En 1947, el largamente retirado Sherlock Holmes, de 93 años, vive en una granja rural de Sussex con su ama de llaves viuda, la señora Munro, y su joven hijo Roger. Recién llegado de un viaje a Hiroshima, Holmes comienza a utilizar una planta de fresno espinoso que adquirió allí para intentar mejorar su fallida memoria. Descontento por la ficcionalización que hace Watson de su último caso, La aventura del guante gris de la paloma, espera escribir su propio relato, pero tiene problemas para recordar los acontecimientos. A medida que Holmes pasa tiempo con Roger, enseñándole a cuidar de las abejas del colmenar de la granja, llega a apreciar la curiosidad e inteligencia de Roger y desarrolla una afición paternal por él.

Con el tiempo, la insistencia de Roger ayuda a Holmes a recordar el caso (mostrado en flashbacks); sabe que debe haber fracasado de alguna manera, ya que resultó en su retiro del negocio de los detectives. Casi 30 años antes, una vez finalizada la Primera Guerra Mundial y cuando Watson se había casado y abandonado Baker Street, Thomas Kelmot se dirigió a Holmes para averiguar por qué su esposa Ann se había alejado de él tras sufrir dos abortos. Holmes siguió a Ann por todo Londres y observó cómo se preparaba aparentemente para asesinar a su marido: falsificaba cheques a nombre de éste y los cobraba, confirmaba los datos de su testamento, compraba veneno, pagaba a un hombre y comprobaba los horarios de los trenes. Sin embargo, Holmes dedujo sus verdaderas intenciones: mandar a hacer lápidas para ella y sus hijos abortados (el hombre al que pagó era un cantero) y luego suicidarse. Al enfrentarse a ella, Holmes le confesó que tenía los mismos sentimientos de soledad y aislamiento, pero que le bastaba con sus actividades intelectuales. Ann le preguntó a Holmes si podían compartir juntos la carga de su soledad. Holmes se sintió tentado, pero en su lugar le aconsejó que volviera con su marido. Ella vertió el veneno en el suelo, dio las gracias a Holmes y se marchó. Más tarde, Holmes se enteró de que Ann había conseguido suicidarse poniéndose delante de un tren que se acercaba. Culpándose a sí mismo, se retiró y cayó en una profunda depresión. Watson regresa brevemente para cuidarlo y, al descubrir los detalles del caso, reescribe la tragedia hasta convertirla en un éxito.

Una segunda serie de flashbacks relata el reciente viaje de Holmes a Japón, donde conoció a un supuesto admirador llamado Tamiki Umezaki que le había hablado de los beneficios de la ceniza espinosa. De hecho, Umezaki llevó a Holmes a Japón para enfrentarse a él. Años antes, el padre de Umezaki había ido a Inglaterra por negocios y nunca regresó; una carta explicaba que el gran detective Sherlock Holmes le había convencido para que se quedara allí y olvidara a su familia en Japón. Para decepción de Umezaki, Holmes le dijo sin rodeos que su padre probablemente sólo quería una nueva vida para sí mismo y que nunca había conocido al hombre.

En el presente, la Sra. Munro se muestra descontenta con su trabajo a medida que Holmes se vuelve enfermizo y pesado de cuidar. Su cercanía a su hijo Roger es otra fuente de tensión: bajo la influencia de Holmes, el niño se siente insatisfecho con la baja condición de su familia y se aleja cada vez más de su madre, que apenas sabe leer y escribir. La Sra. Munro acepta un trabajo en un hotel de Portsmouth y planea llevar a Roger a trabajar allí también. A Roger no le entusiasma la perspectiva de la monotonía del hotel y no está dispuesto a dejar a Holmes, y así se lo dice a su madre. Más tarde, Holmes descubre a Roger inconsciente en el jardín, cubierto de picaduras de insectos. Mientras el chico es llevado al hospital, la Sra. Munro acusa a Holmes de no preocuparse más que de sí mismo y de sus abejas, y se prepara para quemar el colmenar. Holmes la detiene, tras darse cuenta de que los culpables son en realidad avispas; Roger había encontrado un nido cercano e intentó inundarlo para proteger el colmenar, pero las avispas se abalanzaron sobre él. Holmes y la Sra. Munro queman juntos el nido y luego regresan al hospital cuando Roger recupera la conciencia. Mientras están sentados en la sala de espera, Holmes le dice a la Sra. Munro que fue demasiado temeroso y egoísta para abrirse a Ann Kelmot y darle el consuelo que necesitaba. Quiere que ella y Roger permanezcan en su vida, y le dice que heredarán sus bienes después de su muerte.

De vuelta a casa, Holmes escribe su primera obra de ficción: una carta a Umezaki, en la que le cuenta que su padre fue un hombre valiente y honorable que trabajó en secreto y con eficacia para el Imperio Británico. Mientras Roger comienza a enseñar a su madre a cuidar de las abejas, Holmes emula una tradición que vio practicar en Hiroshima: crear un anillo de piedras que le sirva de lugar para recordar a los seres queridos que ha perdido a lo largo de los años.