shao Khan antes de declararse como la legítima reina del reino. A continuación, Kitana se rinde formalmente a Earthrealm para que puedan liberarse de la tiranía subyugada. Sin embargo, Shao Khan se recupera y toma a Kitana como prisionera, lo que pone fin al intento de Kitana de negociar la paz. Sonya se enfrenta a Shao Khan a continuación, pero éste también la derrota.

Liu Kang lucha contra Shang Tsung. Shang Tsung maldice el brazo izquierdo de Liu Kang, dejándolo inmóvil. Liu Kang sigue derrotando a Shang Tsung, aunque se niega a acabar con él con una fatalidad.

Grandmaster y sus tres cyborgs llevan el Kamidogu a Shinnok. Grandmaster se sorprende al descubrir que ha ayudado a facilitar el fin del mundo. Shinnok convoca a los demonios que matan a Grandmaster y destrozan a los ciborgs.

Shao Khan mata a Raiden en el torneo. Recordando lo que Raiden le dijo una vez sobre su destino, Liu Kang toma el lugar de Raiden. Liu Kang derrota a Shao Khan y libera a Kitana.

Scorpion y Sub-Zero llegan demasiado tarde para impedir que Shinnok reforme las piezas de Kamidogu. El Ser Único se fusiona con Shinnok mientras los distintos reinos también comienzan a fusionarse.

Los Dioses Antiguos aparecen en Mortal Kombat para decirle a Liu Kang que su verdadero destino es salvar los reinos. Los dioses imbuyen entonces a Liu Kang con su poder para que pueda luchar contra el Ser Único. Kitana le da un beso a Liu Kang.

Mientras el colosal Ser Único comienza a deshacer los mundos que se fusionan, Liu Kang se transforma en un enorme dragón para igualar su tamaño. Sonya y los demás guerreros protegen a los civiles luchando contra los monstruos mientras Liu Kang se enfrenta al Ser Único.

Sonya resulta gravemente herida, lo que da lugar a un emotivo momento entre ella y Johnny en el que finalmente cede a sus continuas insinuaciones románticas. Sonya y Johnny derrotan juntos a su posible asesino.

Sasori y Sub-Zero ayudan a Liu Kang a derrotar al Ser Único. Liu Kang separa los reinos y vuelve a su forma mortal. Liu Kang insiste en que habrá paz ahora que Mortal Kombat ha concluido, pero Jax señala que el cuerpo de Shao Khan ha desaparecido. Liu Kang y los demás guerreros juran detener cualquier fuerza maligna que pueda regresar. Sonya besa a Johnny.