Stanley Jobson (Hugh Jackman) es un ciber-hacker que se hizo famoso por infectar el programa Carnivore del FBI con un virus informático. La libertad condicional de Stanley le prohíbe acceder a Internet y a los ordenadores, mientras que su ex mujer Melissa, alcohólica y estrella del porno a tiempo parcial, ha dictado una orden de alejamiento contra él. Esto también le impide ver a su única hija Holly.

Ginger Knowles (Halle Berry) convence a Stanley para que trabaje para Gabriel Shear (John Travolta), quien le amenaza para que descifre un servidor seguro del Departamento de Defensa. Tras el hackeo, Gabriel le ofrece a Stanley 10 millones de dólares para que programe un gusano de múltiples cabezas, una "hidra", que desviará 9.500 millones de dólares de los fondos secretos del gobierno. Stanley comienza a trabajar en el gusano y se entera de que Gabriel dirige la Célula Negra, una organización secreta creada por J. Edgar Hoover para lanzar ataques de represalia contra los terroristas que amenazan a los Estados Unidos. También descubre en privado que Ginger es una agente de la DEA que trabaja de forma encubierta y se sorprende aún más al descubrir un cadáver que se parece a Gabriel.

Después de ir a ver a Holly a su casa desde el colegio, Stanley descubre que le sigue el agente del FBI J.T. Roberts (Don Cheadle), que ya le había detenido anteriormente. Roberts, aunque sigue de cerca a Stanley, está más interesado en Gabriel, ya que no aparece en ninguna base de datos del gobierno, y tras enterarse de que otro hacker, Axl Torvalds (Rudolf Martin), había sido asesinado por los hombres de Gabriel, advierte a Stanley de que debe ser precavido. Stanley opta por codificar secretamente una puerta trasera en su hidra que revierte la transferencia de dinero después de un corto período. Mientras tanto, el senador estadounidense Jim Reisman (Sam Shepard), que supervisa Célula Negra, se entera de que el FBI ha empezado a seguir a Gabriel y le ordena que se retire. Gabriel se niega y derrota por poco a un equipo de asalto enviado contra él por Reisman. En represalia, Gabriel mata personalmente a Reisman en venganza y continúa con su plan.

Stanley entrega la hidra a Gabriel y se va a ver a Holly, sólo para descubrir que Gabriel la ha secuestrado y le ha inculpado del asesinato de Melissa junto a su marido y productor porno. Stanley no tiene más remedio que participar en un atraco a un banco para recuperar a Holly. En el lugar del atraco, Gabriel y sus hombres asaltan una sucursal y aseguran a sus empleados y clientes como rehenes, colocándoles a cada uno de ellos explosivos a base de rodamientos, similares a las minas Claymore. Cuando la policía y el FBI rodean la sucursal, Gabriel lleva a Stanley a una cafetería cercana al otro lado de la calle para reunirse con Roberts, pero Gabriel pasa el tiempo hablando de la película Tarde de perros y de la naturaleza del despiste. Una vez de vuelta en el banco, Gabriel hace que uno de sus hombres escolte a un rehén para demostrar la situación en la que un francotirador mata al hombre. Mientras otros agentes sacan al rehén del banco, la bomba detona y arrasa gran parte de la calle, una escena que se muestra in medias res.

Gabriel ordena a Stanley que lance la hidra y le entrega a Holly una vez completada. Sin embargo, la puerta trasera se activa antes de que puedan salir del banco, lo que hace que Stanley sea recapturado mientras Holly es rescatada. Gabriel amenaza con matar a Ginger, que sabe que es un agente de la DEA, a menos que Stanley devuelva el dinero a un banco de Montecarlo. Aunque Stanley accede, Gabriel dispara a Ginger. Gabriel y sus hombres suben a los rehenes a un autobús y exigen que un avión les espere en el aeropuerto local, pero durante el trayecto, el autobús es levantado por un S-64 Aircrane y depositado en la azotea de un rascacielos local. Gabriel desactiva las bombas y parte con sus hombres supervivientes en un helicóptero que les espera, que Stanley derriba utilizando una granada propulsada por cohete del autobús.

Roberts lleva a Stanley a verificar un cadáver que encontraron, creyendo que Gabriel era un agente del Mossad. No hay registro de una agente de la DEA llamada Ginger Knowles, y su cuerpo no ha sido encontrado. Stanley reconoce el cadáver como el que descubrió antes y se da cuenta personalmente de que todo el escenario era un engaño; Ginger llevaba un chaleco antibalas y estaba trabajando con Gabriel todo el tiempo, que escapó por una ruta diferente. A pesar de que Stanley no le dice a la policía que Gabriel y Ginger siguen vivos, Roberts se encarga de que Stanley tenga la custodia completa de Holly, donde parten hacia otros lugares. En Montecarlo, Gabriel y Ginger retiran el dinero robado y más tarde observan cómo explota un yate en el mar. En los créditos de la película, un reportaje revela que la destrucción del yate, en el que viajaba un conocido terrorista, es el tercer incidente de este tipo en otras tantas semanas.