En la década de 1940, el Sr. Jones, dueño de Manor Farm, invita a los Pilkington a una reunión para hablar sobre sus deudas. Esa noche, los animales se reúnen en una asamblea donde el Viejo Mayor, un jabalí Middle White, explica que la humanidad es su enemiga y que pueden derrocar a la raza humana y tomar el control de Manor Farm para sí mismos, llamando a una vida de igualdad y prosperidad. Mayor les enseña una canción llamada "Bestias del Mundo", pero mientras los animales cantan, Jones, al oír el ruido que viene del granero, va a investigar, solo para disparar y matar accidentalmente a Major.

Jones sale al pueblo a tomar una copa sin alimentar a los animales. Al regresar, Boxer, el caballo de tiro de Manor Farm, ayuda a los animales a irrumpir en el cobertizo de alimentos. Accidentalmente despiertan a Jones, pero los animales rápidamente se rebelan contra él. Jones huye con su esposa y sus hombres hacia el pueblo.

Un joven jabalí llamado Snowball toma el control de Manor Farm, renombrándola como "Granja Animal" y estableciendo los Siete Mandamientos del "Animalismo". Mientras tanto, una collie llamada Jessie da a luz a cachorros. Napoleón, un jabalí de raza Berkshire, convoca una reunión secreta en la que hace que Pincher, un perro de granja, jure lealtad a él, y toma los cachorros de Jessie para entrenarlos a su gusto. Los cerdos comienzan secretamente a acumular manzanas y leche para sí mismos.

Al enterarse de que Jones ahora está sin hogar, Pilkington lidera una invasión a la Granja Animal con algunos aldeanos y locales liderados por Frederick. Snowball había planeado esto y los animales lanzan un contraataque. Los hombres huyen. Pilkington considera trabajar con los animales.

Los planes de Snowball para construir un molino de viento para mejorar la vida de los animales son opuestos por Napoleón, quien convoca a los cachorros ya crecidos de Jessie para perseguir a Snowball fuera de la granja. Napoleón decreta que los cerdos decidirán el futuro, y los animales comienzan a construir el molino de viento. Pilkington descubre que los animales pueden hablar inglés y que pueden comerciar. Jessie comenta que vio a los cerdos viviendo en la casa principal y durmiendo en las camas. Más tarde esa noche, en la posada Red Lion, Pilkington se ríe de cómo ha estado aprovechándose de la inexperiencia de Napoleón, vendiéndole equipo agrícola barato.

Jones conspira con su esposa para sabotear la Granja Animal. Napoleón culpa a Snowball, los cerdos consumen más comida, culpan a Snowball por la escasez de alimentos y dicen que las gallinas tendrán que entregar sus huevos al mercado. Cuando las gallinas se oponen, Napoleón hace que alimentar a una gallina sea castigable con la muerte. El asistente de Napoleón, Squealer, comienza a hacer películas de propaganda. Se revela que los mandamientos sobre el alcohol y el asesinato fueron alterados a "ningún animal beberá alcohol en exceso" y "ningún animal matará a otro animal sin causa".

Durante la reconstrucción del molino de viento, Boxer resulta herido. Cuando llega el momento de transportar a Boxer, Jessie y Benjamin, un burro sabio, de repente se dan cuenta de que la furgoneta que lo lleva es de la fábrica de pegamento. Napoleón es pagado por Pilkington por vender a Boxer a la fábrica de pegamento. Esa noche, Jessie observa cómo Pilkington y su esposa cenan con los cerdos en la casa principal. Napoleón restaura el nombre de la granja a Manor Farm. Mientras observa la reunión a través de la ventana distorsionada, Jessie ve que los rostros de Napoleón y Pilkington se han vuelto tan parecidos que no puede distinguir la diferencia entre ellos. Muriel, la cabra, y Benjamin notan que el mandamiento final, "Todos los animales son iguales", ha sido ampliado para incluir "pero algunos animales son más iguales que otros". Al ver ahora la naturaleza malvada de Napoleón y Squealer, Jessie, Benjamin, Muriel y algunos otros animales escapan, mientras Napoleón, ahora usando ropa humana y caminando sobre dos patas, esclaviza la granja, declarando falsamente que todos los animales son libres.

Años después, los fugitivos regresan e investigan los restos de Manor Farm, que hace tiempo se había derrumbado tras el fin del reinado de terror de Napoleón. Descubren que Napoleón y Squealer están muertos, habiendo perecido por su propia dictadura, aunque algunos animales han sobrevivido a la caída, incluyendo los cachorros de Jessie, que todos la reconocen como su madre. Más tarde, Jessie descubre que una nueva familia ha comprado la granja (aunque se desconoce qué pasó con el Sr. Jones y su esposa) y jura ayudarles a evitar los errores de Jones y Napoleón.