Han pasado cinco años desde los acontecimientos de Outrage. Otomo, antiguo yakuza del sindicato del crimen Sanno-kai, es dado por muerto tras ser apuñalado en prisión por Kimura, cuyo clan Otomo ayudó a destruir. Sekiuchi, presidente de la Sanno-Kai, fue asesinado y sucedido por su subjefe Kato, que ha reformado completamente el sindicato para involucrar a más negocios legítimos y crear influencia entre los altos funcionarios del gobierno, supervisados por Ishihara, el tesorero y traidor de Otomo. Sin embargo, el énfasis de Kato en un sistema de modernización y promoción basado en los beneficios ofende y preocupa a los jefes más veteranos, que son continuamente relegados en favor de miembros más jóvenes y rentables y temen quedarse obsoletos.

El asesinato de un policía anticorrupción desconcierta a sus colegas, que saben que estaba investigando la corrupción de un ministro de la tierra aliado con los Sanno-kai. El departamento anticorrupción decide que los Sanno-kai se han vuelto peligrosamente poderosos y deben ser desmantelados. Para ello, llaman al detective Kataoka, cuyos conocidos vínculos con la yakuza le permitieron orquestar gran parte de los acontecimientos de la primera película. Corrupto e interesado, Kataoka decide instigar una guerra entre los Sanno-Kai y los Hanabishi-kai del oeste de Japón, con la esperanza de que se destruyan mutuamente. Convence a Tomita, uno de los jefes más veteranos y resentidos de la Sanno-kai, para que se reúna con Fuse, presidente de la rama de Osaka de la Hanabishi-kai, para obligar a Kato a retirarse. Fuse, preocupado por la falta de apoyo de Tomita para organizar una toma de posesión, lo denuncia a Kato, que lo mata como lección para otros disidentes.

Kataoka recurre a Otomo, cuya muerte fue sólo un rumor difundido por Kataoka; ha pasado los últimos cinco años en una prisión de máxima seguridad. Kimura, su némesis, ha sido liberado y lucha por adaptarse a la vida civil como propietario de una jaula de bateo. Kataoka consigue la conmutación de la pena de Otomo y consigue su libertad condicional anticipada, al tiempo que informa a Kato e Ishihara de que sigue vivo. Un paranoico Ishihara contrata a unos asesinos para matar a Otomo, mientras que Kataoka hace que se reúna con Kimura. El tiempo ha hecho que la animosidad entre ambos se convierta en remordimiento, y Kimura expresa su interés en unir fuerzas para vengarse de quienes les traicionaron. Otomo sabe que están siendo manipulados por Kataoka y no quiere ser parte de ello. Se pone en contacto con él un amigo de la infancia, Chang Dae-Sung, que ahora es un arreglador de los bajos fondos de las bandas tanto en Japón como en Corea y le ofrece un puesto en su empleo; Otomo promete considerarlo. Sin embargo, cuando uno de los asesinos de Ishihara casi lo mata, Otomo se da cuenta de que nunca se quedará solo y acepta asociarse con Kimura.

Con la aprobación tácita de los Hanabishi-kai, Otomo y Kimura llevan a cabo un despiadado y sangriento asalto a las filas de los Sanno-kai. La incapacidad de Kato para detener los ataques provoca una creciente disensión en su sindicato, y los jefes superiores son manipulados aún más por los Hanabishi-kai. Fuse también revela que conoce la verdad sobre el asesinato de Sekiuchi, utilizándolo como palanca. Kimura captura a Ishihara, a quien Otomo ata a una silla para matarlo a golpes con una máquina de lanzar. Finalmente, todos los jefes de la Sanno-Kai, excepto algunos, exigen que Kato se retire. Presionado por Fuse, hace una declaración pública ante la policía asumiendo la responsabilidad de la guerra y del asesinato de Sekiuchi, lo que supone un enorme impulso para la carrera de Kataoka. Kimura decide pactar con Fuse, pero Otomo, advertido por Chang de que ambos sindicatos los consideran prescindibles, se declara acabado con la guerra y se marcha. Kato, reducido a un simple civil, es asesinado personalmente por Otomo en un salón de pachinko. La Sanno-Kai, diezmada por la guerra, es absorbida por la Hanabishi-kai, convirtiéndola en casi omnipotente en el centro de Japón.

La advertencia de Chang se hace realidad cuando Kimura es asesinado por los sicarios de la Hanabishi-kai, después de que una redada policial dirigida por Kataoka lo deje indefenso. Los jefes de los Hanabishi-kai y de los Sanno-kai se reúnen en su funeral, observado por Kataoka. Otomo llega con la intención de presentar sus respetos; Kataoka, sabiendo que ambos clanes quieren a Otomo muerto, le da una pistola. Pero a estas alturas, Otomo sabe que la guerra ha sido obra suya y le dispara.