En 1977, Pete Healy, un niño de 5 años, está de viaje por carretera con sus padres cuando su coche se sale de la carretera tras casi chocar con un ciervo. Los padres de Pete mueren, pero él sobrevive y es perseguido en el bosque por una manada de lobos, y luego rescatado por un gran dragón con alas, pelaje verde y ojos amarillos. Pete y el dragón establecen rápidamente un vínculo; Pete llama al dragón Elliot en honor al personaje del cachorro perdido de su libro favorito, y Elliot se convierte en protector de Pete.

Seis años más tarde, en 1983, Pete, de 11 años, ve a una cuadrilla de leñadores talando árboles cerca de su casa. Natalie, la hija del capataz de la obra, Jack, lo ve y lo persigue. Cuando se cae accidentalmente de un árbol, sus gritos atraen a su padre Jack y a su novia, la guardabosques Grace Meacham. Pete intenta huir, pero Gavin, el despiadado hermano de Jack, lo deja accidentalmente inconsciente. Tras darse cuenta de que Pete se ha desvanecido, Elliot va dando tumbos en su busca y acaba derribando un árbol cerca del campamento maderero, lo que lleva a Gavin a organizar una partida de caza para encontrarlo. Mientras tanto, Pete despierta en un hospital local; se escapa e intenta volver al bosque.

Gavin y sus hombres localizan la casa del árbol de Pete y Elliot, pero cuando intentan registrarla, Elliot se revela y los ahuyenta. Los sigue hasta el pueblo tratando de encontrar a Pete. Cuando ve que Pete se instala con la familia de Grace, se marcha. Pete le da a Grace un dibujo de Elliot y ella se lo muestra a su padre, Meacham, quien dice que descubrió el mismo dragón cuando era joven. Él le aconseja que confíe en Pete y encuentre a Elliot.

Al día siguiente, Pete, Grace, Natalie y Meacham viajan al bosque para encontrarse con Elliot. Un grupo de cazadores liderado por Gavin sorprende a Elliot y le dispara con dardos tranquilizantes, para luego encerrarlo en el almacén de Jack. Antes de que las autoridades puedan inspeccionar al dragón, Pete y Natalie lo liberan de sus cadenas y escapan en un camión maderero con Meacham.

Enfadado, Gavin establece un control en el puente para detenerlos. Cuando Elliot intenta volar, choca contra el camión, dañando sus frenos y éste atraviesa la barricada. Confundido y asustado, Elliot se posa en lo alto del puente y comienza a lanzar fuego contra la policía. El puente comienza a derrumbarse bajo el intenso calor, haciendo que el camión de Grace y Jack caiga a través de él, Gavin entonces abandona su ataque y trata de salvarlos de la muerte. Elliot emerge del barranco con Grace y Jack montados a salvo en su espalda. Con un helicóptero de los bomberos acercándose, Pete huye con Elliot de vuelta al bosque.

Pete le ruega a Elliot que le deje quedarse para poder protegerle de sus atacantes, igual que Elliot le protegió a él. Sin embargo, Elliot llega a la conclusión de que mientras permanezcan juntos, Pete siempre estará en peligro. Señala el libro de Pete para animarle a volver a quedarse con Grace y Jack. Pete se muestra reacio y preocupado por la seguridad de Elliot, pero finalmente confía en el criterio del dragón. Tras un abrazo muy lloroso, Elliot regresa a las montañas y Pete vuelve a vivir con Grace y Jack como su nueva familia.

En los años siguientes, Grace y Jack se casan y adoptan a Pete como su hijo. No sólo Elliot se ha desvanecido poco a poco de la memoria del pueblo, sino que Gavin ha aprendido a ser más escrupuloso y ha superado la experiencia. Pete y su familia finalmente se van de vacaciones y ven que Elliot se reúne por fin con sus compañeros dragones.