En junio de 1989, un año después de la película anterior, Alice y Dan han empezado a salir y no hay rastro de Freddy Krueger. Un día, mientras se duchaba después de tener sexo con Dan, tiene una visión de sí misma vestida con un hábito de monja y con una etiqueta con su nombre que dice Amanda Krueger en un extraño asilo. Es atacada por los pacientes del hospital, pero se despierta. Al día siguiente, Alice se gradúa en el instituto junto a sus nuevos amigos Greta, una aspirante a supermodelo pero reticente, Mark, un aficionado a los cómics, e Yvonne, una voluntaria del hospital y nadadora. Alice le confía su pesadilla a Dan, quien le dice que tiene el control de sus sueños.

De camino al trabajo, Alice se encuentra de nuevo en el manicomio, donde ve a Amanda dando a luz a un bebé horriblemente deformado. Amanda intenta recoger al bebé antes de que se escape, pero éste se escapa del quirófano. Alice sigue al bebé hasta la iglesia donde derrotó a Freddy en la película anterior. El bebé encuentra los restos de Freddy y rápidamente se convierte en adulto, insinuando a Alice que ha encontrado la clave para volver. Alarmada, se pone en contacto con Dan, que se queda dormido de camino a verla. Freddy ataca y electrocuta a Dan, convirtiéndolo en una espantosa criatura, antes de arrojarlo al tráfico en dirección contraria. Alice ve cómo el cuerpo de Dan cobra vida y se burla de ella antes de desmayarse. Al despertar en un hospital, se entera de la muerte de Dan y de que está embarazada de él. Por la noche, recibe la visita de un niño llamado Jacob, pero al día siguiente, Yvonne le dice que no hay niños en su planta ni hay una sala infantil.

Alice les cuenta a sus amigas lo de Freddy y su linaje; Yvonne se niega a escuchar pero Mark y Greta la apoyan más. Esa tarde, en una cena en su casa, Greta se queda dormida en la mesa. Sueña con ella misma gritando a su madre y despotricando sobre su naturaleza controladora antes de que Freddy llegue y obligue a Greta a comerse viva antes de asfixiarla delante de un público que se ríe. En el mundo real, Greta cae muerta delante de su madre y sus invitados. Yvonne y Alice visitan a Mark, que llora la muerte de Greta, y se produce una ruptura entre ellos. Mark se queda dormido y casi es asesinado por Freddy, pero Alice lo salva antes de volver a ver a Jacob. Jacob insinúa que ella es su madre. Alice pide a Yvonne que le consiga una ecografía antes de tiempo y descubre que Freddy está utilizando a Jacob como conducto para atacar a sus amigos incluso cuando está despierto y que le ha estado alimentando con sus víctimas para que le guste.

Los padres de Yvonne y Dan siguen creyendo que Alice está loca. Los padres de Dan insisten en que les entregue al bebé cuando nazca, a lo que Alice se niega. Alice y Mark investigan a Krueger y a la monja Amanda. Al darse cuenta de que Amanda intentaba detener a Freddy, investigan su paradero y Alice se va a dormir, esperando encontrar a Amanda en el manicomio. Mientras está allí, Freddy la atrae amenazando a Yvonne, que se ha quedado dormida en un jacuzzi. Alice rescata a Yvonne, que finalmente la cree. Mark se queda dormido y es arrastrado a un mundo de cómics, donde Freddy lo descuartiza.

Alice se acuesta para encontrar a Freddy y salvar a su hijo. Al darse cuenta de que Freddy se ha estado escondiendo en ella cada vez que se dormía, saca a Freddy de su interior. Yvonne encuentra los restos de Amanda en el manicomio y se une a la lucha en el mundo de los sueños, animando a Jacob a usar el poder que Freddy le había estado dando. Jacob destruye a Freddy y su forma infantil es absorbida por su madre mientras Alice recoge al bebé Jacob. Advirtiendo a Alice, Amanda sella a Freddy a tiempo.

Varios meses después, Jacob Daniel Johnson está disfrutando de un picnic con su madre, su abuelo e Yvonne. Unos niños que saltan a la cuerda cerca tararean la rima de Freddy.