En una región de Japón devastada y puesta en cuarentena hace años por un accidente en el que se derramaron residuos nucleares altamente volátiles tras un choque entre el transporte de residuos y un autobús de la prisión, un asentamiento llamado Samurai Town está gobernado por un gobernador sin escrúpulos que ha mezclado a su antojo elementos de la sociedad japonesa (tanto moderna como premoderna) y del viejo Oeste americano, y mantiene un harén de "nietas" adoptadas como sus esclavas sexuales. El exterior es un páramo conocido como el País de los Fantasmas, habitado por parias medio enloquecidos y víctimas del entorno irradiado. Justo antes de la catástrofe, Hero, un delincuente, fue encarcelado tras un atraco frustrado a un banco en el que su compañero Psycho asesinó brutalmente a varios transeúntes inocentes. Más tarde se revela que Psycho iba en el transporte de la prisión que colisionó con el camión de la basura y así desencadenó la catástrofe.

Una noche, Berenice, una de las "nietas", huye de la casa del Gobernador con sus amigas Stella y Nanci, sólo para quedar atrapada en el País de los Fantasmas. El Gobernador hace que el Héroe sea liberado para recuperar a Berenice del País de los Fantasmas, y le equipa con un traje que está preparado para detonar cargas explosivas en caso de que maltrate a Berenice de alguna manera, de que el propio traje sea manipulado, o de que Berenice no haya sido rescatada en cinco días. Al partir, Hero realiza un gesto de despedida de desafío al Gobernador que impresiona a Yasujiro, el guardaespaldas samurái del Gobernador cuya hermana es una de las "nietas" del Gobernador.

Al entrar en el País de los Fantasmas, Hero es interceptado por una banda de hombres mutados, sufre un accidente y es llevado por los marginados a su enclave de culto y a su líder, Enoch. Encuentra a Berenice entre ellos, pero ella está medio catatónica por el trauma. Mientras se prepara para transportarla de vuelta, Hero activa accidentalmente uno de los explosivos de su traje, que destruye uno de sus testículos y lo deja inconsciente. En un flashback de pesadilla, Héroe reconoce a Berenice como una joven cuya madre fue asesinada mientras intentaba escapar de la policía tras el atraco al banco y que posteriormente fue acogida por el Gobernador. Atacado por los mutantes de antes, Héroe queda inconsciente cuando se activa un explosivo en su brazo, justo antes de que los asaltantes desaparezcan. Sin embargo, la detonación sacó a Berenice de su catatonia.

Mientras tanto, Stella regresa del País de los Fantasmas y es capturada por los hombres del Gobernador, quien hace que Yasujiro la ejecute, lo que finalmente lo pone en contra del Gobernador. Después de haber tenido una revelación durante su inconsciencia sobre su papel accidental en el cataclismo, Hero incita a los Ghostlanders a una revuelta contra el Gobernador, ayudado por Psycho y los mutantes, sus compañeros de condena del fatídico accidente. Hero y Berenice regresan a Ciudad Samurai, pero cuando el Gobernador se niega a desbloquear el traje y Hero finge tomar a Berenice como rehén, Susie, la amiga de Berenice, traumatizada por el trato que el Gobernador le da, masacra a varios de sus guardaespaldas con una minigun. Hero, Bernice y Yasujiro superan al resto, entonces Hero se enfrenta y mata a Yasujiro mientras Bernice dispara al Gobernador. Con el opresor muerto y los marginados liberados, Hero, Berenice y Susie observan cómo la Ciudad Samurai comienza a agitarse con una vida nueva y más libre.