Quills comienza en París durante el Reinado del Terror, con el Marqués de Sade encarcelado escribiendo una historia sobre la libidinosa Mademoiselle Renard, una joven aristócrata encantadora que conoce al sádico preeminente encarcelado.

Varios años más tarde, el marqués es recluido en el manicomio de Charenton, supervisado por el ilustrado abate du Coulmier. El marqués ha estado publicando sus obras a través de la lavandera Madeleine "Maddy" LeClerc, que hace llegar los manuscritos a un editor a través de un jinete anónimo. La última obra del marqués, Justine, se publica en el mercado negro con gran éxito. El emperador Napoleón I Bonaparte ordena incendiar todos los ejemplares del libro y fusilar al autor, pero su consejero, Delbené, suaviza esta polémica idea con una propia: enviar al alienista Dr. Royer-Collard para que evalúe Charenton y silencie al marqués. Mientras tanto, el abate enseña a Madeleine a leer y escribir, mientras se resisten a su creciente atracción mutua. Madeleine lee los relatos del Marqués de Sade a sus compañeros. Aunque Madeleine se siente fascinada por el marqués de Sade, sigue siendo reacia a ceder a sus insinuaciones. El abate y el marqués conversan sobre las insinuaciones inapropiadas del marqués a las jóvenes.

Royer-Collard llega informando al abate de que los "escritos terapéuticos" del marqués han sido distribuidos para el consumo público. Le presenta al abate el ultimátum de silenciar al marqués o Charenton será cerrado por orden del emperador. El abate rechaza las ofertas de Royer-Collard de varios "tratamientos" arcaicos y agresivos y pide hablar con el marqués en persona, que jura obedecer rápidamente (guiñando un ojo a Madeleine a través de una mirilla). Royer-Collard se despide por el momento y viaja al convento de Panthemont en París para recuperar a su prometida novia, la huérfana menor de edad Simone. El emperador les cede un castillo en mal estado, cuya renovación corre a cargo de un joven y apuesto arquitecto, Prioux. En la noche de bodas, Royer-Collard la viola violentamente y después la mantiene prácticamente prisionera en su casa.

El precipitado matrimonio suscita muchas habladurías en el manicomio, lo que lleva al marqués a escribir una farsa para representarla en una exposición pública, a la que asisten Royer-Collard y Simone. La audaz obra, una parodia de la dominación misógina del buen doctor sobre su virginal novia, se titula "Los crímenes del amor". La representación se interrumpe cuando el recluso Bouchon abusa de Madeleine fuera del escenario, lo que provoca que ella le golpee en la cara con una plancha. Se ve al abate consolando públicamente a Madeleine. Royer-Collard cierra el teatro público y exige al abate que haga más por controlar al marqués o informará al ministerio de que los reclusos dirigen el manicomio. Enfurecido, el abate confisca las plumas y la tinta del marqués. La esposa del marqués lo visita y él descarga su frustración por no poder escribir en ella; ella se desquita pidiendo a un sorprendido Royer-Collard que el marqués sea enterrado para siempre.

Discuten que las ganancias mal habidas de los libros del marqués podrían servir para su salvación, es decir, para proporcionarle formas de contención. La falta de utensilios de escritura da lugar a un comportamiento más subversivo por parte del marqués, incluyendo una historia escrita con vino en las sábanas y con sangre en la ropa. Esto da lugar a más privaciones, dejando finalmente al marqués desnudo en una celda vacía. Charlotte, una de las criadas, revela que Madeleine ha estado ayudando al marqués. Madeleine es azotada por orden de Royer-Collard hasta que el abate lo detiene ofreciéndose él mismo en su lugar. El abate decide que Madeleine debe ser expulsada. Esa noche, ella acude a su habitación para rogarle que reconsidere su expulsión y le confiesa su amor, lo que le lleva a besarla apasionadamente. Se separan bruscamente al darse cuenta de lo que están haciendo. Madeleine huye y Charlotte sorprende al abate llamándola.

Mientras tanto, Simone compra una copia de Justine, seduce a Prioux y los jóvenes amantes huyen juntos a Inglaterra. Deja una carta explicando sus acciones y su copia de Justine. Al encontrarlo, Royer-Collard vuelve a centrar su atención en el marqués como fuente de sus problemas y se embarca en una búsqueda de venganza haciendo que lo torturen. A punto de ser expulsada de Charenton por su papel en la ayuda al marqués, Madeleine le ruega una última historia, que le será transmitida a través de los pacientes del asilo. Bouchon, el interno que se encuentra al final del relevo, se emociona con la historia, se escapa de su celda y ataca a Madeleine. Royer-Collard oye los gritos de Madeleine pero decide ignorarlos y Bouchon la mata. El pirómano Dauphin prende fuego al manicomio y los reclusos escapan de sus celdas.

El cuerpo de Madeleine es encontrado en la cuba de la lavandería por su madre ciega y el abate. El Abate está desolado por la muerte de Madeleine y Bouchon es capturado y encarcelado dentro de una doncella de hierro. El abate culpa al marqués de la muerte de Madeleine y se enfrenta a él; el marqués afirma que ha estado con Madeleine de todas las formas imaginables, sólo para que le digan que ha muerto virgen, lo que provoca un desbordamiento de dolor inusualmente emotivo. El abate hace que le corten la lengua al marqués como castigo por la muerte de Madeleine, pero le invade el remordimiento y se flagela a sí mismo. El abate tiene entonces un sueño en el que Madeleine vuelve a la vida y mantienen relaciones sexuales, pero que termina con él sosteniendo su cadáver. La salud del marqués decae gravemente, pero sigue siendo tan perverso como siempre, decorando su mazmorra con una historia, utilizando sus heces como tinta. Mientras el marqués agoniza, el abate le lee la extremaunción y le ofrece un crucifijo para que lo bese. El marqués, desafiante, se traga el crucifijo y se ahoga con él.

Un año más tarde, el nuevo abate llega a Charenton y Royer-Collard le hace una visita guiada. Durante la visita, conocen a la doncella Charlotte, y a través del intercambio entre ella y Royer-Collard, es evidente que existe una conexión. El manicomio se ha convertido en una imprenta, con los internos como personal. Los libros que se imprimen son las obras del Marqués de Sade. Al final de la visita, el nuevo abate se encuentra con su predecesor, que reside en la antigua celda del marqués. Ansioso por escribir, pide papel y una pluma al nuevo abate e intenta estrangular a Royer-Collard cuando éste se aventura a acercarse demasiado a la mirilla. Royer-Collard expulsa al abate antes de que pueda escuchar a su predecesor. Sin embargo, la mirilla se abre y la madre de Madeleine introduce papel, pluma y tinta. El abate comienza a garabatear furiosamente, mientras el marqués se encarga de la narración.