Un buque de la Guardia Costera de Estados Unidos intercepta y aborda un yate registrado en Estados Unidos en el Mar Caribe. Las pruebas demuestran que los anteriores ocupantes del barco, el empresario estadounidense Peter Hardin y su familia, fueron asesinados por la tripulación colombiana ocupante. El analista de la CIA Jack Ryan descubre que Hardin blanqueaba dinero para el cártel sudamericano de Cali. El capo de la droga Ernesto Escobedo ordenó el asesinato de Hardin por malversar millones de dólares en beneficios de la droga. El presidente estadounidense Bennett, amigo íntimo de Hardin, autoriza discretamente al consejero de Seguridad Nacional James Cutter a iniciar operaciones encubiertas en Colombia para destruir el cártel.

Ryan es nombrado Director Adjunto de Inteligencia en funciones cuando el almirante James Greer se somete a un tratamiento contra el cáncer de páncreas. Ryan solicita al Congreso que aumente la financiación para apoyar a los colombianos que luchan contra los cárteles de la droga, asegurando que no habrá participación militar estadounidense. Ryan desconoce que Cutter utilizará los fondos para reunir a RECIPROCITY, un equipo de fuerzas especiales reclutado por el agente de la CIA John Clark, y ayudado por Robert Ritter, el subdirector de operaciones de la CIA. El presidente Bennett envía a Ryan a negociar con el gobierno colombiano para que los Estados Unidos puedan confiscar los activos de Escobedo, incluidos 650 millones de dólares ocultos en cuentas en el extranjero. El oficial de inteligencia de Escobedo, el coronel Félix Cortez, ordena en secreto al cártel tender una emboscada al convoy de Ryan. Jack sobrevive, aunque varios colegas son asesinados, entre ellos Dan Murray. La identidad de Cortez se descubre después de que asesine a la secretaria de Murray, Moira, que era una informante involuntaria.

Escobedo, al que se culpa del atentado, organiza una reunión con los demás jefes del cártel. RECIPROCITY lo descubre y lanza un ataque aéreo sobre el lugar de la reunión. Escobedo y Cortez, de camino a la reunión, salen ilesos a duras penas. Cortez se entera de que los estadounidenses fueron los responsables y llega a un acuerdo con Cutter: Cortez matará a Escobedo para asumir el liderazgo, luego reducirá los envíos de droga a los Estados Unidos y permitirá que las fuerzas de seguridad estadounidenses realicen arrestos regulares para influir en la opinión pública de que Estados Unidos está ganando la guerra contra las drogas. A cambio, Cortez quiere la ubicación de RECIPROCITY y que se elimine todo el apoyo de la CIA para establecer su posición dentro del cártel. Cutter acepta el trato de Cortez y luego deja tirado al equipo de Clark, que se ve superado por los mercenarios de Cortez en la selva.

Sin que Cutter lo supiera, la vigilancia de los EE.UU. ha monitorizado su conversación con Cortez. Ryan accede al ordenador de Ritter y obtiene pruebas sobre las operaciones ilegales colombianas. Sin embargo, Ritter advierte a Ryan de que, al haber obtenido fondos para la operación, el Congreso considerará a Ryan como único responsable, mientras que a Ritter y a Cutter se les ha concedido el perdón preventivo del presidente Bennett de cualquier delito. Jack vuela a Bogotá para buscar a John Clark, sin saber que Cutter y Ritter han dicho falsamente a Clark que Ryan traicionó a RECIPROCITY. Ryan y Clark se unen después de que Clark se da cuenta de que Ritter y Cutter los engañaron a ambos.

Ryan y Clark consiguen un helicóptero y vuelan hasta la última posición conocida de RECIPROCITY. Encuentran al francotirador del equipo, Chávez, quien informa que otros miembros del escuadrón fueron asesinados o capturados. Ryan se reúne con Escobedo y le informa del engaño de Cortez, mientras que Clark comienza simultáneamente a rescatar a sus hombres que están cautivos en una instalación de café que sirve de fachada a la operación de cocaína de Escobedo. Escobedo se enfrenta a Cortez pero es asesinado por el socio de éste. Ryan escapa por poco con Clark y los prisioneros liberados. Chávez mata a Cortez durante la fuga, salvando a Ryan. De vuelta a los Estados Unidos, Ryan se enfrenta al presidente Bennett y se niega a ayudar a encubrir la conspiración. Testifica ante el Comité de Supervisión del Congreso sobre los recientes acontecimientos.