Hermano y hermana, Op y Ed son flummels, criaturas esponjosas parecidas a conejos con agujeros en el centro que son nativas de las islas Galápagos. La pareja es condenada al ostracismo por su comunidad debido a la propensión de Op a los desastres. Justo antes de que Charles Darwin descubra su isla durante uno de sus viajes, Op y Ed encuentran y caen en una gran flor que los teletransporta al Shangai actual, donde conocen y se hacen amigos de una caniche llamada Clarance. Los hermanos se enteran de que su especie se ha extinguido después de que Darwin encontrara la isla destruida por una erupción volcánica.

Clarance los lleva a la Terminal del Tiempo, un pabellón donde el dueño de Clarance, el Dr. Chung, guardaba y estudiaba las flores y sus semillas, que tienen propiedades para viajar en el tiempo. Op accidentalmente tira algunas semillas, haciendo que la Terminal funcione mal y enviando a Clarance a la Antártida junto con la semilla que lleva a los flummels a casa. En la Antártida, Clarance es capturada por el equipo de la expedición de Ernest Shackleton. Con la ayuda de los Extintables -un equipo de animales extintos compuesto por Dottie, un dodo; Burnie, un tigre de Tasmania; Alma, una Macrauchenia; y Hoss, un Triceratops, que fueron comprados por el Dr. Chung a la Terminal- Op y Ed viajan a través de cada semilla para encontrar la que puede llevarlos a casa y rescatar a Clarance.

El grupo regresa entonces a la época de los flummels, donde Op y Ed intentan advertir al resto de los flummels sobre el volcán. Clarance encarcela a Op, diciéndole que los flummels arruinaron su vida y que en realidad él está detrás de su extinción. Clarance había sido adoptada por el Dr. Chung, pero después de que el Dr. Chung fuera encantado por los adorables flummels, Clarance se puso celoso, empujando al Dr. Chung hacia una de las flores y destruyendo la semilla que lo enviaría de vuelta. A continuación, provocó la extinción de los flummels colocando una bomba de drones. Op y Ed hacen varios intentos de escapar y detener la bomba, y finalmente despliegan una semilla para trasladar toda la isla al presente. Clarance sobrevive, pero el Dr. Chung llega y lo envía de vuelta a la Antártida , agradeciendo a los flummels y a los Extinctables.

Tiempo después, Op y Ed son finalmente aceptados por su comunidad, mientras que Dottie sorprende a Ed poniendo un huevo con forma de flummel. El huevo eclosiona, pero se desconoce la criatura que hay dentro del huevo.